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- PDB-6y8s: Crystal structure of the quaternary ammonium Rieske monooxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8s
タイトルCrystal structure of the quaternary ammonium Rieske monooxygenase CntA in complex with substrate gamma-butyrobetaine
要素Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Apo / Rieske / Iron-Sulphur Cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


carnitine monooxygenase / carnitine metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Carnitine monooxygenase oxygenase subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 3-CARBOXY-N,N,N-TRIMETHYLPROPAN-1-AMINIUM / Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.629 Å
データ登録者Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Bugg, T.D. / Cameron, A. / Chen, Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2016-307 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of carnitine monooxygenase CntA substrate specificity, inhibition, and intersubunit electron transfer.
著者: Quareshy, M. / Shanmugam, M. / Townsend, E. / Jameson, E. / Bugg, T.D.H. / Cameron, A.D. / Chen, Y.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3966
ポリマ－44,7801
非ポリマー6165
水4,288238
1
A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子

A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子

A: Carnitine monooxygenase oxygenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,18918
ポリマ－134,3413
非ポリマー1,84915
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area40310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.160, 91.160, 81.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carnitine monooxygenase oxygenase subunit / Carnitine monooxygenase alpha subunit


分子量: 44780.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_ ...遺伝子: antA_2, antA_1, antA_3, A7M79_02670, A7M90_13970, ABUW_3074, B4R90_07590, B9X95_06095, BGC29_09330, C2U32_18540, C3415_14505, CBI29_00874, CHQ89_11265, CPI82_11190, CSB70_0522, DLI75_01970, DOL94_04925, DVA79_16365, E2533_13315, E2536_16135, E5294_15630, E5979_13670, EA685_07170, EA686_01565, EA706_03020, EA722_03860, EA746_003300, EWO92_12480, EWO96_16565, EWP49_15025, FD887_09300, FD913_14110, FJU36_15000, FJU42_16200, FJU76_14830, FJU79_08840, FJU87_10695, FJV14_20515, LV38_02893, NCTC13305_01609, SAMEA104305283_02985, SAMEA104305351_01970
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A059ZPP5, carnitine monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NM2 / 3-CARBOXY-N,N,N-TRIMETHYLPROPAN-1-AMINIUM / ブチロベタイン


分子量: 146.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 % / 解説: Red Hexagonal Crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 10mM HEPES, 20% PEG3350, 0.2M NaSCN, 0.5mM TCEP / PH範囲: 7.0 - 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.629→39.778 Å / Num. obs: 47464 / % possible obs: 94.37 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.88 Å2 / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1341 / Rpim(I) all: 0.06975 / Rrim(I) all: 0.1517 / Net I/σ(I): 6.79
反射 シェル解像度: 1.629→1.687 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7547 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 4434 / CC1/2: 0.517 / CC star: 0.825 / Rpim(I) all: 0.5946 / Rrim(I) all: 0.9674 / % possible all: 93.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VCP

3vcp


解像度: 1.629→39.778 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 4480 5.01 %
Rwork0.1703 --
obs0.1714 47464 94.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.41 Å2 / Biso mean: 35.5658 Å2 / Biso min: 15.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.629→39.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 0 31 238 3101
Biso mean--49.64 41.22 -
残基数----348
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6292-1.64770.36621240.3387224676
1.6477-1.66710.37261220.3326243280
1.6671-1.68740.29481360.3071244583
1.6874-1.70870.32281340.2963258285
1.7087-1.73120.28961400.2786261888
1.7312-1.75490.27851510.2572276691
1.7549-1.780.26871410.2551271391
1.78-1.80660.23391370.2353276692
1.8066-1.83480.22871520.2153281793
1.8348-1.86490.24771450.2051280494
1.8649-1.89710.2151440.1989281994
1.8971-1.93160.20231480.1886290196
1.9316-1.96870.22861120.18295697
1.9687-2.00890.18651450.1758296399
2.0089-2.05260.2041480.1718298599
2.0526-2.10030.21462070.1675290599
2.1003-2.15280.23541590.1682295699
2.1528-2.2110.19581210.1684300999
2.211-2.27610.2111770.1648298899
2.2761-2.34950.211820.1691292299
2.3495-2.43350.17971870.1641286598
2.4335-2.53090.18651470.1708296898
2.5309-2.64610.16191250.1716297698
2.6461-2.78560.22731820.1725289198
2.7856-2.960.19931460.1651297298
2.96-3.18850.15381610.1564290098
3.1885-3.50920.16921550.1579295297
3.5092-4.01660.1871130.1404296098
4.0166-5.05880.14661900.1367287897
5.0588-39.80.19571490.1741289997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3413-0.45650.04832.3481-0.09240.32510.10220.2586-0.1298-0.278-0.07350.1110.15670.035800.22780.0368-0.01310.24570.00640.127823.6765-23.19471.1424
21.93440.3939-0.41221.0662-0.34150.60450.0384-0.18820.45980.16220.0786-0.1366-0.06850.14490.00070.19760.0103-0.00930.209-0.01920.235329.88010.025611.4155
31.0524-0.1957-0.35230.54990.20120.316-0.01170.4861.0702-0.4247-0.0196-0.2616-0.27740.2175-0.0150.3304-0.01640.02850.35320.14570.60733.56829.27383.2435
40.8909-0.04960.62410.84470.1080.45270.0940.31090.2671-0.1431-0.02430.274-0.1207-0.08140.00040.20090.0221-0.02230.24570.03920.191814.4725-11.85062.0436
51.1460.11360.31551.15370.11051.58220.0015-0.0544-0.10380.06760.00380.24040.0334-0.0508-0.00140.17050.00930.01790.15590.02560.193115.7079-22.896212.9533
62.14970.2146-0.58261.85241.58691.47050.0683-0.2516-1.05970.6654-0.27370.46610.6666-0.0146-0.00310.4296-0.04090.02040.33860.0050.62498.9095-34.9679.3133
71.1872-0.34221.33971.47730.29651.7702-0.0444-0.4298-0.27630.3394-0.01220.41280.3087-0.19630.00270.2428-0.00290.0650.24250.03010.29568.5532-26.68112.9438
81.41640.4880.27040.9508-0.85541.2059-0.1135-0.0369-0.10110.25350.09360.0760.1537-0.07050.00040.21140.00910.03720.16210.02310.156219.8376-21.570317.4161
90.1233-0.6849-0.7577-0.09520.95860.4097-0.1051-0.0675-0.16140.30210.11150.16230.2751-0.0410.00050.44450.08560.06490.31050.02720.27422.9644-32.402220.6297
100.8877-0.80740.51571.7012-0.01210.92640.11650.1461-0.5182-0.3076-0.15480.6780.1003-0.2061-0.01360.3680.0536-0.11140.3069-0.05530.386118.1616-38.3105-1.449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 66 )A4 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 114 )A67 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 141 )A115 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 142 through 167 )A142 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 168 through 203 )A168 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 204 through 239 )A204 - 239
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 240 through 276 )A240 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 277 through 305 )A277 - 305
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 306 through 335 )A306 - 335
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 336 through 371 )A336 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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