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- PDB-6y79: Cryo-EM structure of a respiratory complex I F89A mutant -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6y79
タイトルCryo-EM structure of a respiratory complex I F89A mutant
要素
  • (Acyl carrier protein ...) x 2
  • Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NI9M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NU1M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NU2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NU3M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
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  • Subunit NU6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
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  • Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex I / NADH dehydrogenase / Mitochondrion proton pumping / Ubiquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / : / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly ...lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / : / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / SLBB domain / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / SLBB domain / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / Complex 1 LYR protein domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Complex 1 protein (LYR family) / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Chem-PSC / IRON/SULFUR CLUSTER / Phosphatidylinositol / Ubiquinone-9 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Chem-PSC / IRON/SULFUR CLUSTER / Phosphatidylinositol / Ubiquinone-9 / Chem-ZMP / Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Thioredoxin-like protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / ETC complex I subunit conserved region-domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / YALI0D10274p / YALI0E23749p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / YALI0A17946p / YALI0F06061p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / YALI0F00924p / YALI0F17248p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / YALI0E29095p / YALI0D00737p / YALI0F02123p / YALI0D05467p / YALI0F14003p / YALI0E28424p / YALI0E23089p / YALI0E11891p / Acyl carrier protein / YALI0D24585p / YALI0D19030p / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / YALI0D04939p / YALI0C03201p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit N7BM / NADH-ubiquinone oxidoreductase / YALI0A02651p / YALI0A01419p / NUWM protein / NUVM protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / NUGM protein / NUCM protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NUAM protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Parey, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)ZI 552/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Essential role of accessory subunit LYRM6 in the mechanism of mitochondrial complex I.
著者: Etienne Galemou Yoga / Kristian Parey / Amina Djurabekova / Outi Haapanen / Karin Siegmund / Klaus Zwicker / Vivek Sharma / Volker Zickermann / Heike Angerer /
要旨: Respiratory complex I catalyzes electron transfer from NADH to ubiquinone (Q) coupled to vectorial proton translocation across the inner mitochondrial membrane. Despite recent progress in structure ...Respiratory complex I catalyzes electron transfer from NADH to ubiquinone (Q) coupled to vectorial proton translocation across the inner mitochondrial membrane. Despite recent progress in structure determination of this very large membrane protein complex, the coupling mechanism is a matter of ongoing debate and the function of accessory subunits surrounding the canonical core subunits is essentially unknown. Concerted rearrangements within a cluster of conserved loops of central subunits NDUFS2 (β1-β2 loop), ND1 (TMH5-6 loop) and ND3 (TMH1-2 loop) were suggested to be critical for its proton pumping mechanism. Here, we show that stabilization of the TMH1-2 loop by accessory subunit LYRM6 (NDUFA6) is pivotal for energy conversion by mitochondrial complex I. We determined the high-resolution structure of inactive mutant F89A of eukaryotic complex I from the yeast Yarrowia lipolytica and found long-range structural changes affecting the entire loop cluster. In atomistic molecular dynamics simulations of the mutant, we observed conformational transitions in the loop cluster that disrupted a putative pathway for delivery of substrate protons required in Q redox chemistry. Our results elucidate in detail the essential role of accessory subunit LYRM6 for the function of eukaryotic complex I and offer clues on its redox-linked proton pumping mechanism.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _refine.ls_d_res_high

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10711
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
B: Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
C: Subunit NUCM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
D: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
E: Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
F: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
G: Subunit NUGM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
H: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
I: Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
J: Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
K: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
L: Subunit NULM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
M: Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
O: Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
P: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
Q: Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
R: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
S: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
U: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
W: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
X: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
Y: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
Z: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
a: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
b: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
c: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
d: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
e: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
f: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
g: Subunit NI9M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
h: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
i: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
j: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
n: Subunit NUNM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
1: Subunit NU1M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
2: Subunit NU2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
3: Subunit NU3M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
4: Subunit NU4M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
5: Subunit NU5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
6: Subunit NU6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
8: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
9: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,010,74286
ポリマ－978,47242
非ポリマー32,27044
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area301440 Å2
ΔGint-2025 kcal/mol
Surface area251070 Å2
手法PISA

-
要素

+
タンパク質 , 40種, 40分子 ABCDEFGHIJKLMPRSUWXYZabcdefghi...

