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- PDB-6xxq: Crystal structure of spectinomycin adenyltransferase AAD(9) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xxq
タイトルCrystal structure of spectinomycin adenyltransferase AAD(9) from Enterococcus faecialis with ATP and spectinomycin
要素Streptomycin 3''-adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyltransferase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyltransferase AadA, C-terminal domain / Aminoglycoside adenylyltransferase, C-terminal domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPECTINOMYCIN / Spectinomycin 9-adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kanchugal P, S. / Selmer, M.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-03827 スウェーデン
Swedish Research Council2016-06889 スウェーデン
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2020
タイトル: Structural Recognition of Spectinomycin by Resistance Enzyme ANT(9) from Enterococcus faecalis.
著者: Kanchugal P, S. / Selmer, M.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
B: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,54511
ポリマ－61,7472
非ポリマー1,7989
水21612
1
A: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7856
ポリマ－30,8731
非ポリマー9115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7605
ポリマ－30,8731
非ポリマー8874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.532, 69.312, 94.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 135.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Streptomycin 3''-adenylyltransferase / AAD(9)


分子量: 30873.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: spc, aad9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q07448, streptomycin 3''-adenylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-SCM / SPECTINOMYCIN / ACTINOSPECTACIN / ESPECTINOMICINA / CHX-3101 / スペクチノマイシン


分子量: 332.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: Long hexagonal prism-shaped
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.02 M of each monosaccharide (0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fucose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine), 0.1 M ...詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.02 M of each monosaccharide (0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fucose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine), 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 and soaked with 10 mM ATP, 10 mM MgCl2 and pinch of spectinomycin powder

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月29日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→55.9 Å / Num. obs: 12346 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 48.46 Å2 / CC1/2: 0.9 / CC star: 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.3 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1187 / CC1/2: 0.5 / CC star: 0.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.15.2_3472データ削減
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDS1.15.2_3472データ削減
Aimless1.15.2_3472データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SXJ

6sxj


解像度: 3→55.89 Å / SU ML: 0.4517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 623 5.05 %
Rwork0.2397 --
obs0.2411 12341 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→55.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4062 0 113 12 4187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51195766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0375658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.56582650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.30.38161260.31252894X-RAY DIFFRACTION99.87
3.3-3.780.28861280.27432958X-RAY DIFFRACTION99.84
3.78-4.760.26091940.21622899X-RAY DIFFRACTION99.9
4.76-55.890.24041750.20442967X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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