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- PDB-6xxs: Crystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xxs
タイトルCrystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with the NcoR1 BBD1 corepressor peptide.
要素
  • (B-cell lymphoma 6 protein) x 2
  • Nuclear receptor corepressor 1
キーワードTRANSCRIPTION / BCL6 / NCoR1.
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes ...: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of glycolytic process / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / nuclear thyroid hormone receptor binding / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of cell motility / negative regulation of B cell apoptotic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of fatty acid metabolic process / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of Rho protein signal transduction / erythrocyte development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / locomotor rhythm / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / regulation of cell differentiation / B cell proliferation / regulation of T cell proliferation / histone deacetylase complex / negative regulation of cellular senescence / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of immune response / Nuclear signaling by ERBB4 / Rho protein signal transduction / spindle assembly / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of B cell proliferation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cytokine production / negative regulation of miRNA transcription / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / cell-matrix adhesion / nuclear receptor binding / transcription corepressor binding / HDACs deacetylate histones / cell motility / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / chromatin DNA binding / Heme signaling / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of cell growth / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / cell morphogenesis / : / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / mitotic spindle / transcription corepressor activity / intracellular protein localization / heterochromatin formation / regulation of cell population proliferation / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Zinc finger, C2H2 type / SANT/Myb domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor corepressor 1 / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Wright, S.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Kay Kendall Leukaemia FundKKLF1047 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Functionalization of the BCL6 BTB domain into a noncovalent crystallization chaperone.
著者: Zacharchenko, T. / Wright, S.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
C: Nuclear receptor corepressor 1
D: Nuclear receptor corepressor 1
E: B-cell lymphoma 6 protein
G: Nuclear receptor corepressor 1
F: B-cell lymphoma 6 protein
H: Nuclear receptor corepressor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7358
ポリマ－68,7358
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19840 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area26570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.380, 165.380, 244.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 15488.877 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR1


分子量: 1942.288 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75376
#3: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14498.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.76 %
解説: Rod like crystals, High-Solvent content, Porous lattice.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2M Sodium chloride 5%(w/v) PEG 4000 0.1M Tris base/ Hydrochloric acid pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→93.05 Å / Num. obs: 31807 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 72.67 Å2 / CC1/2: 0.958 / Rpim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.25→3.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4532 / CC1/2: 0.154 / Rpim(I) all: 0.818 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R28

1r28


解像度: 3.25→82.69 Å / SU ML: 0.4326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.9122
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 1610 5.07 %
Rwork0.1966 30166 -
obs0.198 31776 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→82.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4675 0 0 0 4675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00354764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5756425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.96091827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.350.35741180.34042447X-RAY DIFFRACTION99.65
3.35-3.450.33441340.32442470X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.580.31671260.30422459X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.720.28171330.2622470X-RAY DIFFRACTION99.96
3.72-3.890.2671260.22392495X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.090.2611450.20552468X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.350.19121440.16412493X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.690.14771380.13472492X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.160.15131390.13152511X-RAY DIFFRACTION99.96
5.16-5.90.23591310.16062548X-RAY DIFFRACTION99.96
5.91-7.440.19741120.19592594X-RAY DIFFRACTION99.96
7.44-82.690.20881640.16862719X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.962886733621.218885072031.632337128052.524398373910.5455193699072.628297285650.07611558202610.212854920273-0.130213666916-0.02570743023980.1669448470190.01172054046910.294397479286-0.109407784955-0.2496779248810.3754215022710.0203816435334-0.0006341447919970.48608535318-0.05243914011620.340176737173-71.548547871236.3347285051-46.6411398856
21.871214729330.08465539513150.7578130036681.575469562951.133453981395.549796126460.0831073649958-0.2380611799940.2079101596180.256868477663-0.0371700236749-0.160384563480.147771595029-0.121880584939-0.04520666751610.418309319531-0.0473954545934-0.02142750177520.419850935569-0.04133255929190.401718770688-62.28561934144.4822243587-34.8781383309
37.67281203209-0.217739987561-1.452326983015.773270515071.897446497595.93077979736-0.2139409890470.2216522832591.12673486071-0.177274972190.739156554975-0.272711825672-0.273767456245-0.268264030588-0.6022343476640.6435048886860.0069671414204-0.0265649122120.4255260997940.01339848947370.291737210891-68.835268482543.8845163879-54.1517529994
44.9064989564-0.0627577077280.9926010671615.159955695950.9130011171374.31910370410.03061980126350.3157114008060.125307114795-0.781301269960.203963985741-0.721586083028-0.02505943690821.19893807225-0.4167697448870.420830018314-0.110857181820.01384129152620.486139542284-0.1905792657250.534241143738-53.437811971144.1675969014-40.9787763971
56.314043135630.7153262479080.539760610233.580234425930.6622597385671.931927347980.02965359366660.0412954104513-0.08302743075140.2759042759690.102374539429-0.2028080098620.1284812086480.290356887723-0.1010146548560.5490154565740.049683593035-0.10507468470.393013358752-0.09018662428090.420243791781-63.4960866701-1.95668451533-57.5348669913
63.83644561357-3.044512845334.007944118864.18652814051-6.043888608288.794264643270.4434404566180.495581769776-0.7174628098521.02252815910.305757392118-0.328806018357-0.7605228886751.27985328908-0.7993002093280.8161653781250.03246911603230.01933532040790.594425577379-0.3688543183060.981740808421-52.2329968967-6.64005735831-59.6485386247
71.434064496541.185610053920.1633915358872.69720105817-0.03827046780111.40282245702-0.224853162440.1244049761430.1120367222920.01388436002930.426605612681-0.982542874481-0.09939948522430.52000189915-0.1654376371940.476375169156-0.0187388568982-0.0568993674280.692925148897-0.2418800088440.751151831184-51.229116308913.7269756445-53.8391749044
88.03836120552-5.45478686177-5.066031852074.22763331283.529691948213.29283820449-0.6294368043630.8603998468380.1664553164010.7099623729440.606039659738-0.9931994594011.28688953121-0.08254815985310.2526776149150.6851733247330.102062686088-0.1426001035181.06733996271-0.2965410825541.00831452074-44.44993727357.71544742814-47.2678548684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -2 through 127)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -4 through 126)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1340 through 1356)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1341 through 1356)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 6 through 127)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'G' and resid 1340 through 1356)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'F' and resid -2 through 126)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 1341 through 1356)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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