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- PDB-6xvj: Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xvj
タイトルCrystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor
要素Vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / type II kinase inhibitor / structure-based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hydrogen sulfide / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development ...cellular response to hydrogen sulfide / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development / endocardium development / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / positive regulation of vasculogenesis / endothelial cell differentiation / lymph vessel development / mesenchymal cell proliferation / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / epithelial cell maturation / anchoring junction / positive regulation of positive chemotaxis / embryonic hemopoiesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / lung alveolus development / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of MAPK cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of macroautophagy / semaphorin-plexin signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / calcium ion homeostasis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / epithelial cell proliferation / VEGFR2 mediated cell proliferation / stem cell proliferation / Hsp90 protein binding / receptor protein-tyrosine kinase / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / cell migration / cell junction / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O35 / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Schimpl, M. / McAuley, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. ...Schimpl, M. / McAuley, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. / Ward, R.A. / Kettle, J.G. / Waring, M.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Alkynyl Benzoxazines and Dihydroquinazolines as Cysteine Targeting Covalent Warheads and Their Application in Identification of Selective Irreversible Kinase Inhibitors.
著者: McAulay, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Schimpl, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Bhavsar, D. / Robinson, D.M. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. / Ward, R.A. / ...著者: McAulay, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Schimpl, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Bhavsar, D. / Robinson, D.M. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. / Ward, R.A. / Waring, M.J. / Kettle, J.G.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4762
ポリマ－36,9901
非ポリマー4871
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.724, 56.257, 60.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine ...VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine kinase receptor flk-1


分子量: 36989.609 Da / 分子数: 1 / 断片: protein kinase domain (807-1171 del[940-989]) / 変異: E990V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDR, FLK1, VEGFR2 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-O35 / ~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]-5-methyl-phenyl]-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide


分子量: 486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % / Mosaicity: 0.42 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 25 % PEG550MME, 0.1 M NaCl, 0.1 M TRIS buffer pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→56.48 Å / Num. obs: 29228 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 93735
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.78-1.883.30.491477845330.8010.3190.5872.399.9
5.63-56.483.10.025323510330.9980.0170.033999.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.12データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 1.78→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Blow DPI: 0.119 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1415 4.84 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 29206 93.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 119.43 Å2 / Biso mean: 36.22 Å2 / Biso min: 16.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8222 Å20 Å2-0.1467 Å2
2---0.086 Å20 Å2
3----3.7362 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2443 0 36 205 2684
Biso mean--24.57 43.17 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d888SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes422HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2543HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion314SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3133SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2543HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3440HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.73
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3372 27 4.62 %
Rwork0.2086 558 -
all0.2143 585 -
obs--99.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.3629 Å / Origin y: -0.5065 Å / Origin z: 12.1668 Å
111213212223313233
T-0.0805 Å20.0003 Å20.0163 Å2--0.0564 Å2-0.0068 Å2---0.0858 Å2
L1.2963 °2-0.1197 °20.1831 °2-1.044 °2-0.334 °2--1.182 °2
S-0.0131 Å °-0.165 Å °-0.0181 Å °0.1304 Å °-0.0203 Å °-0.0104 Å °-0.0523 Å °0.1959 Å °0.0334 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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