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- PDB-6y1t: The crystal structure of engineered cytochrome c peroxidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1t
タイトルThe crystal structure of engineered cytochrome c peroxidase from Saccharomyces cerevisiae with a Trp51 to S-Trp51 modification
要素Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxidase / heme / engineered / non-canonical amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ortmayer, M. / Levy, C. / Green, A.P.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC) 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: A Noncanonical Tryptophan Analogue Reveals an Active Site Hydrogen Bond Controlling Ferryl Reactivity in a Heme Peroxidase.
著者: Ortmayer, M. / Hardy, F.J. / Quesne, M.G. / Fisher, K. / Levy, C. / Heyes, D.J. / Catlow, C.R.A. / de Visser, S.P. / Rigby, S.E.J. / Hay, S. / Green, A.P.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6794
ポリマ－36,7621
非ポリマー9173
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.848, 75.191, 106.981
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial / CCP


分子量: 36761.730 Da / 分子数: 1 / 変異: Trp51S-Trp / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 60 mM magnesium chloride hexahydrate, 60 mM calcuim chloride dihydrate, 0.1 M imidazole, 0.1 M MES pH 6.5, 20% v/v ethylene glycol and 10% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.19 Å / Num. obs: 65800 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 16.17 Å2 / Rrim(I) all: 0.09279 / Net I/σ(I): 9.07
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.5268 / Num. unique obs: 2251

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CYP

2cyp


解像度: 1.5→35.47 Å / SU ML: 0.1612 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.7866
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1766 3277 4.97 %
Rwork0.1467 --
obs0.1489 65800 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 0 72 411 2827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00762556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01733477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0733337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5948348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.28081060.26562251X-RAY DIFFRACTION82.73
1.52-1.540.28791340.23982561X-RAY DIFFRACTION93.77
1.54-1.570.28671190.21922650X-RAY DIFFRACTION97.43
1.57-1.60.23831530.20272723X-RAY DIFFRACTION99.28
1.6-1.630.22641320.18542687X-RAY DIFFRACTION99.86
1.63-1.660.22621450.17662714X-RAY DIFFRACTION99.97
1.66-1.690.24691500.17352748X-RAY DIFFRACTION99.97
1.69-1.730.20591570.15232690X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.770.18651420.15412713X-RAY DIFFRACTION99.96
1.77-1.810.21041490.14822731X-RAY DIFFRACTION99.97
1.81-1.860.19781520.14532721X-RAY DIFFRACTION99.97
1.86-1.920.19311570.14222733X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.980.17561310.13722763X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.050.17831350.13932739X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.130.14561330.1252744X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.230.14721470.11962769X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.340.16151330.11882758X-RAY DIFFRACTION99.97
2.34-2.490.14071520.12452741X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.680.15271520.1292797X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.950.16221370.14112784X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.380.18981480.14992803X-RAY DIFFRACTION100
3.38-4.260.15181440.14242844X-RAY DIFFRACTION100
4.26-35.470.17591690.16322949X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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