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万見
- PDB-6y07: Designing a Granulopoietic Protein by Topological Rescaffolding 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y07
タイトルDesigning a Granulopoietic Protein by Topological Rescaffolding 1: Sohair
要素sohair
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein design / receptor modulator / GCSF analog
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / NOESY back-calculation
データ登録者ElGamacy, M. / Coles, M.
引用
ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020
タイトル: Design of novel granulopoietic proteins by topological rescaffolding.
著者: Hernandez Alvarez, B. / Skokowa, J. / Coles, M. / Mir, P. / Nasri, M. / Maksymenko, K. / Weidmann, L. / Rogers, K.W. / Welte, K. / Lupas, A.N. / Muller, P. / ElGamacy, M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Mapping Local Conformational Landscapes of Proteins in Solution.
著者: ElGamacy, M. / Riss, M. / Zhu, H. / Truffault, V. / Coles, M.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sohair


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2971
ポリマ－20,2971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 20000back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 sohair


分子量: 20297.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D (H)CC(CO)NH
141isotropic13D H(CCO)NH
151isotropic13D CCH-TOCSY
161isotropic22D NOESY
171isotropic23D CNH-NOESY
181isotropic23D 1H-15N NOESY
191isotropic23D NNH-NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 650 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] sohair, 50 mM PBS, 90% H2O/10% D2O
Label: double labelled / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
650 uMsohair[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMPBSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 125 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.2 / 圧: 1 atm / 温度: 315 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospinデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
RosettaBakerstructure calculation
CoMANDin house精密化
精密化手法: NOESY back-calculation / ソフトェア番号: 4
詳細: see (2019) ElGamacy et al., Structure 27: 853-865.e5
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 20000 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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