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万見
- PDB-6xti: NMR solution structure of class IV lasso peptide felipeptin A2 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xti
タイトルNMR solution structure of class IV lasso peptide felipeptin A2 from Amycolatopsis sp. YIM10
要素Felipeptin A2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / lasso peptide / antibacterial / class IV
機能・相同性Lasso RiPP family leader peptide-containing protein
機能・相同性情報
生物種Amycolatopsis sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Madland, E. / Aachmann, F.L. / Guerrero-Garzon, J.F. / Zotchev, S.B. / Courtade, G.
資金援助 オーストリア, デンマーク, 2件
組織認可番号国
Other governmentUniversity of Vienna オーストリア
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0032242 デンマーク
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: Class IV Lasso Peptides Synergistically Induce Proliferation of Cancer Cells and Sensitize Them to Doxorubicin.
著者: Guerrero-Garzon, J.F. / Madland, E. / Zehl, M. / Singh, M. / Rezaei, S. / Aachmann, F.L. / Courtade, G. / Urban, E. / Ruckert, C. / Busche, T. / Kalinowski, J. / Cao, Y.R. / Jiang, Y. / ...著者: Guerrero-Garzon, J.F. / Madland, E. / Zehl, M. / Singh, M. / Rezaei, S. / Aachmann, F.L. / Courtade, G. / Urban, E. / Ruckert, C. / Busche, T. / Kalinowski, J. / Cao, Y.R. / Jiang, Y. / Jiang, C.L. / Selivanova, G. / Zotchev, S.B.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Felipeptin A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8671
ポリマ－1,8671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1700 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Felipeptin A2


分子量: 1867.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. (バクテリア) / Variant: YIM10 / 発現宿主: Streptomyces coelicolor (バクテリア) / Variant (発現宿主): M1154 / 参照: UniProt: A0A5P9PSL4*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D DQF-COSY
141isotropic12D 1H-1H TOCSY
151isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.5 mM Felipeptin A2, DMSO / Label: sample_1 / 溶媒系: DMSO
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: Felipeptin A2 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 0.5 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAKrieger, Darden, Nabuurs, Finkelstein, Vriend精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing3
simulated annealing4
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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