PDB-6xwz: Carbonic Anhydrase II-mediated hydrolysis of selenolester

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xwz

タイトル

Carbonic Anhydrase II-mediated hydrolysis of selenolester

要素

carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / inhibitor / selenium / selenoester / selenol

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Angeli, A. / Feraroni, M.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Selenolesterase enzyme activity of carbonic anhydrases
著者: Angeli, A. / Carta, F. / Donnini, S. / Capperucci, A. / Ferraroni, M. / Tanini, D. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2020年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xwz.cif.gz	72.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xwz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xwz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fikS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f14-d 3mwo-1 5ekj-d 3m5s-d 4rfd-d 6ugq-d 6g6t-d 7jnr-d 7k6x-d 6h2z-d 1cil-d 4mty-d 3ryv-d 3s75-d 4q7v-d 4q07-d 6yzq-d 4ww6-d 3eft-d 6h33-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.336, 41.311, 72.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.259, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	carbonic anhydrase 2 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-GXE / benzeneselenol / ベンゼンセレノ-ル分子量: 157.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: solution of 1.5-1.7 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→41.31 Å / Num. obs: 50482 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 31 % / CC_1/2: 0.89 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.38→1.4 Å / Num. unique obs: 2342 / CC_1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.38→41.065 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 1.128 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	2485	4.925 %
R_work	0.1804	-	-
all	0.181	-	-
obs	-	50452	99.708 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.639 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.574 Å²	0 Å²	0.007 Å²
2-	-	-0.229 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.708 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→41.065 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2030	0	14	168	2212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.832	1.638	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.457	1.584	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.242	5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.419	23.714	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.8	15	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.879	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.129	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.036	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.559	1.621	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.548	1.619	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.297	2.433	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.296	2.433	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.543	1.836	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.541	1.836	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.807	2.654	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.806	2.655	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.536	19.367	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.538	19.372	2345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.412	0.293	188	0.287	3409	X-RAY DIFFRACTION	96.8237
1.412-1.45	0.264	180	0.256	3425	X-RAY DIFFRACTION	99.9723
1.45-1.492	0.279	176	0.246	3347	X-RAY DIFFRACTION	99.8017
1.492-1.538	0.222	163	0.205	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.8831
1.538-1.589	0.226	171	0.177	3155	X-RAY DIFFRACTION	99.9699
1.589-1.645	0.202	154	0.178	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
1.645-1.707	0.208	148	0.176	2941	X-RAY DIFFRACTION	99.9353
1.707-1.776	0.215	161	0.167	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.9667
1.776-1.855	0.206	141	0.166	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.9653
1.855-1.946	0.175	125	0.164	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.9262
1.946-2.051	0.17	130	0.17	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.051-2.175	0.198	133	0.173	2352	X-RAY DIFFRACTION	99.9598
2.175-2.325	0.195	110	0.177	2202	X-RAY DIFFRACTION	99.9568
2.325-2.511	0.222	129	0.179	2055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.511-2.751	0.188	77	0.177	1918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.751-3.075	0.213	105	0.188	1711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.075-3.549	0.197	60	0.19	1560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.549-4.344	0.172	62	0.161	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
4.344-6.132	0.195	46	0.161	1034	X-RAY DIFFRACTION	99.9075
6.132-41.065	0.222	26	0.171	595	X-RAY DIFFRACTION	99.8392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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