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- PDB-6xw0: X-ray structure obtained upon reaction of dirhodium tetraacetate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xw0
タイトルX-ray structure obtained upon reaction of dirhodium tetraacetate with RNase A (low resolution)
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードUNKNOWN FUNCTION / dirhodium / model protein / metalation
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RHODIUM(III) ION / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Merlino, A. / Ferraro, G.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer Research22578 イタリア
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2020
タイトル: Protein interactions of dirhodium tetraacetate: a structural study.
著者: Ferraro, G. / Pratesi, A. / Messori, L. / Merlino, A.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Ribonuclease pancreatic
BBB: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,94822
ポリマ－27,4172
非ポリマー1,53220
水5,729318
1
AAA: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 14.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,59213
ポリマ－13,7081
非ポリマー88412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3569
ポリマ－13,7081
非ポリマー6488
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.660, 32.440, 68.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-306-

HOH

21AAA-429-

HOH

31AAA-460-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物
ChemComp-RH3 / RHODIUM(III) ION


分子量: 102.906 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG4K 10 mM sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→67.93 Å / Num. obs: 19347 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1111 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.14 / Rrim(I) all: 0.294 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ot4

4ot4


解像度: 1.8→67.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.113 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 993 5.14 %
Rwork0.1694 --
all0.172 --
obs-19319 94.12 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.082 Å20 Å20.356 Å2
2--1.19 Å2-0 Å2
3----0.144 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→67.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1867 0 56 318 2241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.6572722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.421.584059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2795255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70623.922102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51515345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.947159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1570.2950
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1210.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.270.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2740.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1712.2361017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1382.2271004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3083.3251265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3083.3261266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6472.476997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6462.476998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1053.5861457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1043.5861458
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.45128.312341
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.43728.3062340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.264650.241281X-RAY DIFFRACTION92.1918
1.847-1.8970.243810.2161283X-RAY DIFFRACTION92.1622
1.897-1.9520.236620.1981257X-RAY DIFFRACTION92.1733
1.952-2.0120.337570.1961202X-RAY DIFFRACTION91.298
2.012-2.0780.201620.1861163X-RAY DIFFRACTION91.4179
2.078-2.1510.245770.1841135X-RAY DIFFRACTION92.1673
2.151-2.2320.209640.1561081X-RAY DIFFRACTION93.5458
2.232-2.3230.209560.1561109X-RAY DIFFRACTION93.4242
2.323-2.4260.226430.1571046X-RAY DIFFRACTION95.1923
2.426-2.5450.161480.1461015X-RAY DIFFRACTION96.1991
2.545-2.6820.235610.157984X-RAY DIFFRACTION96.8489
2.682-2.8450.228500.178896X-RAY DIFFRACTION95.9432
2.845-3.0410.244490.168876X-RAY DIFFRACTION96.4546
3.041-3.2840.22370.158829X-RAY DIFFRACTION97.0852
3.284-3.5960.191480.149728X-RAY DIFFRACTION95.8025
3.596-4.0190.179310.146688X-RAY DIFFRACTION96.9003
4.019-4.6380.149400.133596X-RAY DIFFRACTION96.2178
4.638-5.6740.238290.159506X-RAY DIFFRACTION96.0503
5.674-7.9970.164180.222415X-RAY DIFFRACTION96.6518
7.997-67.930.357150.242236X-RAY DIFFRACTION94.0075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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