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- PDB-6y41: Fibrinogen-like globe domain of human ANGPTL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y41
タイトルFibrinogen-like globe domain of human ANGPTL2
要素Angiopoietin-related protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Damage-associated molecular pattern / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organism development / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal ...Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiopoietin-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Coker, J.A. / Krojer, T. / Mutisya, J.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Midwood, K.S. / Yue, W.W. / Marsden, B.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115766 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fibrinogen-like globe domain of human ANGPTL2
著者: Coker, J.A. / Krojer, T. / Mutisya, J.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Midwood, K.S. / Yue, W.W. / Marsden, B.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-related protein 2
B: Angiopoietin-related protein 2
C: Angiopoietin-related protein 2
D: Angiopoietin-related protein 2
E: Angiopoietin-related protein 2
F: Angiopoietin-related protein 2
G: Angiopoietin-related protein 2
H: Angiopoietin-related protein 2
I: Angiopoietin-related protein 2
J: Angiopoietin-related protein 2
K: Angiopoietin-related protein 2
L: Angiopoietin-related protein 2
M: Angiopoietin-related protein 2
N: Angiopoietin-related protein 2
O: Angiopoietin-related protein 2
P: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,94936
ポリマ－428,93916
非ポリマー1,01020
水46,4252577
1
A: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC, NATIVE-PAGE show ANGPTL2 is a monomer in solution despite 16 copies in ASU; PISA server also agrees that there are no physiologically relevant oligomers in the ASU.
  • 26.8 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9113
ポリマ－26,8091
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9713
ポリマ－26,8091
非ポリマー1622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9713
ポリマ－26,8091
非ポリマー1622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9113
ポリマ－26,8091
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Angiopoietin-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8492
ポリマ－26,8091
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.940, 154.860, 172.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-575-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Angiopoietin-related protein 2 / Angiopoietin-like protein 2


分子量: 26808.701 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANGPTL2, ARP2, UNQ170/PRO196 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CyDisCo / 参照: UniProt: Q9UKU9
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus A12 (0.06M Divalents, 0.1M Buffer System 3 pH 8.5, 50% v/v Precipitant Mix 4) + 25 mM CaCl2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→75.3 Å / Num. obs: 384504 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 32.744 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 5302074
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 13.4 % / % possible all: 100

解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all
1.79-1.820.9255516190820.7982.941
4.86-75.3637.7268115200290.0140.053

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QNV

6qnv


解像度: 1.79→70.63 Å / SU ML: 0.2248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6475
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 19265 5.01 %
Rwork0.192 364950 -
obs0.1931 384215 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→70.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28927 0 40 2583 31550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006529940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.886940635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04643776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00485268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8713974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.810.3746480.338912045X-RAY DIFFRACTION99.87
1.81-1.830.33586790.321412048X-RAY DIFFRACTION99.95
1.83-1.850.33385860.298912160X-RAY DIFFRACTION99.95
1.85-1.880.32896480.292212021X-RAY DIFFRACTION99.98
1.88-1.90.31036480.276612054X-RAY DIFFRACTION99.96
1.9-1.930.36630.279312075X-RAY DIFFRACTION99.95
1.93-1.960.28176350.250612091X-RAY DIFFRACTION99.96
1.96-1.980.26956060.242112127X-RAY DIFFRACTION99.99
1.98-2.020.25635610.234112159X-RAY DIFFRACTION99.97
2.02-2.050.26456050.226912146X-RAY DIFFRACTION99.98
2.05-2.080.26926250.23312117X-RAY DIFFRACTION99.98
2.08-2.120.25386180.213712150X-RAY DIFFRACTION99.98
2.12-2.160.2426870.214612023X-RAY DIFFRACTION99.98
2.16-2.210.25476790.204812109X-RAY DIFFRACTION99.99
2.21-2.260.23916440.20312069X-RAY DIFFRACTION99.99
2.26-2.310.21725880.196812189X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.370.22316770.19612106X-RAY DIFFRACTION99.98
2.37-2.430.24276770.196112114X-RAY DIFFRACTION99.98
2.43-2.50.21496340.193312154X-RAY DIFFRACTION99.97
2.5-2.580.21485940.195412200X-RAY DIFFRACTION99.95
2.58-2.670.2196220.190512161X-RAY DIFFRACTION99.97
2.67-2.780.21626590.188312190X-RAY DIFFRACTION99.98
2.78-2.910.21316420.184512181X-RAY DIFFRACTION99.98
2.91-3.060.21726350.183612207X-RAY DIFFRACTION99.95
3.06-3.250.20536920.176612169X-RAY DIFFRACTION99.96
3.25-3.50.18726470.170212252X-RAY DIFFRACTION99.95
3.5-3.860.16795860.153812344X-RAY DIFFRACTION99.95
3.86-4.410.16157140.145812259X-RAY DIFFRACTION99.94
4.41-5.560.16796360.159412425X-RAY DIFFRACTION99.9
5.56-70.630.25047300.236612605X-RAY DIFFRACTION99.08

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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