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Yorodumi- PDB-6y9d: Crystal structure of the quaternary ammonium Rieske monooxygenase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6y9d | ||||||
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Title | Crystal structure of the quaternary ammonium Rieske monooxygenase CntA in complex with substrate L-Carnitine | ||||||
Components | Carnitine monooxygenase oxygenase subunit | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Apo / Rieske / Iron-Sulphur Cluster | ||||||
Function / homology | Function and homology information carnitine monooxygenase / carnitine metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Bugg, T.D. / Cameron, A. / Chen, Y. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Structural basis of carnitine monooxygenase CntA substrate specificity, inhibition, and intersubunit electron transfer. Authors: Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Townsend, E. / Jameson, E. / Bugg, T.D.H. / Cameron, A.D. / Chen, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6y9d.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6y9d.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6y9d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6y9d_validation.pdf.gz | 14.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6y9d_full_validation.pdf.gz | 14.6 MB | Display | |
Data in XML | 6y9d_validation.xml.gz | 163.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6y9d_validation.cif.gz | 218.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6y8jC 6y8sC 6zgpC 3vcpS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 4 - 371 / Label seq-ID: 24 - 391
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-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 44780.172 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) Gene: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_01970, ...Gene: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_01970, DOL94_04925, DVA79_16365, E2533_13315, E2536_16135, E5294_15630, E5979_13670, EA685_07170, EA686_01565, EA706_03020, EA722_03860, EA746_003300, EWO92_12480, EWO96_16565, EWP49_15025, FD887_09300, FD913_14110, FJU36_15000, FJU42_16200, FJU76_14830, FJU79_08840, FJU87_10695, FJV14_20515, LV38_02893, NCTC13305_01609, SAMEA104305283_02985, SAMEA104305351_01970 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A059ZPP5, carnitine monooxygenase |
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-Non-polymers , 6 types, 1062 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-FES / #4: Chemical | ChemComp-152 / #5: Chemical | ChemComp-SCN / #6: Chemical | ChemComp-EPE / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 Details: 10mM HEPES, 20% PEG3350 (w/v), 0.2M NaSCN, 0.5mM TCEP PH range: 7.0 - 7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 1.3 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 10, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→81.42 Å / Num. obs: 353116 / % possible obs: 98.82 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.38 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1489 / Rpim(I) all: 0.09601 / Rrim(I) all: 0.1778 / Net I/σ(I): 5.18 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.04 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.9578 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 35196 / CC1/2: 0.638 / CC star: 0.883 / Rpim(I) all: 0.6599 / Rrim(I) all: 1.168 / % possible all: 98.47 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VCP Resolution: 1.97→81.419 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.2 Å2 / Biso mean: 45.6863 Å2 / Biso min: 16.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.97→81.419 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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