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- PDB-6y8k: Crystal structure of CD137 in complex with the cyclic peptide BCY10916 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8k
タイトルCrystal structure of CD137 in complex with the cyclic peptide BCY10916
要素
  • BCY10916
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / TNFRSF9 / CD137 / 4-1BB / bicyclic peptide / Bicycle / BCY10916
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29N / ACETATE ION / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.011 Å
データ登録者Upadhyaya, P. / Kublin, J. / Dods, R. / Kristensson, J. / Lahdenranta, J. / Kleyman, M. / Repash, E. / Ma, J. / Mudd, G. / Van Rietschoten, K. ...Upadhyaya, P. / Kublin, J. / Dods, R. / Kristensson, J. / Lahdenranta, J. / Kleyman, M. / Repash, E. / Ma, J. / Mudd, G. / Van Rietschoten, K. / Haines, E. / Harrison, H. / Beswick, P. / Chen, L. / McDonnell, K. / Battula, S. / Hurov, K. / Keen, N.
引用ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2021
タイトル: Anticancer immunity induced by a synthetic tumor-targeted CD137 agonist.
著者: Upadhyaya, P. / Lahdenranta, J. / Hurov, K. / Battula, S. / Dods, R. / Haines, E. / Kleyman, M. / Kristensson, J. / Kublin, J. / Lani, R. / Ma, J. / Mudd, G. / Repash, E. / Van Rietschoten, K. ...著者: Upadhyaya, P. / Lahdenranta, J. / Hurov, K. / Battula, S. / Dods, R. / Haines, E. / Kleyman, M. / Kristensson, J. / Kublin, J. / Lani, R. / Ma, J. / Mudd, G. / Repash, E. / Van Rietschoten, K. / Stephen, T. / You, F. / Harrison, H. / Chen, L. / McDonnell, K. / Brandish, P. / Keen, N.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
PPP: BCY10916
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2079
ポリマ－19,5192
非ポリマー6887
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.470, 122.470, 122.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-206-

NA

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AAAPPP

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA


分子量: 17765.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q07011
#2: タンパク質・ペプチド BCY10916


分子量: 1753.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BCY10916 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 6種, 37分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-29N / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)tripropan-1-one / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1-one, bound form / 1,3,5-トリプロパノイルヘキサヒドロ-s-トリアジン


分子量: 255.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 1.5 M lithium sulfate monohydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→40.857 Å / Num. obs: 21496 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 45.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 2.216 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.756 / Rrim(I) all: 2.244

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MI2

6mi2


解像度: 2.011→40.857 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 1070 4.984 %
Rwork0.2831 --
all0.285 --
obs-21467 99.851 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.013 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.011→40.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1072 0 42 30 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.018965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7981.6731530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4641.5952269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0545142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.80322.24158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88115179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg39.94153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.678157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2340.2950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0430.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2040.25
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2780.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0766.366578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.076.365577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.1649.517716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.1589.517717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.127.129561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.1137.127562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.77310.485814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.76710.484815
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.3677.3621217
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.36677.3591215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.011-2.0630.438730.3831488X-RAY DIFFRACTION99.872
2.063-2.1190.46620.381435X-RAY DIFFRACTION99.9332
2.119-2.1810.434670.3771401X-RAY DIFFRACTION99.9319
2.181-2.2480.449590.4211372X-RAY DIFFRACTION99.7908
2.248-2.3220.427700.4411317X-RAY DIFFRACTION99.4978
2.322-2.4030.486680.4161282X-RAY DIFFRACTION99.926
2.403-2.4940.439670.3971224X-RAY DIFFRACTION99.8453
2.494-2.5950.444720.3771181X-RAY DIFFRACTION100
2.595-2.7110.524580.3861167X-RAY DIFFRACTION100
2.711-2.8430.419550.3631098X-RAY DIFFRACTION99.9133
2.843-2.9970.373520.3541048X-RAY DIFFRACTION99.6377
2.997-3.1780.4570.342994X-RAY DIFFRACTION99.9049
3.178-3.3980.327610.318939X-RAY DIFFRACTION99.9001
3.398-3.670.31550.284874X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.020.26480.264819X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.4930.238300.202756X-RAY DIFFRACTION100
4.493-5.1870.233390.188669X-RAY DIFFRACTION100
5.187-6.350.24400.215571X-RAY DIFFRACTION100
6.35-8.9690.238230.218469X-RAY DIFFRACTION100
8.969-40.8570.325140.297293X-RAY DIFFRACTION97.4603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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