PDB-6xuc: Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium diphter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xuc

タイトル

Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium diphteriae in complex with coproheme

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme B biosynthetic process / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8702 Å

データ登録者

Michlits, H. / Lier, B. / Pfanzagl, V. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmueller, P.G. / Oostenbrink, C. / Obinger, C. / Hofbauer, S.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Actinobacterial Coproheme Decarboxylases Use Histidine as a Distal Base to Promote Compound I Formation.
著者: Michlits, H. / Lier, B. / Pfanzagl, V. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Oostenbrink, C. / Obinger, C. / Hofbauer, S.

履歴

登録	2020年1月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xuc_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xuc_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/6xuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/6xuc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xubC 3dtzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dtz-d 6xub-d 5loq-d 6fxj-d 6vsa-d 4m07-d 3nn1-d 3q08-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

140 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.021, 123.157, 77.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 27288.961 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 遺伝子: B11Q_01470, BT093_04375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: A0A2T1BSE4, UniProt: Q6NGV6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FEC / 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / FE-COPROPORPHYRIN III 分子量: 708.538 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₆H₃₆FeN₄O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化	温度: 170 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MgCl2 / Temp details: cryo stream

-
データ収集

回折	平均測定温度: 170 K / Ambient temp details: cryo stream / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.603→48.1297 Å / Num. obs: 139066 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 1.33 / 冗長度: 3.19 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.21
反射シェル	解像度: 1.603→1.661 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 8944 / CC_1/2: 0.134
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
EDNA		データ削減
EDNA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DTZ

3dtz

解像度: 1.8702→48.117 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	4520	4.9 %
R_work	0.1647	-	-
obs	0.1676	92273	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 205.95 Å² / B_iso mean: 43.6686 Å² / B_iso min: 19.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8702→48.117 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9352	0	405	568	10325
B_iso mean	-	-	45.94	37.07	-
残基数	-	-	-	-	1147

