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万見
- PDB-6y56: MenT4, nucleotidyltransferase toxin Rv2826c from Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y56
タイトルMenT4, nucleotidyltransferase toxin Rv2826c from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素Uncharacterized protein
キーワードTOXIN / Nucleotidyltransferase Toxin-antitoxin system Tuberculosis
機能・相同性Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / plasma membrane / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Usher, B. / Blower, T.R.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: A nucleotidyltransferase toxin inhibits growth of Mycobacterium tuberculosis through inactivation of tRNA acceptor stems.
著者: Cai, Y. / Usher, B. / Gutierrez, C. / Tolcan, A. / Mansour, M. / Fineran, P.C. / Condon, C. / Neyrolles, O. / Genevaux, P. / Blower, T.R.
履歴
登録2020年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年1月20日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0081
ポリマ－33,0081
非ポリマー00
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.268, 57.804, 54.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.293, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 33007.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: Rv2826c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71626
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium Acetate Hydrate 0.1 M Tris pH 8.5 25% w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9781 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→54.69 Å / Num. obs: 75996 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 1.97 % / Biso Wilson estimate: 15.55 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.55
反射 シェル解像度: 1.23→1.274 Å / Num. unique obs: 7206 / CC1/2: 0.294

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.23→54.69 Å / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.6412
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 3598 4.77 %
Rwork0.184 --
obs0.1845 75481 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→54.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 0 327 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82863209
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2346878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.23-1.250.32591340.32912262X-RAY DIFFRACTION82.65
1.25-1.260.35081220.31662557X-RAY DIFFRACTION91.15
1.26-1.280.3231400.30082758X-RAY DIFFRACTION97.09
1.28-1.30.28551390.28462714X-RAY DIFFRACTION99.3
1.3-1.320.29261360.27312782X-RAY DIFFRACTION99.39
1.32-1.340.27911470.26962720X-RAY DIFFRACTION99.41
1.34-1.370.27171650.26032796X-RAY DIFFRACTION99.9
1.37-1.390.24531490.25242755X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.420.2551530.2452788X-RAY DIFFRACTION99.97
1.42-1.450.26731390.22892782X-RAY DIFFRACTION99.97
1.45-1.480.24271360.21062794X-RAY DIFFRACTION99.97
1.48-1.510.23111000.20092825X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.550.21961250.19582789X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.590.21021380.18572812X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.640.20721490.18472778X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.690.19411260.19222832X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.750.2221220.17962814X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.820.20871420.18882779X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.90.19641600.1822779X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.010.18481450.17292788X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.130.18311200.16982837X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.30.18721500.16672785X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.530.19861670.17182781X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.890.16471310.17652830X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.640.16921230.16872855X-RAY DIFFRACTION100
3.64-54.690.15761400.16192891X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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