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- PDB-6xym: Nbe-LBM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xym
タイトルNbe-LBM
要素Nbe-LBM
キーワードIMMUNE SYSTEM / Nanobody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TERBIUM(III) ION
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered nanobodies with a lanthanide binding motif for crystallographic phasing
著者: Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nbe-LBM
B: Nbe-LBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4824
ポリマ－31,1642
非ポリマー3182
水3,477193
1
A: Nbe-LBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7412
ポリマ－15,5821
非ポリマー1591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nbe-LBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7412
ポリマ－15,5821
非ポリマー1591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.731, 63.855, 66.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nbe-LBM


分子量: 15582.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30 %(w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→63.85 Å / Num. obs: 81806 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 1061978
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.2-1.2212.33.3724904539730.5180.9863.5170.898.7
6.57-63.8512.10.04871445910.9990.0140.0572.399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→60.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.1949 / WRfactor Rwork: 0.1458 / FOM work R set: 0.7203 / SU B: 2.492 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.0385 / SU Rfree: 0.0422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 4045 4.9 %RANDOM
Rwork0.1539 ---
obs0.1562 77705 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 178.26 Å2 / Biso mean: 32.637 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.08 Å20 Å20 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→60.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 2 193 2238
Biso mean--19.92 39.73 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0132221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0181965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0731.6343011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6671.5924554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.255.066302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.05421.855124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.94415360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7111518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.33934182
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 282 -
Rwork0.312 5672 -
all-5954 -
obs--99.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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