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- PDB-6y7j: Structure of the BRD9 bromodomain and compound 15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y7j
タイトルStructure of the BRD9 bromodomain and compound 15
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / BRD9 / Bromodomain-containing protein 9
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-OF5 / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Diaz-Saez, L. / Krojer, T. / Picaud, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Huber, K.V.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the BRD9 bromodomain
著者: Diaz-Saez, L. / Krojer, T. / Picaud, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Huber, K.V.M.
履歴
登録2020年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7506
ポリマ－28,0632
非ポリマー6874
水4,846269
1
A: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3282
ポリマ－14,0311
非ポリマー2961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4224
ポリマ－14,0311
非ポリマー3913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.110, 118.690, 28.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A10 - 120
2010B10 - 120

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 14031.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R2 / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-OF5 / 1-[8-(2,5-dimethoxyphenyl)pyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl]ethanone


分子量: 296.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→62.86 Å / Num. obs: 34080 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 202571 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.630.586925816700.4350.2740.6492.6100
8.76-62.860.0214882720.9990.010.02350.999.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.36 Å62.86 Å
Translation4.36 Å62.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MQ1

5mq1


解像度: 1.6→62.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.466 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.103
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 1686 5 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1959 32338 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92 Å2 / Biso mean: 28.47 Å2 / Biso min: 11.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å2-0 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→62.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1820 0 49 269 2138
Biso mean--17.47 32.95 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191962
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9562.0022648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0693.0054435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5915235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.89223.41879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39215371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.267159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02448
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6802 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 117 -
Rwork0.325 2358 -
all-2475 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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