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万見
- PDB-6yb1: Crystal structure of an antiparallel octameric transmembrane coil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yb1
タイトルCrystal structure of an antiparallel octameric transmembrane coiled coil K2-CCTM-VbIc
要素K2-CCTM-VbIc
キーワードDE NOVO PROTEIN / antiparallel coiled coil / de novo membrane protein / coiled coil
機能・相同性GLYCINE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kratochvil, H.T. / Liu, L. / Scott, A.J. / Woolfson, D.N. / DeGrado, W.F.
資金援助 英国, 米国, 7件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J009784/1 英国
European Research Council (ERC)340764 英国
European Research Council (ERC)787173 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM125217 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122603 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1709506 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2021
タイトル: Constructing ion channels from water-soluble alpha-helical barrels.
著者: Scott, A.J. / Niitsu, A. / Kratochvil, H.T. / Lang, E.J.M. / Sengel, J.T. / Dawson, W.M. / Mahendran, K.R. / Mravic, M. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Liu, L. / Mulholland, A.J. / Bayley, H. ...著者: Scott, A.J. / Niitsu, A. / Kratochvil, H.T. / Lang, E.J.M. / Sengel, J.T. / Dawson, W.M. / Mahendran, K.R. / Mravic, M. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Liu, L. / Mulholland, A.J. / Bayley, H. / DeGrado, W.F. / Wallace, M.I. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2020年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K2-CCTM-VbIc
B: K2-CCTM-VbIc
C: K2-CCTM-VbIc
D: K2-CCTM-VbIc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2628
ポリマ－12,2824
非ポリマー9794
水34219
1
A: K2-CCTM-VbIc
B: K2-CCTM-VbIc
C: K2-CCTM-VbIc
D: K2-CCTM-VbIc
ヘテロ分子

A: K2-CCTM-VbIc
B: K2-CCTM-VbIc
C: K2-CCTM-VbIc
D: K2-CCTM-VbIc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,52316
ポリマ－24,5658
非ポリマー1,9588
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,x-y+1,-z1
Buried area18650 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.864, 47.864, 103.153
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Space group name HallP312(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: -y,-x,-z+2/3
#5: -x+y,y,-z+1/3
#6: x,x-y,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYILEILE(chain 'A' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))AA1 - 242 - 25
12ALAALAVALVAL(chain 'A' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))AA26 - 3027 - 31
23GLYGLYILEILE(chain 'B' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))BB1 - 242 - 25
24ALAALAVALVAL(chain 'B' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))BB26 - 3027 - 31
35GLYGLYILEILE(chain 'C' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))CC1 - 242 - 25
36ALAALAVALVAL(chain 'C' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))CC26 - 3027 - 31
47GLYGLYILEILE(chain 'D' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))DD1 - 242 - 25
48ALAALAVALVAL(chain 'D' and (resid 0 through 24 or resid 26 through 32))DD26 - 3027 - 31

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
K2-CCTM-VbIc


分子量: 3070.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 10
詳細: Monoolein lipidic cubic phase, 0.05 M Glycine, 55% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11582 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11582 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→41.5 Å / Num. obs: 7587 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 40.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.275 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 702 / CC1/2: 0.809 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.15→34.38 Å / SU ML: 0.2107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.5024
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 425 5.65 %
Rwork0.1802 7101 -
obs0.1817 7526 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数872 0 66 19 957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63651283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0354169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2873319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.460.24911310.192304X-RAY DIFFRACTION98.15
2.46-3.10.19981660.17042345X-RAY DIFFRACTION99.8
3.1-34.380.2061280.18182452X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.902700489534.19699698011.773617749276.395407587651.950115171239.209972221060.2816215867120.216437482671-0.3263826593070.5291774478610.173980609933-0.244490984312-0.0805693766450.386426433798-0.4462417660830.4000980965850.0704364456467-0.02719736121710.3013647488830.003070712185390.29703414893327.829088308940.36379055744.96700026833
26.807613890681.214142142680.8419623815516.632512149430.1526411746937.40356887115-0.176329584819-0.125278076004-0.339218110467-0.6401270351990.19998317841-0.41348710331-0.0230009559110.20506923625-0.06188556124450.3400800348760.001912945934280.0222472732840.3250557344599.34117126329E-50.18916423843726.985326413642.323560146112.2828232575
36.577033575863.0755675729-2.965847340369.7537273501-3.424589160327.35844294179-0.0356836137120.5471228932390.6410659728410.06381409622120.697755267550.625008837244-0.306076229286-0.641124492187-0.7222875198890.3932489972430.01339411134860.0360935528290.411692645881-0.01435499671890.24881441089819.838899483446.903375092810.3751477598
48.775733230263.27811952374-1.341348222076.50005773095-1.243150689318.90347138024-0.143174159299-0.201346087880.124902406772-0.1378227491480.09635378468610.311548412694-0.0129162887618-0.474282708675-0.00427812787440.3976385164820.0660570024438-0.01007780839870.293347895779-7.6200042424E-50.23089143230320.806450075845.45727836592.93284078451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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