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8702-1.8914	0.3331	120	0.3273	2059	70
1.8914-1.9137	0.3404	169	0.2959	2934	100
1.9137-1.937	0.3299	162	0.2854	2921	100
1.937-1.9616	0.3014	156	0.2652	2944	100
1.9616-1.9874	0.3312	153	0.2608	2945	99
1.9874-2.0146	0.3279	138	0.2469	2940	99
2.0146-2.0434	0.2685	155	0.2386	2981	99
2.0434-2.0739	0.3111	119	0.2291	2943	99
2.0739-2.1063	0.274	166	0.2235	2951	100
2.1063-2.1408	0.262	143	0.2233	2966	100
2.1408-2.1777	0.2777	159	0.1963	2949	100
2.1777-2.2173	0.2771	141	0.1913	2927	100
2.2173-2.26	0.2292	143	0.1821	2996	100
2.26-2.3061	0.2418	164	0.1677	2922	100
2.3061-2.3563	0.2317	168	0.1662	2981	100
2.3563-2.4111	0.2232	152	0.1714	2932	100
2.4111-2.4714	0.255	160	0.1709	2950	100
2.4714-2.5382	0.2448	150	0.1749	2962	100
2.5382-2.6129	0.2399	138	0.1772	2969	100
2.6129-2.6972	0.2282	152	0.1645	2967	99
2.6972-2.7936	0.2543	141	0.1663	2984	100
2.7936-2.9054	0.2279	158	0.1681	2935	100
2.9054-3.0376	0.2115	149	0.1677	2945	99
3.0376-3.1977	0.2056	132	0.1659	2974	99
3.1977-3.398	0.2493	149	0.1562	2976	100
3.398-3.6603	0.2212	145	0.14	2948	99
3.6603-4.0285	0.1776	165	0.1278	2937	99
4.0285-4.611	0.1764	173	0.1159	2903	98
4.611-5.8078	0.1685	144	0.1277	2987	100
5.8078-48.117	0.1948	156	0.1609	3025	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6195	-0.0212	-0.4313	0.5613	0.0139	0.3123	-0.0928	0.0334	0.1208	0.1162	0.023	0.1009	-0.1148	-0.0206	-0.0002	0.3273	-0.0141	0.0104	0.3576	0.0075	0.3144	32.1899	79.4424	81.7253
2	0.3575	0.1908	0.1889	0.553	0.4268	0.3329	-0.0418	-0.4488	0.0548	-0.0048	-0.0378	0.1067	-0.0695	-0.1302	-0.0305	0.2887	0.0171	0.08	0.516	0.0254	0.3432	22.0407	78.2752	85.5428
3	0.3036	-0.2773	0.2046	0.6949	0.102	0.3025	-0.0159	-0.0907	-0.0658	-0.0279	0.0049	0.2092	0.0276	-0.1974	-0	0.2694	0.0001	0.0284	0.3588	0.0267	0.2993	28.9582	76.2397	77.043
4	0.4794	0.1528	0.2007	0.7377	-0.2068	0.179	0.0189	-0.1153	0.0649	0.1033	-0.0059	-0.1064	-0.0481	0.0498	-0	0.2776	0.0142	0.0037	0.3609	-0.0164	0.2464	47.1017	86.098	82.5776
5	0.1037	0.0749	-0.1328	0.1149	-0.0101	0.2806	0.2037	-0.1092	0.2458	-0.0677	-0.2342	-0.4649	0.0238	-0.0654	0.0001	0.2708	0.0179	-0.034	0.2876	-0.0403	0.3238	58.1566	93.0416	82.3725
6	0.3653	-0.0412	-0.1906	0.0329	0.0241	0.093	-0.0092	-0.2268	0.0587	0.2365	0.0265	0.0155	0.0365	-0.0849	-0	0.2624	0.0168	0.0058	0.3347	-0.0237	0.2712	42.4482	88.5894	80.8385
7	0.1481	0.1657	0.1901	0.4482	0.1502	0.2445	0.0347	-0.0629	0.1371	-0.0104	-0.052	0.1013	-0.0988	-0.0571	0.0001	0.256	0.0157	-0.0055	0.3164	-0.0296	0.3025	36.594	92.4519	75.0859
8	0.6649	0.0547	-0.0534	0.6648	0.1764	0.9323	0.0138	-0.0419	-0.2627	0.032	-0.0037	0.0849	0.1834	-0.1369	-0	0.3148	-0.032	-0.0003	0.271	0.0287	0.3785	38.5886	54.5694	67.6693
9	0.0371	0.0317	-0.0877	0.0683	-0.0848	0.2035	-0.1171	0.3686	-0.2209	-0.258	0.0847	0.0851	0.3529	-0.2324	-0.0016	0.3446	-0.0388	-0.0027	0.3161	-0.0259	0.4445	36.3766	51.8579	57.6501
10	0.0903	-0.0572	-0.045	0.4909	0.3283	0.4388	-0.0179	0.0716	-0.1182	0.0236	0.041	-0.1158	0.0756	0.0259	-0	0.313	0.0198	0.0051	0.3196	0.0291	0.369	51.4851	61.4613	66.441
11	0.1291	0.0878	0.1166	0.0894	0.0921	0.1125	-0.1724	0.2211	0.0088	0.0333	0.0615	-0.5487	0.316	-0.2287	-0.0072	0.2485	0.0083	-0.0177	0.3306	-0.0056	0.4922	68.228	68.737	70.9714
12	0.1475	0.0546	-0.0963	0.0168	-0.0346	0.0611	0.166	0.0068	-0.1025	0.0811	-0.0649	0.0141	-0.0284	0.0386	0.0003	0.3273	0.0014	-0.0427	0.289	0.0492	0.3859	55.9658	61.9172	77.5054
13	0.1548	0.3115	0.0588	0.6241	0.1011	0.0812	-0.0547	0.0442	-0.1787	-0.0148	-0.0485	-0.1654	-0.023	-0.3407	-0	0.2728	0.0332	0.0011	0.3032	0.0257	0.3471	50.6163	63.8785	66.5854
