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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xtr | |||||||||
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タイトル | Crystal structure reveals non-coordinative binding of O2 to the copper center of the formylglycine-generating enzyme - FGE:Cu:S:O2-1c complex | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Formylglycine-generating enzyme / complex / substrate analog / copper | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylglucosamine-6-sulfatase activity / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosaminoglycan binding / cuprous ion binding / post-translational protein modification / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Leisinger, F. / Seebeck, F.P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Non-Coordinative Binding of O2 at the Active Center of a Copper-Dependent Enzyme 著者: Leisinger, F. / Miarzlou, D.A. / Seebeck, F.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 335 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 335.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 33336.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Tcur_4811 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1531.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: modified sulfatase sequence motif 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: D1ADF2*PLUS |
-非ポリマー , 6種, 347分子 ![](data/chem/img/CU1.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/SOA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/SOA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CU1 / | ||||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-OXY / | #7: 化合物 | ChemComp-SOA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 7-12 % PEG 8000, 0.2-0.3 M MgCl2, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0006777109999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→46.19 Å / Num. obs: 100095 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 25.3 / Num. measured all: 1277049 / Scaling rejects: 31 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6S07 解像度: 1.2→46.189 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.11
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.89 Å2 / Biso mean: 17.7215 Å2 / Biso min: 8.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→46.189 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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