PDB-6y4z: The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y4z

タイトル

The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212

要素

Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

キーワード

HYDROLASE / ADP-ribosylhydrolase / macrodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / purine nucleoside metabolic process / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / deacetylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / DNA polymerase processivity factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wazir, S. / Maksimainen, M.M. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Multiple crystal forms of human MacroD2.
著者: Wazir, S. / Maksimainen, M.M. / Lehtio, L.

履歴

登録	2020年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y4z.cif.gz	200.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y4z.ent.gz	154 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y4z_validation.pdf.gz	473.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y4z_full_validation.pdf.gz	479 KB	表示
XML形式データ	6y4z_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	6y4z_validation.cif.gz	51.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y4yC 6y73C 4iqyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6y73-5 6y73-7 6y4y-3 6y73-1 6y4y-4 7cnl-3 5emw-3 6llx-2 6e5g-1 6h2a-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

B: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

C: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

D: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.360, 95.360, 261.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2 / Trx-1 / MACRO domain-containing protein 2 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase MACROD2 / [Protein ADP- ...Trx-1 / MACRO domain-containing protein 2 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase MACROD2 / [Protein ADP-ribosylaspartate] hydrolase MACROD2 / [Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase MACROD2 分子量: 40906.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856, MACROD2, C20orf133 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AA25, UniProt: A1Z1Q3, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: UniProt: P0AA25, UniProt: A1Z1Q3, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→47.73 Å / Num. obs: 95967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.348 % / B_iso Wilson estimate: 42.232 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 18.92 / Num. measured all: 1280920 / Scaling rejects: 23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	11.395	1.65	1.25	79871	7011	7009	0.746	1.729	100
1.95-2	12.955	1.257	1.9	87862	6783	6782	0.867	1.309	100
2-2.06	14.074	0.937	2.81	93549	6647	6647	0.932	0.972	100
2.06-2.12	13.962	0.707	3.72	90016	6447	6447	0.955	0.734	100
2.12-2.19	13.879	0.539	4.85	86719	6251	6248	0.975	0.56	100
2.19-2.27	13.636	0.41	6.25	82868	6077	6077	0.986	0.426	100
2.27-2.36	13.039	0.325	7.5	75955	5828	5825	0.989	0.338	99.9
2.36-2.45	13.678	0.28	9.12	77690	5681	5680	0.99	0.291	100
2.45-2.56	13.231	0.216	11.46	71474	5402	5402	0.994	0.224	100
2.56-2.69	14.019	0.184	13.87	72635	5181	5181	0.995	0.191	100
2.69-2.83	13.99	0.141	17.92	69391	4960	4960	0.997	0.146	100
2.83-3	13.761	0.108	23.01	64897	4716	4716	0.998	0.113	100
3-3.21	13.348	0.078	31.29	59133	4430	4430	0.999	0.081	100
3.21-3.47	12.858	0.058	39.78	53000	4122	4122	0.999	0.061	100
3.47-3.8	12.965	0.048	48.39	49798	3841	3841	0.999	0.05	100
3.8-4.25	13.842	0.041	56.57	48115	3476	3476	1	0.042	100
4.25-4.91	13.678	0.037	61.54	42414	3101	3101	1	0.038	100
4.91-6.01	12.88	0.037	58.51	34312	2664	2664	0.999	0.038	100
6.01-8.5	12.364	0.032	60.63	26149	2115	2115	1	0.033	100
8.5-47.73	12.116	0.024	77.14	15072	1256	1244	0.999	0.025	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IQY

4iqy

解像度: 1.9→47.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.095 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.125
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2277	4765	5 %	RANDOM
R_work	0.2005	-	-	-
obs	0.2018	91202	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.45 Å² / B_iso mean: 42.981 Å² / B_iso min: 14.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.68 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.68 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→47.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6856	0	10	440	7306
B_iso mean	-	-	42.53	43.21	-
残基数	-	-	-	-	866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	7074
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.638	9541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.367	1.582	15766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.744	5	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.444	21.816	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.958	15	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.353	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1481

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	339	-
R_work	0.353	6660	-
all	-	6999	-
obs	-	-	99.81 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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