PDB-6y12: Arginine hydroxylase VioC in complex with (3S)-OH-Arg, succinate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y12

タイトル

Arginine hydroxylase VioC in complex with (3S)-OH-Arg, succinate and Fe after oxygen exposure using FT-SSX methods

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent L-arginine hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / iron dependent oxygenase / Arginine hydroxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arginine hydroxylase / 2-oxoglutarate, L-arginine oxygenase (succinate-forming) activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces vinaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, A.S. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. ...

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Anaerobic fixed-target serial crystallography.
著者: Rabe, P. / Beale, J.H. / Butryn, A. / Aller, P. / Dirr, A. / Lang, P.A. / Axford, D.N. / Carr, S.B. / Leissing, T.M. / McDonough, M.A. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / ...

履歴

登録	2020年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y12.cif.gz	241.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y12.ent.gz	160.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6y12_validation.pdf.gz	736.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y12_full_validation.pdf.gz	737.1 KB	表示
XML形式データ	6y12_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	6y12_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y12	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6y0nC 6y0oC 6y0qC 6ypvC 2wboS 6alr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6aln-d 2wbq-d 6dax-d 2wbo-d 6z8w-d 5gj9-2 5uvf-3 2c91-1 5oy6-4 6mp8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent L-arginine hydroxylase

ヘテロ分子

39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.369, 67.125, 63.984
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.150, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-696- HOH

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent L-arginine hydroxylase / Viomycin biosynthesis protein C 分子量: 39481.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces vinaceus (バクテリア) 遺伝子: vioC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WZB0, L-arginine hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-ZZU / (2S,3S)-3-HYDROXYARGININE / (3S)-3-ヒドロキシ-L-アルギニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 0.05M MgCl2, 26% PEG550, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→60.08 Å / Num. obs: 36065 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 62.41 % / B_iso Wilson estimate: 19.9016295827 Å² / CC_1/2: 0.949 / R split: 0.215 / Net I/σ(I): 34.19
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 3574 / CC_1/2: 0.255 / R split: 0.841 / % possible all: 99.39
Serial crystallography measurement	Collimation: KB mirrors / Source size: 49 µm²
Serial crystallography sample delivery	解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	解説: Aerobic chip / Sample holding: thin film mylar sandwich

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
GDA		データ収集
DIALS	1.8	データ削減
DIALS	1.8	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WBO

2wbo

解像度: 1.7→60.07 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.336 / 位相誤差: 23.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	1997	5.54 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.184	36050	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→60.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2497	0	22	203	2722

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.698	3618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	492
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.5625915048	1575

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.701-1.74	0.36	140	0.31	2404	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.74-1.79	0.33	141	0.29	2410	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.79-1.84	0.32	141	0.27	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.9	0.28	143	0.25	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.26	143	0.22	2442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.05	0.23	142	0.2	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.14	0.23	141	0.19	2398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.25	0.23	144	0.18	2442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.4	0.22	142	0.18	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.58	0.2	143	0.18	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.84	0.2	143	0.17	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.25	0.21	143	0.17	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-4.1	0.17	145	0.15	2465	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-60.07	0.165	146	0.16	2496	X-RAY DIFFRACTION	99.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.71623163766	0.712638635853	0.556397290579	4.74749136402	-1.07576805431	1.74929729268	-0.0930956026839	-0.305069728524	-0.631956669326	0.320440285655	0.0282163560444	0.339047589729	0.458330510528	-0.0102621092535	0.10492915783	0.196428290729	-0.052650697736	-0.0767370236627	0.141382480903	0.0322819695464	0.125313155333	0.83459500011	-16.4432366063	15.4269715645
2	0.23699957621	0.0060348022469	0.390654898236	0.818489443672	-0.311584135507	1.95044798612	0.0411640290038	0.0110789642303	-0.114373133478	-0.0504414808902	0.032024657252	0.0452973342966	0.192725289399	0.0451591801134	-0.0557655860386	0.206035083151	-0.00919093309037	-0.0148286719836	0.143600764926	0.00189168058355	0.208884365494	4.03574854115	-11.6161136855	9.99665734058
3	0.72322462564	-0.636828426289	0.518037371157	1.62850547566	-0.320222462066	1.46120501113	0.0231208685034	-0.00146261088402	0.0458118799997	0.113314476444	-0.0210175721561	-0.189292328329	-0.0354069353614	0.126225303758	0.00142536924235	0.150552112095	-0.0125925128916	0.00598646061615	0.177608880938	0.0102265148864	0.179828019204	12.2956267005	-1.03796717571	17.729835666
4	5.80625597037	-6.88128006795	4.35723308062	9.37778146539	-5.33548252742	3.85001122223	0.0128882829428	-0.0514193870574	-0.307344061348	-0.0977994758237	0.0569943161504	0.413152442582	0.060500553471	-0.10019744606	-0.116629818811	0.130536750615	0.0033345121168	0.0300048632594	0.150636856633	-0.027231493882	0.125825901678	-7.35400493409	11.8580639768	20.7209658477
5	8.53155262091	-3.49165538067	0.797963100951	5.37666998752	-0.505561695328	2.30271132328	0.0158661621121	0.204392829773	0.535707361772	0.169073416854	-0.0527771975068	-1.19122396118	-0.100455510659	0.794871600279	0.0519800732426	0.312180057034	-0.0299513293262	-0.00260453165972	0.396826480987	-0.000863486848464	0.38878122832	10.2498416184	16.9692008361	12.5820549175
6	4.88932557539	3.80861290309	0.784888325798	8.70533457588	2.74142042475	2.74548243589	-0.0215582767058	0.141659179329	0.201750184998	0.00272967313926	-0.100321129595	0.0476055088305	-0.367319502835	0.249454167976	0.121703082678	0.221849427433	-0.00389974116397	0.0194145936069	0.151399127892	0.0318620482154	0.103993299409	-1.35452973341	17.5008268343	14.8254064541
7	8.4990104443	4.12391878561	-2.89620658436	7.79587585017	-5.54168105671	7.70683484978	-0.108222779699	0.00818543224899	0.282064075598	0.314813311811	0.125662160462	0.229835647902	-0.394024609413	-0.0899791431387	0.00751481199325	0.177585656708	0.0167144585579	0.00262943682314	0.136528489544	-0.0527417382729	0.125340857006	-4.93448612905	20.4792878042	22.9208931669
8	3.96415074543	-2.86857058496	2.97185200942	3.44778825209	-1.61932432981	2.53905645463	-0.0405070193073	-0.120346342042	0.00793498714753	0.163249309144	-0.00636292514855	0.060972455599	0.0690171839425	-0.00870410273213	0.0552297992648	0.1241313969	-0.0242974602365	0.0431010753482	0.124892525481	0.0265829459813	0.128155294944	4.50670404553	-1.46416185778	25.2621569706
9	1.24765167927	-1.19808427139	2.14225327989	3.62889997075	-2.85742945937	3.80942430815	0.0225027387399	0.343189454368	0.065754611695	-0.307989937287	-0.272299218862	-0.264067863668	-0.187413718523	0.595460349292	0.241149671725	0.18887117577	0.0148922423643	0.0454657086906	0.244269918677	0.0180028326146	0.173588702101	11.294057427	1.46950577994	5.25698749188

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 99 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 100 through 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 213 through 258 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 259 through 278 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 279 through 295 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 296 through 330 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 331 through 356 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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