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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xto | |||||||||
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タイトル | Crystal structure reveals non-coordinative binding of O2 to the copper center of the formylglycine-generating enzyme - FGE:Cu:S:NO complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Formylglycine-generating enzyme / complex / substrate analog / copper | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylglucosamine-6-sulfatase activity / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosaminoglycan binding / cuprous ion binding / post-translational protein modification / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermomonospora curvata (バクテリア) Thermomonospora curvata DSM 43183 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Leisinger, F. / Seebeck, F.P. | |||||||||
資金援助 | スイス, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020 タイトル: Non-Coordinative Binding of O2 at the Active Center of a Copper-Dependent Enzyme 著者: Leisinger, F. / Miarzlou, D.A. / Seebeck, F.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xto.cif.gz | 88.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xto.ent.gz | 63.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xto.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xto_validation.pdf.gz | 331.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xto_full_validation.pdf.gz | 332.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xto_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xto_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xto | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 33336.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (バクテリア) 遺伝子: Tcur_4811 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: D1A7C3, formylglycine-generating enzyme |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1387.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: modified sulfatase sequence motif 由来: (合成) Thermomonospora curvata DSM 43183 (バクテリア) 参照: UniProt: D1ADF2*PLUS |
-非ポリマー , 5種, 373分子
#3: 化合物 | ChemComp-CU1 / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NO / | #6: 化合物 | ChemComp-SOA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 % / Mosaicity: 0.28 ° |
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結晶化 | 温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 7-12 % PEG 8000, 0.2-0.3 M MgCl2, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0006777109999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0006777109999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→46.32 Å / Num. obs: 79498 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 12.65 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 854872 / Scaling rejects: 5081 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6S07 解像度: 1.4→38.944 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.14
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 49.83 Å2 / Biso mean: 15.6975 Å2 / Biso min: 5.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→38.944 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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