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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ya2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TSWV glycoprotein N ectodomain (Trypsin treated) | ||||||
要素 | Glycoprotein糖タンパク質 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / attachment / viral entry (ウイルス侵入) / receptor binding (受容体) / viral assembly (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation by virus of host process / host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Tomato spotted wilt virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Dessau, M. / Bahat, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of tomato spotted wilt virus G N reveals a dimer complex formation and evolutionary link to animal-infecting viruses 著者: Bahat, Y. / Alter, J. / Dessau, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ya2.cif.gz | 235.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ya2.ent.gz | 190.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ya2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6ya2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6ya2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21939.869 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This construct is a S214C mutant construct based on 6YA0 entry. 由来: (組換発現) Tomato spotted wilt virus (ウイルス) 遺伝子: Gn, Gc / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A3G1GK10, UniProt: O55647*PLUS #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 19% PEG 8,000 (w/v) 0.1 M tris pH 7.5 0.2 M magnesium chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→18.85 Å / Num. obs: 24477 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.976 % / Biso Wilson estimate: 67.877 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 13.14 / Num. measured all: 170741 / Scaling rejects: 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6YA0 解像度: 2.5→18.85 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 203.65 Å2 / Biso mean: 75.2674 Å2 / Biso min: 16.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→18.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.7352 Å / Origin y: -8.7137 Å / Origin z: 4.6998 Å
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精密化 TLSグループ |
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