PDB-6xyj: Hfq from E.coli with inserted long loop L4 sequence

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xyj

タイトル

Hfq from E.coli with inserted long loop L4 sequence

要素

RNA-binding protein Hfq

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Hfq / SmAP / tertiary structure / RNA-chaperon

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.772 Å

データ登録者

Nikulin, A.D. / Alipov, A.A. / Lekontseva, N.V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2021
タイトル: Structure of a Mutant Form of Translation Regulator Hfq with the Extended Loop L4
著者: Alipov, A.A. / Lekontseva, N.V. / Mikhailina, A.O. / Fando, M.S. / Tishchenko, S.V. / Nikulin, A.D.

履歴

登録	2020年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xyj.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xyj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xyj_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xyj_full_validation.pdf.gz	493.8 KB	表示
XML形式データ	6xyj_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	6xyj_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/6xyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/6xyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u1sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7msf-d 1aq4-d 1zdi-d 3tlf-2 1u1y-d 1aq3-d 6msf-d 1zdk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: RNA-binding protein Hfq

BBB: RNA-binding protein Hfq

CCC: RNA-binding protein Hfq

DDD: RNA-binding protein Hfq

EEE: RNA-binding protein Hfq

FFF: RNA-binding protein Hfq

63.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.811, 112.616, 78.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.434, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	RNA-binding protein Hfq 分子量: 10569.116 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PA7) (バクテリア) 株: PA7 / 遺伝子: hfq, PSPA7_5673 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6VD57
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% PEG 400, 50 mM PIPES 7.0, 30 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 14459 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 0.52 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.269 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1895 / CC_1/2: 0.584 / R_pim(I) all: 1.134 / R_rim(I) all: 1.611 / Χ²: 0.5 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U1S

1u1s

解像度: 2.772→43.401 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 28.317 / SU ML: 0.515 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.428

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2846	715	4.945 %
R_work	0.211	-	-
all	0.215	-	-
obs	-	14458	98.1 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.443 Å²	-0 Å²	5.328 Å²
2-	-	-7.485 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.781 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.772→43.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3861	0	0	1	3862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.644	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.131	1.572	8976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.168	5	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.446	22.069	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.657	15	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.984	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	735
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.181	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.134	10.169	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.131	10.167	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.044	15.24	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.043	15.244	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.207	10.858	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.205	10.861	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.546	16.035	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.545	16.038	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.861	116.911	4074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.861	116.938	4075

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.772-2.844	0.474	39	0.412	852	X-RAY DIFFRACTION	80.6335
2.844-2.922	0.388	64	0.368	974	X-RAY DIFFRACTION	99.6161
2.922-3.006	0.322	61	0.321	953	X-RAY DIFFRACTION	99.6071
3.006-3.099	0.346	49	0.308	954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.2	0.324	54	0.26	890	X-RAY DIFFRACTION	99.6832
3.2-3.312	0.328	26	0.261	907	X-RAY DIFFRACTION	99.8929
3.312-3.437	0.225	33	0.214	876	X-RAY DIFFRACTION	99.5619
3.437-3.577	0.245	48	0.199	829	X-RAY DIFFRACTION	99.7725
3.577-3.735	0.301	37	0.19	783	X-RAY DIFFRACTION	99.3939
3.735-3.917	0.316	35	0.215	769	X-RAY DIFFRACTION	99.382
3.917-4.128	0.3	36	0.196	709	X-RAY DIFFRACTION	99.466
4.128-4.378	0.224	37	0.174	684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.378-4.678	0.224	30	0.139	649	X-RAY DIFFRACTION	99.269
4.678-5.051	0.227	21	0.169	600	X-RAY DIFFRACTION	99.36
5.051-5.53	0.375	31	0.215	554	X-RAY DIFFRACTION	99.1525
5.53-6.178	0.406	16	0.206	509	X-RAY DIFFRACTION	99.2439
6.178-7.124	0.383	32	0.225	432	X-RAY DIFFRACTION	99.5708
7.124-8.701	0.231	27	0.17	372	X-RAY DIFFRACTION	99.5012
8.701-12.206	0.212	22	0.155	277	X-RAY DIFFRACTION	98.3553
12.206-43.4	0.289	17	0.264	170	X-RAY DIFFRACTION	97.3958

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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