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万見
- PDB-6y1h: Major subunit ComGC from S. pneumoniae Com pseudopili -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1h
タイトルMajor subunit ComGC from S. pneumoniae Com pseudopili
要素Competence protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / type IV filaments type IV pilin competence pseudopili mainly alpha orthogonal bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ComG operon protein C / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Competence protein ComGC
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sheppard, D. / Berry, J.L. / Matthews, S.J. / Pelicic, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P022197/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The major subunit of widespread competence pili exhibits a novel and conserved type IV pilin fold.
著者: Sheppard, D. / Berry, J.L. / Denise, R. / Rocha, E.P.C. / Matthews, S. / Pelicic, V.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Competence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9491
ポリマ－7,9491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5170 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Competence protein


分子量: 7948.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: cglC, spr1862 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DN88

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D CBCANH
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCA
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D (H)CC(CO)NH
191isotropic13D CC(CO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D HBHA(CO)NH
1122isotropic12D IPAP HSQC
1133anisotropic12D IPAP HSQC
1141isotropic13D 15N NOESY
1151isotropic13D 13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ComGC, 25 mM NA Na2HPO4/NaH2PO4, 50 mM NA NaCl, 5 % NA D2O, 95% H2O/5% D2O15N_13C_sample95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM [U-100% 15N] ComGC, 25 mM NA Na2HPO4/NaH2PO4, 50 mM NA NaCl, 5 % NA D2O, 95% H2O/5% D2O15N_isotropic_sample95% H2O/5% D2O
reverse micelle30.5 mM [U-100% 15N] ComGC, 25 mM NA Na2HPO4/NaH2PO4, 50 mM NA NaCl, 5 % NA D2O, 3.0 % NA PEG/hexanol, 95% H2O/5% D2O15N_aligned_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.8 mMComGC[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMNa2HPO4/NaH2PO4NA1
50 mMNaClNA1
5 %D2ONA1
0.5 mMComGC[U-100% 15N]2
25 mMNa2HPO4/NaH2PO4NA2
50 mMNaClNA2
5 %D2ONA2
0.5 mMComGC[U-100% 15N]3
25 mMNa2HPO4/NaH2PO4NA3
50 mMNaClNA3
5 %D2ONA3
3.0 %PEG/hexanolNA3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: cryoprobe

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解析

ソフトウェア名称: THESEUS / バージョン: 3.3.0 / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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