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万見
- PDB-6y6t: Mouse Galactocerebrosidase complexed with galacto-noeurostegine G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y6t
タイトルMouse Galactocerebrosidase complexed with galacto-noeurostegine GNS at pH 4.6
要素Galactocerebrosidase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycosphingolipid catabolism / galactosylceramide catabolic process / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / myelination / lysosome / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 59, central domain / Glycosyl hydrolase family 59 central domain / Glycoside hydrolase, family 59 / : / Galactocerebrosidase, C-terminal lectin domain / : / Glycosyl hydrolase family 59 / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Chem-ODW / Galactocerebrosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Deane, J.E. / McLoughlin, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal SocietyUF100371 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: The Bicyclic Form of galacto -Noeurostegine Is a Potent Inhibitor of beta-Galactocerebrosidase.
著者: Viuff, A. / Salamone, S. / McLoughlin, J. / Deane, J.E. / Jensen, H.H.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactocerebrosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3798
ポリマ－74,5971
非ポリマー1,7827
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area23780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)250.830, 250.830, 77.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-945-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Galactocerebrosidase / GALCERase / Galactocerebroside beta-galactosidase / Galactosylceramidase / Galactosylceramide beta- ...GALCERase / Galactocerebroside beta-galactosidase / Galactosylceramidase / Galactosylceramide beta-galactosidase


分子量: 74596.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Galc / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54818, galactosylceramidase

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 250分子

#3: 化合物 ChemComp-ODW / (1~{R},2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-4-(hydroxymethyl)-8-azabicyclo[3.2.1]octane-1,2,3-triol / galacto-noeurostegine / GNS / ガラクトネウロステギン


分子量: 189.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.8), and 34% wt/vol polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→41.98 Å / Num. obs: 44274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 47.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 2225 / CC1/2: 0.524

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3zr5

3zr5


解像度: 2.25→41.98 Å / SU ML: 0.3031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.7331
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 2278 5.15 %
Rwork0.1589 --
obs0.1608 44225 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5190 0 15 247 5452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89327341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.05083020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30.34351470.29792614X-RAY DIFFRACTION99.78
2.3-2.350.27161430.27772586X-RAY DIFFRACTION99.85
2.35-2.410.32671480.24892618X-RAY DIFFRACTION99.75
2.41-2.480.27331620.2262569X-RAY DIFFRACTION99.78
2.48-2.550.26811470.21062593X-RAY DIFFRACTION99.89
2.55-2.630.24151300.19742624X-RAY DIFFRACTION99.93
2.63-2.730.24441580.18572590X-RAY DIFFRACTION99.82
2.73-2.830.24421570.18882596X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-2.960.25191210.17642633X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.120.20851290.18052645X-RAY DIFFRACTION99.96
3.12-3.310.2311460.18412600X-RAY DIFFRACTION99.96
3.31-3.570.20141280.16692660X-RAY DIFFRACTION99.93
3.57-3.930.19281480.13992614X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.50.14371370.1162634X-RAY DIFFRACTION99.96
4.5-5.660.13371370.1142668X-RAY DIFFRACTION100
5.66-41.980.16961400.14442703X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.318609294550.471124992037-0.4209769598391.65337104867-0.04045437096180.8112192157170.1088821629980.6615484654170.504372671307-0.504348971154-0.0646746566592-0.431981365441-0.5490090438790.546568181966-0.01704080252860.844724231846-0.3067644572720.1678390859070.9596621777510.1616529801370.62608788474690.3933593959110.5990263291.73150585015
21.66710413191-0.2159139818650.1534287412071.079015679970.04351606176831.957765558310.06740728372880.1112888140560.111626143599-0.0808226858135-0.0432066689309-0.156089553329-0.3223936268440.39300844313-0.01675379649750.316007040077-0.1223680638380.02680712845870.373149031407-0.0005856658983210.33708764591875.151876291299.969483732622.3811245022
31.470728840.459368579749-0.2004657780990.4038455482410.4503712911821.041244139680.01192063612920.1539887783590.256359737486-0.0802332131549-0.0179892580594-0.715267281203-0.4725126586440.884368574356-0.03614425771360.467434315304-0.2813750823110.05108286137580.963696318164-0.02327250320690.68668797870298.6598383403105.57647808527.2366292601
41.25867557623-0.4406400497880.2687252936762.86248618377-0.3930200588282.281857770720.0437145590008-0.309098653607-0.1377887317490.3222492389770.0590554099872-0.2628133553280.1606124095980.444847300584-0.09988299483060.343368091682-0.0379713056903-0.06580430341040.6020974244430.03919078166730.43287475284783.091171970278.227913601643.5218309691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 25:40 or resseq 338:452)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 41:337
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 453:471
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 472:668

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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