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- PDB-6xyj: Hfq from E.coli with inserted long loop L4 sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xyj
タイトルHfq from E.coli with inserted long loop L4 sequence
要素RNA-binding protein Hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Hfq / SmAP / tertiary structure / RNA-chaperon
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.772 Å
データ登録者Nikulin, A.D. / Alipov, A.A. / Lekontseva, N.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号
Russian Foundation for Basic Research18-04-00222 ロシア
引用ジャーナル: Crystallography Reports / : 2021
タイトル: Structure of a Mutant Form of Translation Regulator Hfq with the Extended Loop L4
著者: Alipov, A.A. / Lekontseva, N.V. / Mikhailina, A.O. / Fando, M.S. / Tishchenko, S.V. / Nikulin, A.D.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: RNA-binding protein Hfq
BBB: RNA-binding protein Hfq
CCC: RNA-binding protein Hfq
DDD: RNA-binding protein Hfq
EEE: RNA-binding protein Hfq
FFF: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4156
ポリマ-63,4156
非ポリマー00
181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.811, 112.616, 78.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.434, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein Hfq


分子量: 10569.116 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PA7) (バクテリア)
: PA7 / 遺伝子: hfq, PSPA7_5673 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6VD57
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% PEG 400, 50 mM PIPES 7.0, 30 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 14459 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.52 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.269 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1895 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 1.134 / Rrim(I) all: 1.611 / Χ2: 0.5 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U1S
解像度: 2.772→43.401 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 28.317 / SU ML: 0.515 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.428
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 715 4.945 %
Rwork0.211 --
all0.215 --
obs-14458 98.1 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 97.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.443 Å2-0 Å25.328 Å2
2---7.485 Å20 Å2
3---1.781 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.772→43.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3861 0 0 1 3862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.6445323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1311.5728976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1685475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.44622.069203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.65715735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9841530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.210.23970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21804
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.22031
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1810.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1540.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.13410.1691918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.13110.1671917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.04415.242387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.04315.2442388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.20710.8582007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.20510.8612008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.54616.0352934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.54516.0382935
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.861116.9114074
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.861116.9384075
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.772-2.8440.474390.412852X-RAY DIFFRACTION80.6335
2.844-2.9220.388640.368974X-RAY DIFFRACTION99.6161
2.922-3.0060.322610.321953X-RAY DIFFRACTION99.6071
3.006-3.0990.346490.308954X-RAY DIFFRACTION100
3.099-3.20.324540.26890X-RAY DIFFRACTION99.6832
3.2-3.3120.328260.261907X-RAY DIFFRACTION99.8929
3.312-3.4370.225330.214876X-RAY DIFFRACTION99.5619
3.437-3.5770.245480.199829X-RAY DIFFRACTION99.7725
3.577-3.7350.301370.19783X-RAY DIFFRACTION99.3939
3.735-3.9170.316350.215769X-RAY DIFFRACTION99.382
3.917-4.1280.3360.196709X-RAY DIFFRACTION99.466
4.128-4.3780.224370.174684X-RAY DIFFRACTION100
4.378-4.6780.224300.139649X-RAY DIFFRACTION99.269
4.678-5.0510.227210.169600X-RAY DIFFRACTION99.36
5.051-5.530.375310.215554X-RAY DIFFRACTION99.1525
5.53-6.1780.406160.206509X-RAY DIFFRACTION99.2439
6.178-7.1240.383320.225432X-RAY DIFFRACTION99.5708
7.124-8.7010.231270.17372X-RAY DIFFRACTION99.5012
8.701-12.2060.212220.155277X-RAY DIFFRACTION98.3553
12.206-43.40.289170.264170X-RAY DIFFRACTION97.3958

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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