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- PDB-6y9d: Crystal structure of the quaternary ammonium Rieske monooxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y9d
タイトルCrystal structure of the quaternary ammonium Rieske monooxygenase CntA in complex with substrate L-Carnitine
要素Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Apo / Rieske / Iron-Sulphur Cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


carnitine monooxygenase / carnitine metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Carnitine monooxygenase oxygenase subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARNITINE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / THIOCYANATE ION / Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Bugg, T.D. / Cameron, A. / Chen, Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2016-307 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of carnitine monooxygenase CntA substrate specificity, inhibition, and intersubunit electron transfer.
著者: Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Townsend, E. / Jameson, E. / Bugg, T.D.H. / Cameron, A.D. / Chen, Y.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
B: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
C: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
D: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
E: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
F: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
G: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
H: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
I: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
J: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
K: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
L: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)545,64572
ポリマ－537,36212
非ポリマー8,28360
水18,0511002
1
A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
B: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
C: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,41118
ポリマ－134,3413
非ポリマー2,07115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12720 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area41630 Å2
手法PISA
2
D: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
E: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
F: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,41118
ポリマ－134,3413
非ポリマー2,07115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area41510 Å2
手法PISA
3
G: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
H: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
I: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,41118
ポリマ－134,3413
非ポリマー2,07115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12300 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area40910 Å2
手法PISA
4
J: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
K: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
L: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,41118
ポリマ－134,3413
非ポリマー2,07115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12700 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area40890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.590, 177.770, 158.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F
71chain G
81chain H
91chain I
101chain J
111chain K
121chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 4 - 371 / Label seq-ID: 24 - 391

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF
7chain GGG
8chain HHH
9chain III
10chain JJJ
11chain KKK
12chain LLL

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Carnitine monooxygenase oxygenase subunit / Carnitine monooxygenase alpha subunit


分子量: 44780.172 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_ ...遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_01970, DOL94_04925, DVA79_16365, E2533_13315, E2536_16135, E5294_15630, E5979_13670, EA685_07170, EA686_01565, EA706_03020, EA722_03860, EA746_003300, EWO92_12480, EWO96_16565, EWP49_15025, FD887_09300, FD913_14110, FJU36_15000, FJU42_16200, FJU76_14830, FJU79_08840, FJU87_10695, FJV14_20515, LV38_02893, NCTC13305_01609, SAMEA104305283_02985, SAMEA104305351_01970
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059ZPP5, carnitine monooxygenase

-
非ポリマー , 6種, 1062分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-152 / CARNITINE / (3-CARBOXY-2-(R)-HYDROXY-PROPYL)-TRIMETHYL-AMMONIUM / L-カミチン


分子量: 162.207 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1002 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 10mM HEPES, 20% PEG3350 (w/v), 0.2M NaSCN, 0.5mM TCEP
PH範囲: 7.0 - 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→81.42 Å / Num. obs: 353116 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.38 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1489 / Rpim(I) all: 0.09601 / Rrim(I) all: 0.1778 / Net I/σ(I): 5.18
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.9578 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 35196 / CC1/2: 0.638 / CC star: 0.883 / Rpim(I) all: 0.6599 / Rrim(I) all: 1.168 / % possible all: 98.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VCP

