PDB-6y1x: X-ray structure of the radical SAM protein NifB, a key nitrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y1x

タイトル

X-ray structure of the radical SAM protein NifB, a key nitrogenase maturating enzyme

要素

Radical SAM domain protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Carbide synthase FeMo-co NifB-co FeS cluster Assembly machinery metalloprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothrix thermoacetophila (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Sosa-Fajardo, A. / Legrand, P. / Paya-Tormo, L. / Martin, L. / Pellicer-Martinez, M.T. / Echavarri-Erasun, C. / Vernede, X. / Rubio, L.M. / Nicolet, Y.

資金援助

フランス,

スペイン, 4件

組織	認可番号	国
French National Research Agency	ANR-17-EURE-0003	フランス
French National Research Agency	ANR-10-INBS-05-02	フランス
French National Research Agency	ANR-15-IDEX-02	フランス
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	2017-88475-R	スペイン

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Mechanism of the Radical SAM Carbide Synthase NifB, a Key Nitrogenase Cofactor Maturating Enzyme.
著者: Fajardo, A.S. / Legrand, P. / Paya-Tormo, L.A. / Martin, L. / Pellicer Marti Nez, M.T. / Echavarri-Erasun, C. / Vernede, X. / Rubio, L.M. / Nicolet, Y.

履歴

登録	2020年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6y1x_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1x	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5abv-1 1z70-d 2aii-d 2afy-d 4y7d-1 2hib-d 3kzv-d 5nxl-d 2aft-d 3ho6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Radical SAM domain protein

B: Radical SAM domain protein

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Radical SAM domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Radical SAM domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.180, 48.680, 80.380
Angle α, β, γ (deg.)	78.810, 87.730, 89.940
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Radical SAM domain protein 分子量: 35294.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothrix thermoacetophila (strain DSM 6194 / JCM 14653 / NBRC 101360 / PT) (古細菌) 遺伝子: Mthe_0422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0B690
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris-HCl, ammonium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.7389 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7389 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.76 Å / Num. obs: 38738 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 952 / CC_1/2: 0.37

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHELXDE		位相決定
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→47.754 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2121	1889	4.9 %
R_work	0.1769	-	-
obs	0.1786	38552	88.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.76 Å² / B_iso mean: 32.667 Å² / B_iso min: 10.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→47.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3982	0	59	397	4438
B_iso mean	-	-	45.28	38.81	-
残基数	-	-	-	-	504

