PDB-6yca: Crystal structure of Eis1 from Mycobacterium abscessus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yca

タイトル

Crystal structure of Eis1 from Mycobacterium abscessus

要素

Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625

キーワード

TRANSFERASE / GCN5-related N-acetyltransferase / Eis

機能・相同性

機能・相同性情報

aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / host cell cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Blaise, M. / Ung, K.L.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the N-acetyltransferase Eis1 from Mycobacterium abscessus reveals the molecular determinants of its incapacity to modify aminoglycosides.
著者: Ung, K.L. / Kremer, L. / Blaise, M.

履歴

登録	2020年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yca.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yca.ent.gz	745 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yca	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6rftS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vur-1 6vv1-1 3ryo-1 6vuy-1 6p3t-1 6vuu-1 5ec4-1 6vuw-1 6p3v-1 6vv3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625

B: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625

C: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625

D: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625

E: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625

F: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625

ヘテロ分子

276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.390, 150.690, 166.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	A	A	24 - 50	24 - 50
1	2	GLU	GLU	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	A	A	59 - 72	59 - 72
1	3	LEU	LEU	PHE	PHE	(chain 'A' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	A	A	75 - 415	75 - 415
1	4	ACO	ACO	ACO	ACO	(chain 'A' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	A	G	501
2	5	THR	THR	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	B	B	24 - 50	24 - 50
2	6	GLU	GLU	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	B	B	59 - 72	59 - 72
2	7	LEU	LEU	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	B	B	75 - 415	75 - 415
2	8	ACO	ACO	ACO	ACO	(chain 'B' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	B	M	501
3	9	THR	THR	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	C	C	24 - 50	24 - 50
3	10	GLU	GLU	GLN	GLN	(chain 'C' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	C	C	59 - 72	59 - 72
3	11	LEU	LEU	PHE	PHE	(chain 'C' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	C	C	75 - 415	75 - 415
3	12	ACO	ACO	ACO	ACO	(chain 'C' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	C	T	501
4	13	THR	THR	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 24 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	D	D	24 - 50	24 - 50
4	14	GLU	GLU	GLN	GLN	(chain 'D' and (resid 24 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	D	D	59 - 72	59 - 72
4	15	LEU	LEU	PHE	PHE	(chain 'D' and (resid 24 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	D	D	75 - 415	75 - 415
4	16	ACO	ACO	ACO	ACO	(chain 'D' and (resid 24 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	D	Z	501
5	17	THR	THR	PRO	PRO	(chain 'E' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	E	E	24 - 50	24 - 50
5	18	GLU	GLU	GLN	GLN	(chain 'E' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	E	E	59 - 72	59 - 72
5	19	LEU	LEU	PHE	PHE	(chain 'E' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	E	E	75 - 415	75 - 415
5	20	ACO	ACO	ACO	ACO	(chain 'E' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	E	CA	501
6	21	THR	THR	PRO	PRO	(chain 'F' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	F	F	24 - 50	24 - 50
6	22	GLU	GLU	GLN	GLN	(chain 'F' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	F	F	59 - 72	59 - 72
6	23	LEU	LEU	PHE	PHE	(chain 'F' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	F	F	75 - 415	75 - 415
6	24	ACO	ACO	ACO	ACO	(chain 'F' and (resid 24 through 50 or resid 59 through 73 or resid 75 through 415 or resid 501))	F	GA	501

#1: タンパク質	Uncharacterized N-acetyltransferase D2E76_00625 分子量: 44899.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: D2E76_00625 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A418LDP6, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 and 1% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 65973 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 38.36 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 6337 / CC_1/2: 0.74 / R_rim(I) all: 0.78 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RFT

6rft

解像度: 2.9→48.27 Å / SU ML: 0.3462 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.6442