3vcp


解像度: 1.97→81.419 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 31463 4.99 %
Rwork0.2097 599397 -
obs0.2116 353116 89.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.2 Å2 / Biso mean: 45.6863 Å2 / Biso min: 16.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→81.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34344 0 612 1002 35958
Biso mean--72.35 39.14 -
残基数----4224
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
12B12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
13C12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
14D12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
15E12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
16F12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
17G12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
18H12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
19I12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
110J12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
111K12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
112L12972X-RAY DIFFRACTION4.89TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.97-1.99240.37610070.36691832981
1.9924-2.01580.382810630.34621857683
2.0158-2.04040.381210190.33571906485
2.0404-2.06620.354610130.31721921686
2.0662-2.09340.346210920.30761944687
2.0934-2.12210.335410060.30151961187
2.1221-2.15240.309110040.28621949087
2.1524-2.18460.314610340.28371983988
2.1846-2.21870.32189950.2761957388
2.2187-2.25510.308310140.27611944887
2.2551-2.2940.303510160.26771988388
2.294-2.33570.288210180.25681991489
2.3357-2.38060.29411240.25321998989
2.3806-2.42920.269610350.23911997789
2.4292-2.4820.275910250.23632014089
2.482-2.53980.289711610.24011990590
2.5398-2.60330.279110980.23462014890
2.6033-2.67370.278610350.22931996789
2.6737-2.75240.270310870.2262013590
2.7524-2.84120.271710000.22472041190
2.8412-2.94280.25799950.21312055591
2.9428-3.06060.244210900.20552046791
3.0606-3.19990.24549410.21042055291
3.1999-3.36860.253811410.20862060892
3.3686-3.57960.231810560.19082061992
3.5796-3.8560.20510400.17532091293
3.856-4.24410.179610190.15562102193
4.2441-4.85810.181211080.14382101394
4.8581-6.12040.187211940.15532103994
6.1204-81.40.220710330.18881955087
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23730.1227-0.2910.53740.24132.20180.03660.0457-0.0461-0.02750.052-0.1846-0.08070.7079-0.07980.25330.005-0.08920.4068-0.04850.341439.2064-7.249363.7204
24.2021-1.8551.83165.7435-0.457.25080.3648-1.2466-1.28380.6676-0.2201-0.05231.27270.0047-0.28670.520.0569-0.06390.60380.15970.528122.7211-17.411489.0556
32.8528-0.28890.09841.5580.77292.0986-0.0423-0.3016-0.36250.22860.0787-0.07810.20350.40950.02160.24760.0312-0.09140.23750.04010.314926.9812-13.521278.4149
40.9322-0.47540.06340.38570.46142.93150.02410.28140.1572-0.0994-0.1260.0694-0.1782-0.82970.06250.23520.0416-0.06380.48210.02590.3198-6.6512-7.381659.2973
51.86090.2099-0.69020.64670.19722.4996-0.0430.0567-0.01880.0863-0.08010.15810.1527-0.79790.10320.191-0.0287-0.01690.3217-0.01620.3145-5.0741-12.761971.1422
66.7584-0.8957-2.87251.3419-0.89882.5882-0.57560.7261-1.6624-0.6042-0.14690.84090.6814-1.02270.46050.5592-0.2901-0.05231.3455-0.25380.8161-17.699-21.023438.6721
71.21950.006-0.77720.95880.4193.1586-00.3773-0.1389-0.0235-0.15940.21880.496-1.36230.04730.3172-0.1633-0.06880.8193-0.07380.4005-11.2015-16.831748.0608
83.03510.96050.43071.25550.61183.66390.0637-0.03650.1808-0.1287-0.0073-0.001-0.2539-0.0806-0.03530.28440.0428-0.01420.16080.01870.233420.855-5.298528.6996
92.86540.22750.00350.71490.44572.86430.04430.2719-0.0201-0.1627-0.02950.1240.0509-0.5035-0.0490.2970.0034-0.07480.29840.00440.241510.4512-11.615723.6492
103.74721.749-0.71524.0105-3.34196.22120.06560.1135-0.8351-1.0681-0.1454-0.83571.42161.29290.1280.67210.1346-0.00110.8715-0.2130.660945.4197-15.603327.5569
111.86790.26560.77791.12670.31353.63980.14030.1858-0.2457-0.04010.1264-0.24350.24270.7147-0.22250.27730.0549-0.03980.3756-0.03840.293933.9377-12.921829.2005
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48X-RAY DIFFRACTION48chain 'L' and (resid 230 through 371 )L230 - 371

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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