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.95-2.0027	0.335	75	0.3005	1473	46
2.0027-2.0617	0.3334	95	0.2697	2153	68
2.0617-2.1282	0.2985	133	0.2329	2864	88
2.1282-2.2043	0.2403	148	0.2176	2873	91
2.2043-2.2925	0.248	156	0.207	2921	92
2.2925-2.3969	0.2315	157	0.189	2953	92
2.3969-2.5232	0.2387	146	0.1795	2984	93
2.5232-2.6813	0.225	161	0.1677	3016	95
2.6813-2.8883	0.209	153	0.1698	3030	95
2.8883-3.1789	0.1851	168	0.1736	3044	97
3.1789-3.6388	0.188	165	0.1576	3094	97
3.6388-4.5839	0.1833	165	0.1478	3113	98
4.5839-47.754	0.1979	167	0.1697	3145	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6935	3.9215	4.0245	5.3665	3.0708	7.6881	0.0018	1.2957	-0.6879	-0.0359	0.1724	0.1768	1.0054	-0.0338	-0.2187	0.5822	-0.0407	-0.0054	0.6347	-0.0965	0.4501	35.5939	7.4281	58.8017
2	2.3945	0.02	-1.3704	2.4487	-1.364	4.7766	-0.0324	0.0505	-0.0734	0.0222	0.0119	-0.0867	0.0576	0.3032	0.0145	0.1372	-0.0004	-0.0393	0.1702	0.0219	0.1567	48.2568	13.5375	76.432
3	7.9541	1.8521	1.6356	5.6969	1.222	1.9552	-0.0889	1.2311	-0.1811	-1.1638	0.0737	-1.0178	0.0288	0.9281	-0.0559	0.3983	-0.0059	0.0554	0.575	0.049	0.2502	53.3736	17.0238	56.7173
4	2.5068	0.1617	0.9981	4.2601	-1.4838	3.4775	0.0205	0.7261	-0.3865	-0.5852	-0.0138	-0.2219	0.3942	-0.0086	-0.0997	0.1981	-0.0368	-0.0042	0.3662	-0.0523	0.2079	44.7783	14.1548	63.2563
5	2.8287	0.1114	-1.3835	1.9256	-0.2333	5.2413	0.0109	0.5926	0.3177	-0.2935	-0.0477	0.0002	-0.3679	0.0875	-0.0168	0.197	-0.0019	-0.0248	0.2685	0.075	0.2115	40.5989	23.7572	64.0063
6	2.3172	0.97	0.952	1.1426	0.6832	1.9686	-0.0047	-0.0225	0.1047	0.0956	-0.0535	0.0512	0.0097	-0.0315	0.0519	0.0769	0.0326	-0.0195	0.0828	-0.007	0.1575	35.0136	17.9797	81.6803
7	1.6243	1.1286	-0.0169	1.0486	1.004	4.2913	-0.0626	0.0284	0.1886	-0.0643	0.1405	0.1608	-0.6132	-0.0799	0.0571	0.1436	0.0192	-0.0261	0.1356	0.026	0.2303	31.7309	23.6801	81.8302
8	3.2698	-0.7082	1.5051	0.9517	-0.1068	2.2006	0.0458	0.0642	-0.2152	0.0993	0.0318	0.1296	0.0536	0.0709	-0.0882	0.1456	-0.0203	-0.0044	0.1047	0.0058	0.1527	31.7499	8.0011	79.2293
9	4.6172	-0.7033	3.3009	3.0677	-3.1831	6.1746	0.0994	0.3466	-0.696	-0.3574	0.1408	-0.1028	0.6561	0.3308	-0.1544	0.2835	-0.0159	-0.0159	0.2149	-0.0829	0.3135	27.677	-1.7531	74.9006
10	2.7905	-0.6959	1.8398	7.6085	-0.6833	2.4734	0.1695	-1.5862	-0.7194	0.6254	0.2454	-0.3371	0.8047	0.4611	-0.254	0.502	0.0867	-0.0177	0.7759	0.1248	0.4815	58.1976	16.792	39.7245
11	2.4778	0.7347	0.7865	0.7261	1.4257	3.0486	0.137	-0.7013	-0.3234	-0.0771	-0.175	-0.1473	0.6528	0.0938	0.0108	0.2178	0.0503	-0.002	0.287	0.0453	0.1989	45.0499	22.4704	31.2245
12	4.9273	0.9468	-1.7555	3.8104	-0.1408	5.0033	0.0899	-0.0915	-0.1602	0.0418	-0.0689	0.2278	-0.0092	0.0249	-0.0275	0.145	-0.0066	-0.0473	0.1815	-0.0319	0.205	44.6389	19.7254	18.0918
13	1.6976	0.4248	0.5183	0.5004	1.2452	5.2079	0.1268	-0.3646	0.0615	0.1983	-0.2801	0.2327	0.1328	-0.6278	0.1526	0.2615	0.0172	0.017	0.3812	-0.03	0.237	36.5297	24.0261	36.2643
14	3.3304	-0.1452	0.6362	2.1303	-0.4576	6.1209	0.1198	-0.3133	-0.3356	0.1099	-0.0426	0.2833	0.5898	0.0945	-0.1657	0.1565	0.0137	0.0004	0.1926	-0.018	0.1958	45.824	22.7297	34.3287
15	2.3313	-0.3697	-1.0443	2.9815	-0.751	8.1958	0.028	-0.8115	0.5812	0.2724	0.1288	-0.0686	-0.7187	0.1527	-0.1449	0.2432	0.0091	-0.0241	0.3969	-0.1276	0.2802	44.4393	33.8195	36.7034
16	1.8105	0.1521	0.3552	0.8918	-0.5145	3.1733	0.0226	-0.2805	0.1625	0.0915	-0.0672	-0.0663	-0.2392	-0.1081	0.0207	0.1355	0.0054	-0.0211	0.1414	-0.0121	0.1766	54.2167	29.0803	24.1212
17	1.8454	-1.0554	-0.3159	1.2963	-1.4093	4.2615	-0.133	-0.1005	0.2951	0.0201	0.0196	-0.0504	-0.4201	0.1614	0.1411	0.1545	-0.0197	0.0011	0.106	-0.0363	0.1903	58.7331	32.4058	16.0924
18	3.0353	0.5723	1.379	0.7384	-0.0424	2.4976	-0.002	0.0366	-0.2059	-0.0294	0.078	-0.0771	0.0217	0.0451	-0.0922	0.1308	0.0233	-0.0121	0.0996	0.0018	0.1861	58.9011	16.6151	18.4503
19	5.9902	1.8975	3.2657	7.6542	3.8196	7.9455	0.2734	-0.3899	-0.6397	0.4069	-0.0131	0.0944	0.7589	-0.364	-0.3218	0.2606	-0.0076	-0.0358	0.2126	0.0708	0.2862	63.2706	7.6104	23.2331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 42 )	A	20 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 76 )	A	43 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 90 )	A	77 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 108 )	A	91 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 146 )	A	109 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 147 through 174 )	A	147 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 175 through 199 )	A	175 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 200 through 252 )	A	200 - 252
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 253 through 271 )	A	253 - 271
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 35 )	B	20 - 35
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 36 through 50 )	B	36 - 50
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 51 through 68 )	B	51 - 68
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 69 through 90 )	B	69 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 91 through 108 )	B	91 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 109 through 121 )	B	109 - 121
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 122 through 174 )	B	122 - 174
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 175 through 199 )	B	175 - 199
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 200 through 252 )	B	200 - 252
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 253 through 271 )	B	253 - 271

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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