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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y9d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the quaternary ammonium Rieske monooxygenase CntA in complex with substrate L-Carnitine | ||||||
![]() | Carnitine monooxygenase oxygenase subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Apo / Rieske / Iron-Sulphur Cluster | ||||||
機能・相同性 | ![]() carnitine monooxygenase / carnitine metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Bugg, T.D. / Cameron, A. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of carnitine monooxygenase CntA substrate specificity, inhibition, and intersubunit electron transfer. 著者: Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Townsend, E. / Jameson, E. / Bugg, T.D.H. / Cameron, A.D. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 14.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 14.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 163.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 218.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 4 - 371 / Label seq-ID: 24 - 391
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要素
-タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 44780.172 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_ ...遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_01970, DOL94_04925, DVA79_16365, E2533_13315, E2536_16135, E5294_15630, E5979_13670, EA685_07170, EA686_01565, EA706_03020, EA722_03860, EA746_003300, EWO92_12480, EWO96_16565, EWP49_15025, FD887_09300, FD913_14110, FJU36_15000, FJU42_16200, FJU76_14830, FJU79_08840, FJU87_10695, FJV14_20515, LV38_02893, NCTC13305_01609, SAMEA104305283_02985, SAMEA104305351_01970 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1062分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/152.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
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![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/152.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-FES / #4: 化合物 | ChemComp-152 / #5: 化合物 | ChemComp-SCN / #6: 化合物 | ChemComp-EPE / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 10mM HEPES, 20% PEG3350 (w/v), 0.2M NaSCN, 0.5mM TCEP PH範囲: 7.0 - 7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→81.42 Å / Num. obs: 353116 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.38 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1489 / Rpim(I) all: 0.09601 / Rrim(I) all: 0.1778 / Net I/σ(I): 5.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.9578 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 35196 / CC1/2: 0.638 / CC star: 0.883 / Rpim(I) all: 0.6599 / Rrim(I) all: 1.168 / % possible all: 98.47 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VCP 解像度: 1.97→81.419 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.2 Å2 / Biso mean: 45.6863 Å2 / Biso min: 16.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→81.419 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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