PDB-6yav: Structure of FeSII (Shethna) protein from Azotobacter vinelandii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yav

タイトル

Structure of FeSII (Shethna) protein from Azotobacter vinelandii

要素

Dimeric (2Fe-2S) protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / nitrogenase / oxygen protection / ferredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen fixation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Kung, W.K.A. / Cotton, C.A.R. / Lieber, L. / McFarlane, C.R. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of FeSII (Shethna) protein from Azotobacter vinelandii
著者: Kabasakal, B.V. / Kung, W.K.A. / Cotton, C.A.R. / Lieber, L. / McFarlane, C.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2020年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yav.cif.gz	294.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yav.ent.gz	198.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6yav_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yav_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	6yav_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	6yav_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yav	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5frtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6chy-d 5jfy-2 1y6i-d 2pq0-2 2h2g-d 3ege-d 2yj7-d 2chg-1 6rcz-2 2cx6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (1) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (8) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

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#26 - 2002年2月
ニトロゲナーゼ (Nitrogenase)
類似性 (1)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (8)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)

登録構造単位

E: Dimeric (2Fe-2S) protein

A: Dimeric (2Fe-2S) protein

B: Dimeric (2Fe-2S) protein

C: Dimeric (2Fe-2S) protein

D: Dimeric (2Fe-2S) protein

ヘテロ分子

67.5 kDa, 5 ポリマー
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1

E: Dimeric (2Fe-2S) protein

ヘテロ分子

E: Dimeric (2Fe-2S) protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, complicated crystallization-induced domain swap, giving rise to three different dimer interfaces in the crystal.
27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Dimeric (2Fe-2S) protein

B: Dimeric (2Fe-2S) protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, chains AB and CD form an open dimer (like the closed dimer with a loop flipped out)
26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Dimeric (2Fe-2S) protein

D: Dimeric (2Fe-2S) protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, chains ABCD also form a "domain swap dimer" with themselves or symmetry mates.
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.240, 135.100, 37.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-335- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 21 or resid 24...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 21 or resid 24...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 21 or resid 24...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 21 or (resid 24...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 2 through 21 or (resid 24...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ALA	ALA	C	1 - 20
d_1	2	ens_1	ARG	PRO	C	23 - 38
d_1	3	ens_1	GLU	PRO	C	40 - 81
d_1	4	ens_1	ASP	PRO	C	92 - 118
d_1	5	ens_1	FES	FES	D
d_2	1	ens_1	ALA	ALA	E	1 - 20
d_2	2	ens_1	ARG	PRO	E	23 - 38
d_2	3	ens_1	GLU	PRO	E	40 - 81
d_2	4	ens_1	ASP	PRO	E	92 - 118
d_2	5	ens_1	FES	FES	F
d_3	1	ens_1	ALA	ALA	G	1 - 20
d_3	2	ens_1	ARG	PRO	G	23 - 38
d_3	3	ens_1	GLU	PRO	G	40 - 81
d_3	4	ens_1	ASP	PRO	G	92 - 118
d_3	5	ens_1	FES	FES	H
d_4	1	ens_1	ALA	ALA	I	1 - 20
d_4	2	ens_1	ARG	PRO	I	23 - 38
d_4	3	ens_1	GLU	PRO	I	41 - 82
d_4	4	ens_1	ASP	PRO	I	93 - 119
d_4	5	ens_1	FES	FES	J
d_5	1	ens_1	ALA	ALA	A	1 - 20
d_5	2	ens_1	ARG	PRO	A	23 - 38
d_5	3	ens_1	GLU	PRO	A	40 - 81
d_5	4	ens_1	ASP	FES	A - B	83

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.325670866424, -0.945424480888, -0.0105374427811), (-0.945343832914, -0.325793991044, 0.0135393120636), (-0.0162334326184, 0.00555214705724, -0.999852813832)	-8.73091545585, -11.9722381989, 1.62114279887
2	given	(0.911013095873, 0.41237738756, 0.000171396875885), (0.412366721143, -0.910986380163, -0.00758303709961), (-0.00297093280937, 0.00697892447196, -0.999971233672)	10.29180458, -16.1408249029, -7.56789452794
3	given	(-0.0789018442634, -0.996872218577, 0.00450319896395), (0.996861537321, -0.0788701710967, 0.0068243329814), (-0.00644781988671, 0.00502751830017, 0.999966574281)	-2.92337427701, -8.17168606225, 28.4048174567
4	given	(0.333632189478, 0.290847825896, 0.896714616986), (-0.743876753513, -0.503088026024, 0.439942966365), (0.579082841852, -0.813824293224, 0.0485085768712)	62.5298725852, 5.23638363936, -28.9200820276

#1: タンパク質	Dimeric (2Fe-2S) protein / Ferredoxin FeSII 分子量: 13289.330 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44501
#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M HEPES pH 8, 0.2 sodium citrate, and 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→42.48 Å / Num. obs: 81140 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.31 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / R_merge(I) obs: 1.311 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3986 / CC_1/2: 0.478 / R_pim(I) all: 0.571 / R_rim(I) all: 1.437 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc2_3794	精密化
PHENIX	1.18rc2_3794	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FRT

5frt

解像度: 1.65→37.3 Å / SU ML: 0.2053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2279

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	4037	4.98 %
R_work	0.1979	-	-
obs	0.1993	81085	98.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→37.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4416	0	33	196	4645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	4523
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9116	6106
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0571	716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9869	1729