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	3299	5 %
R_work	0.2076	-	-
obs	0.2097	65964	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17879	0	421	0	18300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	18715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7223	25656
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0701	2915
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	3290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7879	6668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.94	0.3337	136	0.28	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.94-2.99	0.3046	137	0.2697	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.99-3.03	0.3497	136	0.2758	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.03-3.08	0.3235	138	0.2743	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.08-3.13	0.3093	137	0.2697	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.13-3.19	0.3256	136	0.2566	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.19-3.25	0.3207	137	0.2531	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.25-3.32	0.3187	135	0.2525	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.32-3.39	0.3146	138	0.2476	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.39-3.47	0.2544	137	0.2225	2604	X-RAY DIFFRACTION	98.99
3.47-3.56	0.279	136	0.2256	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.56-3.65	0.2744	137	0.2384	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.65-3.76	0.2689	137	0.2454	2593	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.76-3.88	0.2073	137	0.1997	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.88-4.02	0.2167	136	0.1908	2596	X-RAY DIFFRACTION	98.88
4.02-4.18	0.235	136	0.1751	2576	X-RAY DIFFRACTION	97.2
4.18-4.37	0.1977	137	0.169	2591	X-RAY DIFFRACTION	98.52
4.37-4.6	0.2273	138	0.1685	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.32
4.6-4.89	0.1948	139	0.1624	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.89-5.27	0.2021	138	0.1637	2620	X-RAY DIFFRACTION	98.75
5.27-5.8	0.2367	139	0.1834	2644	X-RAY DIFFRACTION	98.51
5.8-6.63	0.2298	139	0.1926	2644	X-RAY DIFFRACTION	98.17
6.63-8.35	0.1938	139	0.1766	2635	X-RAY DIFFRACTION	97.06
8.35-48.27	0.1924	144	0.1699	2724	X-RAY DIFFRACTION	95.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.17489339279	0.00585059302539	-2.33713760501	1.47100703149	-0.903927206166	3.58132737128	-0.264713009684	-0.370860355554	-0.543053878442	0.148014671711	0.0577322623138	0.0631577960687	0.361539561254	0.115771189188	0.173668381154	0.267961686713	0.0787779120422	-0.0530845066842	0.282527726316	0.0380207826944	0.300969939647	96.7762127894	62.1097352252	62.0840455619
2	1.0992881167	-0.197444605084	0.929361840697	1.44803288674	0.36313986454	1.88641691098	-0.00818761806562	-0.0116936769351	-0.0518753456221	-0.0365917352901	0.059793327721	-0.226843989747	-0.0156341947106	0.162014844577	-0.0442230093696	0.15630409568	0.00386138516809	0.0801862357485	0.210994893521	0.0153158989403	0.248597761369	96.916417792	74.6462981724	41.8703730288
3	5.60480791977	2.97814700327	2.73762409512	6.14696779838	2.96175656971	6.86184433278	0.114314119767	0.151499658837	-0.534971969165	-0.242483722696	-0.629033004015	0.510947883666	0.7744090479	-0.00718851842286	0.520119902667	0.364260262894	0.113224614431	0.020968538366	0.248664276208	-0.111147585582	0.375508410372	68.941123921	56.4338038631	19.8698179306
4	4.82361165819	-0.134123657546	0.377471193362	1.42572328639	0.55169969509	1.35305748523	0.0778712336183	0.175977071672	-0.333119162777	-0.160848261403	-0.0246412272413	0.00981019615267	0.312988215379	0.0220132257262	-0.0452022222645	0.328866569061	0.0088171150592	-0.0376988635104	0.170284975538	-0.0320441866308	0.170905131945	61.3596071536	64.8538515454	17.4252498282
5	1.51653056663	-0.416317750039	-1.40377130028	0.864152361362	-0.788320960873	3.02718237829	-0.0362729357486	-0.0264149553583	0.00527283970155	0.162149601031	0.0268827753819	0.240917893551	0.107748666673	-0.0583163891032	0.00793481424374	0.261313650539	-0.070844635358	-0.0371589402131	0.175044435634	-0.0318985619899	0.278860312942	42.7197826466	71.2765733924	37.1427102352
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精密化 TLSグループ

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22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 148 through 280 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 281 through 415 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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