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- PDB-6y9c: The structure of a quaternary ammonium Rieske monooxygenase revea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y9c
タイトルThe structure of a quaternary ammonium Rieske monooxygenase reveals insights into carnitine oxidation by gut microbiota and inter-subunit electron transfer
要素Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Apo / Rieske / Iron-Sulphur Cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


carnitine monooxygenase / carnitine metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Carnitine monooxygenase oxygenase subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARNITINE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / THIOCYANATE ION / Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Bugg, T.D. / Cameron, A. / Chen, Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2016-307 英国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Characterisation of an unusual cysteine pair in the Rieske carnitine monooxygenase CntA catalytic site.
著者: Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Cameron, A.D. / Bugg, T.D.H. / Chen, Y.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2005
ポリマ－44,7481
非ポリマー4524
水1,67593
1
A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子

A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子

A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,60015
ポリマ－134,2443
非ポリマー1,35612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area41630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.242, 91.242, 87.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carnitine monooxygenase oxygenase subunit / Carnitine monooxygenase alpha subunit


分子量: 44748.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_ ...遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_01970, DOL94_04925, DVA79_16365, E2533_13315, E2536_16135, E5294_15630, E5979_13670, EA685_07170, EA686_01565, EA706_03020, EA722_03860, EA746_003300, EWO92_12480, EWO96_16565, EWP49_15025, FD887_09300, FD913_14110, FJU36_15000, FJU42_16200, FJU76_14830, FJU79_08840, FJU87_10695, FJV14_20515, LV38_02893, NCTC13305_01609, SAMEA104305283_02985, SAMEA104305351_01970
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059ZPP5, carnitine monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-152 / CARNITINE / (3-CARBOXY-2-(R)-HYDROXY-PROPYL)-TRIMETHYL-AMMONIUM / カルニチン


分子量: 162.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 % / 解説: Red Hexagonal Crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 10mM HEPES, 20% PEG3350, 0.2M NaSCN, 0.5mM TCEP / PH範囲: 7.0 - 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.23 Å / Num. obs: 38296 / % possible obs: 94.65 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 18.71 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1739 / Rpim(I) all: 0.0515 / Rrim(I) all: 0.1816 / Net I/σ(I): 4.15
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 0.36 / Num. unique obs: 3808 / CC1/2: 0.885 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.499 / Rrim(I) all: 1.442

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VCP

3vcp


解像度: 1.8→38.23 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2923 3344 4.78 %
Rwork0.2461 66639 -
obs0.2483 36236 92.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.74 Å2 / Biso mean: 41.3487 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→38.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2961 0 34 93 3088
Biso mean--43.32 33.15 -
残基数----365
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8001-1.82580.51151380.405287594
1.8258-1.8530.46041390.3735281495
1.853-1.8820.36931380.3911281895
1.882-1.91280.5228600.5307143047
1.9128-1.94580.51071430.4125219274
1.9458-1.98120.36971420.3128285196
1.9812-2.01930.3441390.3017287497
2.0193-2.06050.3191480.2987289798
2.0605-2.10530.32251710.2925297498
2.1053-2.15430.33961050.2626293999
2.1543-2.20820.34171560.26942978100
2.2082-2.26780.5217670.4016126542
2.2678-2.33460.28961840.22952993100
2.3346-2.40990.2491640.22632965100
2.4099-2.4960.31651240.23443015100
2.496-2.59590.349990.24553045100
2.5959-2.71410.27421460.24892957100
2.7141-2.85710.34551760.2562962100
2.8571-3.0360.27441540.23772986100
3.036-3.27030.24481410.23523003100
3.2703-3.59920.24751470.22292989100
3.5992-4.11950.35451280.2301292198
4.1195-5.18810.18151390.1556299299
5.1881-38.230.2131960.1869290498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3121-0.0320.03181.5610.01430.5124-0.0377-0.12490.21810.0162-0.0286-0.4416-0.0663-0.02550.0420.1548-0.018-0.02370.1843-0.00340.4772-23.9398-12.0085-0.7249
20.76610.03460.17141.7289-1.64981.6806-0.13960.266-0.5309-0.95230.1351-0.6880.76020.25580.05960.3440.03010.09380.314-0.01531.0496-9.1619-32.621-9.4665
31.18780.0579-0.04181.6513-0.01580.62550.0196-0.0689-0.3662-0.23160.0035-0.72090.0858-0.0292-0.0950.2009-0.01120.00130.15690.00580.4376-20.3268-31.2138-6.2105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 203 )A3 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 204 through 276 )A204 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 277 through 371 )A277 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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