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.689627402433
ens_1	d_3	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.76520964165
ens_1	d_4	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.696587147522
ens_1	d_5	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	10.6557251679

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.314	135	0.3299	2593	X-RAY DIFFRACTION	96.91
1.67-1.69	0.3716	121	0.3253	2652	X-RAY DIFFRACTION	97.26
1.69-1.71	0.2694	140	0.291	2556	X-RAY DIFFRACTION	97.43
1.71-1.73	0.3318	132	0.2793	2581	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.73-1.76	0.2732	146	0.2676	2602	X-RAY DIFFRACTION	97.52
1.76-1.78	0.2647	136	0.259	2595	X-RAY DIFFRACTION	97.5
1.78-1.81	0.2643	120	0.2533	2614	X-RAY DIFFRACTION	97.89
1.81-1.84	0.2845	113	0.2438	2649	X-RAY DIFFRACTION	97.8
1.84-1.87	0.2713	139	0.2517	2601	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.87-1.9	0.2603	133	0.2446	2599	X-RAY DIFFRACTION	97.99
1.9-1.93	0.2909	136	0.2428	2629	X-RAY DIFFRACTION	97.95
1.93-1.97	0.2703	130	0.2384	2634	X-RAY DIFFRACTION	98.29
1.97-2.01	0.2562	148	0.236	2592	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.01-2.06	0.2651	160	0.2277	2649	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.06-2.1	0.2353	137	0.2357	2625	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.1-2.16	0.2663	107	0.2233	2678	X-RAY DIFFRACTION	98.51
2.16-2.21	0.2656	133	0.2289	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.21-2.28	0.2596	144	0.2105	2639	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.28-2.35	0.2502	149	0.2276	2661	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.35-2.44	0.2622	131	0.2192	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.44-2.53	0.2491	118	0.2309	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2.53-2.65	0.2913	137	0.2302	2715	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.65-2.79	0.2617	144	0.2218	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.79-2.96	0.2082	145	0.2181	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.96-3.19	0.2422	175	0.2183	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.19-3.51	0.2176	160	0.19	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.51-4.02	0.2007	165	0.1742	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.35
4.02-5.07	0.184	161	0.1438	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.07-37.3	0.1829	142	0.1643	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.14

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'E' and (resid 2 through 18 )	E	A	2 - 18	1 - 17
2	2	chain 'E' and (resid 19 through 26 )	E	A	19 - 26	18 - 25
3	3	chain 'E' and (resid 27 through 44 )	E	A	27 - 44	26 - 43
4	4	chain 'E' and (resid 45 through 58 )	E	A	45 - 58	44 - 57
5	5	chain 'E' and (resid 59 through 68 )	E	A	59 - 68	58 - 67
6	6	chain 'E' and (resid 69 through 78 )	E	A	69 - 78	68 - 77
7	7	chain 'E' and (resid 79 through 96 )	E	A	79 - 96	78 - 86
8	8	chain 'E' and (resid 97 through 119 )	E	A	97 - 119	87 - 109
9	9	chain 'A' and (resid 2 through 18 )	A	C	2 - 18	1 - 17
10	10	chain 'A' and (resid 19 through 26 )	A	C	19 - 26	18 - 25
11	11	chain 'A' and (resid 27 through 56 )	A	C	27 - 56	26 - 55
12	12	chain 'A' and (resid 57 through 68 )	A	C	57 - 68	56 - 67
13	13	chain 'A' and (resid 69 through 78 )	A	C	69 - 78	68 - 77
14	14	chain 'A' and (resid 79 through 90 )	A	C	79 - 90	78 - 89
15	15	chain 'A' and (resid 91 through 103 )	A	C	91 - 103	90 - 102
16	16	chain 'A' and (resid 104 through 110 )	A	C	104 - 110	103 - 109
17	17	chain 'A' and (resid 111 through 120 )	A	C	111 - 120	110 - 119
18	18	chain 'B' and (resid 2 through 34 )	B	E	2 - 34	1 - 33
19	19	chain 'B' and (resid 35 through 56 )	B	E	35 - 56	34 - 55
20	20	chain 'B' and (resid 57 through 68 )	B	E	57 - 68	56 - 67
21	21	chain 'B' and (resid 69 through 78 )	B	E	69 - 78	68 - 77
22	22	chain 'B' and (resid 79 through 96 )	B	E	79 - 96	78 - 95
23	23	chain 'B' and (resid 97 through 120 )	B	E	97 - 120	96 - 119
24	24	chain 'C' and (resid 2 through 18 )	C	G	2 - 18	1 - 17
25	25	chain 'C' and (resid 19 through 50 )	C	G	19 - 50	18 - 49
26	26	chain 'C' and (resid 51 through 68 )	C	G	51 - 68	50 - 67
27	27	chain 'C' and (resid 69 through 78 )	C	G	69 - 78	68 - 77
28	28	chain 'C' and (resid 79 through 103 )	C	G	79 - 103	78 - 102
29	29	chain 'C' and (resid 104 through 120 )	C	G	104 - 120	103 - 119
30	30	chain 'D' and (resid 2 through 68 )	D	I	2 - 68	1 - 68
31	31	chain 'D' and (resid 69 through 96 )	D	I	69 - 96	69 - 96
32	32	chain 'D' and (resid 97 through 120 )	D	I	97 - 120	97 - 120

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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