14	0.0646	-0.0385	0.0524	0.0562	-0.0486	0.0581	-0.0898	0.0104	-0.3608	0.168	-0.0053	-0.2404	0.0554	0.049	-0.0021	0.2789	0.0392	-0.0028	0.3042	0.0156	0.353	52.1994	71.2232	80.3655
15	0.0456	0.047	-0.0296	0.1153	0.0584	0.1225	0.0428	-0.1402	-0.2224	0.0263	0.0684	-0.216	-0.0994	-0.1165	0.0005	0.274	0.03	0.0082	0.3452	0.0025	0.3642	57.0295	75.295	67.8454
16	0.1098	-0.069	-0.0933	0.0514	0.0414	0.0972	-0.0206	-0.2008	-0.3236	0.077	0.0797	-0.0361	0.172	-0.1391	0.0002	0.3131	-0.0474	0.0204	0.3813	0.0852	0.3423	32.8811	60.162	75.3451
17	0.3882	-0.1135	0.0123	0.2758	-0.4059	0.6488	-0.1002	0.0255	0.078	-0.0801	0.0628	0.1038	-0.0786	-0.1976	0.0002	0.2834	0.0023	-0.035	0.3293	-0.0282	0.3522	24.9838	101.38	62.0114
18	0.8301	0.54	-0.2278	0.3576	-0.1893	0.312	-0.0588	-0.0687	0.2235	-0.134	-0.005	0.3177	-0.0655	-0.2358	-0.0003	0.2929	0.0418	-0.0825	0.3685	-0.0363	0.4331	19.4542	100.3567	59.2051
19	0.247	0.2933	0.5929	0.3961	0.5807	1.7724	0.0839	-0.3455	0.1839	0.3389	-0.1804	0.151	0.4083	-0.4931	0.0147	0.2366	0.033	0.0053	0.3583	-0.0624	0.4678	19.4453	95.5052	69.499
20	0.307	-0.1484	0.0899	0.4314	-0.0332	0.3957	-0.0523	-0.0032	0.1358	-0.0399	0.0246	0.1024	-0.1968	-0.0253	-0	0.3202	0.0287	-0.0381	0.2864	-0.0152	0.3287	36.0459	103.2826	62.0215
21	0.1022	0.0401	0.0449	0.0168	0.0268	0.0798	0.2225	-0.2357	0.1729	-0.1492	0.1885	0.0851	-0.1808	0.1469	0.0041	0.3686	-0.0296	0.0098	0.2869	-0.0202	0.2875	52.7183	111.4437	60.4365
22	0.9489	0.0321	-0.1623	0.2927	0.2523	0.2475	-0.1015	-0.0102	0.1319	-0.0825	-0.0678	0.0322	-0.1354	0.0732	-0.0004	0.3357	-0.008	-0.0637	0.2471	-0.0067	0.3142	38.778	105.9258	54.2308
23	0.388	0.4649	-0.1771	0.5344	-0.1879	0.1761	-0.2075	-0.1036	0.1478	-0.1143	0.1309	0.1495	-0.1611	-0.0687	-0.0001	0.3294	0.0154	-0.0499	0.2754	0.0099	0.3068	32.6058	99.1193	52.2609
24	0.9693	-0.5307	0.174	0.433	0.2254	0.7129	-0.0943	0.013	-0.0704	-0.3231	-0.1029	-0.0608	-0.0263	-0.0447	-0.0013	0.4084	-0.0399	-0.0132	0.3234	0.0357	0.2923	31.641	91.295	33.6602
25	0.7087	0.2672	0.1239	0.926	-0.1367	0.4768	-0.0884	0.1301	0.1227	-0.0688	0.0699	0.0674	-0.0497	0.0915	-0	0.3537	-0.0419	-0.0046	0.2734	0.0255	0.2533	33.8187	91.3114	34.6906
26	1.734	0.2434	1.3421	0.0862	0.2039	1.2268	-0.1096	0.178	0.3727	-0.0269	-0.0899	0.0955	0.127	-0.1485	-0.0948	0.3207	-0.1488	0.0122	0.349	0.1049	0.2789	60.4218	97.5658	36.2466
27	0.1135	-0.0585	-0.1652	0.081	0.0106	0.3426	-0.034	0.2485	-0.0313	0.0617	0.0048	-0.1011	0.1773	-0.0556	-0.0019	0.3921	-0.0447	0.0171	0.3206	0.0385	0.2617	49.621	90.5826	28.0636
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31	0.5135	-0.1548	0.419	0.5892	-0.3996	0.4745	0.1858	-0.1075	-0.4227	-0.0857	-0.1439	0.1177	-0.0578	0.0131	-0.0046	0.305	-0.0273	0.0043	0.3124	-0.0673	0.2949	39.3878	62.7667	38.3271
32	0.9068	-0.2022	0.0117	0.1136	-0.1262	0.2122	0.0967	-0.0049	-0.4125	-0.299	-0.0036	-0.1987	-0.002	0.1947	0.0174	0.4457	-0.0529	-0.0089	0.2877	-0.1042	0.3437	34.5809	55.497	34.1328
33	0.2067	-0.2178	0.2643	0.4379	-0.4072	0.4107	-0.0509	0.1016	-0.1716	-0.1518	0.0653	-0.0247	0.1993	0.0687	0.0001	0.3827	-0.0325	0.0284	0.3145	-0.0371	0.2951	36.1548	65.2983	38.6438
34	0.3858	-0.2249	0.1872	0.1523	-0.0783	0.1317	0.0988	0.1952	0.2196	0.058	0.04	-0.6492	-0.1565	0.4683	0.0006	0.4806	0.0093	0.1207	0.499	-0.1246	0.6123	57.6341	62.8958	33.5357
35	0.1185	-0.0946	0.1856	0.1206	-0.1734	0.3007	-0.039	0.2766	-0.2079	-0.2397	0.0524	-0.342	0.0105	0.1844	-0.0001	0.3189	-0.0165	0.0388	0.3076	-0.0211	0.3242	56.9013	73.2617	45.1496
36	0.4852	-0.6943	0.5847	2.0211	-1.0178	0.7344	0.1362	0.537	-0.0318	-0.5545	-0.0125	0.1298	0.0809	0.3959	0.1166	0.3384	-0.0474	0.1523	0.494	-0.0568	0.4541	69.9003	71.3101	42.4848
37	0.075	-0.0527	-0.0814	0.104	-0.0386	0.2271	-0.0722	0.244	0.1292	-0.2971	-0.072	-0.7986	0.1289	0.4075	0.0175	0.3344	0.0504	0.0638	0.3766	-0.031	0.4935	59.7722	59.1539	42.5514
