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- PDB-6y43: Fibrinogen-like globe domain of human ANGPTL6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y43
タイトルFibrinogen-like globe domain of human ANGPTL6
要素Angiopoietin-related protein 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Damage-associated molecular pattern / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / cell differentiation / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal ...Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiopoietin-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Coker, J.A. / Krojer, T. / Mutisya, J.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Midwood, K.S. / Yue, W.W. / Marsden, B.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115766 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fibrinogen-like globe domain of human ANGPTL6
著者: Coker, J.A. / Krojer, T. / Mutisya, J.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Midwood, K.S. / Yue, W.W. / Marsden, B.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-related protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9786
ポリマ－25,5131
非ポリマー4655
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC and Native-PAGE support a monomeric FBG domain of ANGPTL6, in agreement with the crystallized assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area10240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.382, 65.111, 76.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-related protein 6 / Angiopoietin-like protein 6 / Angiopoietin-related growth factor / Angiopoietin-related protein 5


分子量: 25513.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANGPTL6, AGF, ARP5, UNQ152/PRO178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CyDisCo / 参照: UniProt: Q8NI99
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus B5 (0.09M Halogens, 0.1M Buffer System 2 pH 7.5, 50% v/v Precipitant Mix 1) + 25 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→76.31 Å / Num. obs: 28186 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 14.243 Å2 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 302688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.57-1.66.91.1939613600.6761.81898.3
4.26-76.411.518.61800815600.0210.071100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSdata processing
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QNV

6qnv


解像度: 1.6→49.53 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 1295 4.87 %
Rwork0.1724 --
obs0.1742 26586 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.52 Å2 / Biso mean: 17.4062 Å2 / Biso min: 6.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→49.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 63 178 2037
Biso mean--29.09 27.97 -
残基数----222
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.660.29081420.262227622904
1.66-1.740.27171510.222527562907
1.74-1.830.24621390.203227582897
1.83-1.950.22041270.173527852912
1.95-2.10.19841120.164828272939
2.1-2.310.20991620.145527802942
2.31-2.640.16991380.15228162954
2.64-3.330.19211650.156928262991
3.33-49.530.19891590.172929813140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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