PDB-6y0e: Nbe LBM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0e

タイトル

Nbe LBM

要素

NBe-LBM

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Nanobody

機能・相同性

TERBIUM(III) ION

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered nanobodies with a lanthanide binding motif for crystallographic phasing
著者: Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.

履歴

登録	2020年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y0e.cif.gz	109.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y0e.ent.gz	85.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xyfC 6xymC 6xzfC 6y1rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d7b-1 6pvx-2 3d6q-1 2g8r-1 4j6a-d 5n2l-3 5af6-5 6gyi-4 5uey-d 6fgg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NBe-LBM

B: NBe-LBM

ヘテロ分子

30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NBe-LBM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NBe-LBM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.477, 50.612, 93.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NBe-LBM 分子量: 14862.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NBe-LBM / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION 分子量: 158.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30 %(w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0032 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0032 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50.61 Å / Num. obs: 34335 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 22.1 / Num. measured all: 443937

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.5-1.53	12.2	0.952	20089	1644	0.774	0.279	0.993	2.8	98.1
8.22-50.61	10.9	0.037	2945	271	0.999	0.011	0.039	67.2	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHENIX	1.16-3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→46.764 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1803	1713	5 %
R_work	0.1608	-	-
obs	0.1618	34277	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.78 Å² / B_iso mean: 22.398 Å² / B_iso min: 8.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→46.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1980	0	2	186	2168
B_iso mean	-	-	17.85	31.12	-
残基数	-	-	-	-	253

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5-1.5441	0.2926	142	0.2182	2606	98
1.5441-1.594	0.2276	134	0.1966	2698	99
1.594-1.651	0.2371	131	0.1786	2656	99
1.651-1.7171	0.2034	143	0.172	2676	99
1.7171-1.7952	0.2098	140	0.1615	2679	99
1.7952-1.8899	0.1888	126	0.1506	2687	99
1.8899-2.0083	0.1525	136	0.1422	2722	99
2.0083-2.1633	0.1758	160	0.1443	2694	100
2.1633-2.381	0.1973	155	0.1477	2701	100
2.381-2.7255	0.1693	150	0.1507	2735	99
2.7255-3.4337	0.1624	147	0.1633	2789	100
3.4337-46.764	0.1699	149	0.1675	2921	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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