38	0.1911	-0.0672	0.1281	0.2786	0.0869	0.7703	-0.0056	0.1111	-0.0958	-0.1659	0.0059	-0.0516	0.0521	0.0921	-0	0.3091	0.0093	0.0528	0.3227	-0.0307	0.3302	55.1662	67.0008	48.1359
39	0.7546	-0.3325	0.4146	0.1465	-0.1848	0.2295	0.2157	-0.1712	-0.6972	-0.133	-0.0241	-0.0792	0.2912	-0.2323	0.0196	0.4024	-0.0404	-0.0361	0.2637	-0.0312	0.4363	35.4046	51.8633	45.5382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 33 )	A	6 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 60 )	A	34 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 108 )	A	61 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 147 )	A	109 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 162 )	A	148 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 163 through 191 )	A	163 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 192 through 235 )	A	192 - 235
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 6 through 78 )	B	6 - 78
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 79 through 92 )	B	79 - 92
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 93 through 147 )	B	93 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 148 through 162 )	B	148 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 163 through 174 )	B	163 - 174
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 175 through 191 )	B	175 - 191
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 192 through 203 )	B	192 - 203
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 204 through 216 )	B	204 - 216
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 217 through 235 )	B	217 - 235
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 6 through 33 )	C	6 - 33
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 34 through 78 )	C	34 - 78
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 79 through 92 )	C	79 - 92
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 93 through 147 )	C	93 - 147
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 148 through 162 )	C	148 - 162
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 163 through 203 )	C	163 - 203
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 204 through 235 )	C	204 - 235
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 6 through 33 )	D	6 - 33
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 34 through 147 )	D	34 - 147
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 148 through 162 )	D	148 - 162
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 163 through 174 )	D	163 - 174
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 175 through 191 )	D	175 - 191
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 192 through 203 )	D	192 - 203
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 204 through 235 )	D	204 - 235
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 9 through 33 )	E	9 - 33
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 34 through 60 )	E	34 - 60
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 61 through 108 )	E	61 - 108
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 109 through 130 )	E	109 - 130
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 131 through 147 )	E	131 - 147
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 148 through 162 )	E	148 - 162
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 163 through 174 )	E	163 - 174
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 175 through 219 )	E	175 - 219
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 220 through 235 )	E	220 - 235

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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