#1: タンパク質 Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 79088.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU3, UniProt: F2Z6F1*PLUS, NADH dehydrogenase
#2: タンパク質 Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 53829.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU2, UniProt: F2Z660*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 Subunit NUCM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 52494.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU1, UniProt: F2Z626*PLUS, NADH dehydrogenase
#4: タンパク質 Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9806.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NC63, UniProt: B5FVD3*PLUS
#5: タンパク質 Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 42765.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371BY45, UniProt: Q6C7X4*PLUS
#6: タンパク質 Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 16657.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C5F3, UniProt: Q6C4W9*PLUS
#7: タンパク質 Subunit NUGM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 32389.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU0, UniProt: F2Z6D7*PLUS, NADH dehydrogenase
#8: タンパク質 Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 27247.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUT9, UniProt: F2Z6C0*PLUS, NADH dehydrogenase
#9: タンパク質 Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 25682.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUT8, UniProt: F2Z619*PLUS, NADH dehydrogenase
#10: タンパク質 Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 20849.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371CB65, UniProt: Q6C674*PLUS
#11: タンパク質 Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 23455.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT7, NADH dehydrogenase
#12: タンパク質 Subunit NULM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) / NADH dehydrogenase subunit 4L / subunit ND4L


分子量: 9815.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6D4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15148.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6Q8Z5, UniProt: Q6C8J9*PLUS
#15: タンパク質 Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) / Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14702.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N3C8, UniProt: Q6CI60*PLUS
#17: タンパク質 Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 12902.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NDL1, UniProt: Q6C9Z1*PLUS
#18: タンパク質 Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 28479.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q6ZY23, UniProt: F2Z673*PLUS, NADH dehydrogenase
#19: タンパク質 Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 19355.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C2D0, UniProt: Q6CGB4*PLUS
#20: タンパク質 Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14112.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PPE5, UniProt: B5FVF8*PLUS
#21: タンパク質 Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 18588.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NKB4, UniProt: Q6C4A6*PLUS
#22: タンパク質 Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 18656.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N7X0, UniProt: Q6CEK9*PLUS
#23: タンパク質 Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 19772.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N3H5, UniProt: Q6CI10*PLUS
#24: タンパク質 Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 17328.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8ND94, UniProt: Q6CA88*PLUS
#25: タンパク質 Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8059.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NGI5
#26: タンパク質 Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 6948.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C0F2, UniProt: B5FVE5*PLUS
#27: タンパク質 Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11039.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N596, UniProt: B5RSK3*PLUS
#28: タンパク質 Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 7807.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NFX6
#29: タンパク質 Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9621.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PJS3, UniProt: Q6CD73*PLUS
#30: タンパク質 Subunit NI9M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8921.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NJR0, UniProt: B5FVF3*PLUS
#31: タンパク質 Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 16175.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N5V2, UniProt: Q6CG53*PLUS
#32: タンパク質 Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9793.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6Q311
#33: タンパク質 Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10494.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q6ZY24, UniProt: B5RSK9*PLUS, NADH dehydrogenase
#34: タンパク質 Subunit NUNM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 13523.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371CFV9, UniProt: Q6C1R9*PLUS
#35: タンパク質 Subunit NU1M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 38361.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U3V2, UniProt: Q9B6E8*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#36: タンパク質 Subunit NU2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 53353.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U4R9, UniProt: Q9B6C8*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#37: タンパク質 Subunit NU3M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14478.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TMS4, UniProt: Q9B6C7*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#38: タンパク質 Subunit NU4M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 54506.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TMP9, UniProt: Q9B6D6*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#39: タンパク質 Subunit NU5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 73740.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TF58, UniProt: Q9B6D3*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#40: タンパク質 Subunit NU6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) / NADH dehydrogenase subunit 6 / Subunit ND6


分子量: 20765.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6E9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#41: タンパク質 Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11219.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PKH9, UniProt: B5FVG1*PLUS
#42: タンパク質 Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10035.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NNZ0, UniProt: B5RSL7*PLUS

-
Acyl carrier protein ... , 2種, 2分子 OQ

#14: タンパク質 Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 12053.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PXT9, UniProt: Q6C926*PLUS
#16: タンパク質 Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14444.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NG21, UniProt: Q6C7X2*PLUS

-
非ポリマー , 13種, 44分子

#43: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#44: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#45: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#46: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#47: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#48: 化合物 ChemComp-LMN / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / コメント: 可溶化剤*YM
#49: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#51: 化合物
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#52: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#53: 化合物 ChemComp-UQ9 / Ubiquinone-9 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E,14Z,18E,22E,26E,30Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18 ,22,26,30,34-nonaen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 795.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H82O4
#54: 化合物
ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#55: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#42 / 由来: NATURAL
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: GB30
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2100 mMsodium clorideNaCl1
31 mMEDTA1
40.025 %LMNG1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 51.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2016
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 479372
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143203 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 30 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6RFR

6rfr


Accession code: 6RFR / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.96 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0167573
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.3291341
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.05140639
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06510083
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00911398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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