[日本語] English
万見
- PDB-6xtf: Crystal structure a Thioredoxin Reductase from Gloeobacter violac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xtf
タイトルCrystal structure a Thioredoxin Reductase from Gloeobacter violaceus bound to its electron donor
要素
  • Ferredoxin
  • Thioredoxin reductase
キーワードFLAVOPROTEIN / Ferredoxin / Thioredoxin reductase / Deeply-rooted Thioredoxin redcutase (DTR) / Ferredoxin-dependent Flavin Thioredoxin Reductase (FFTR)
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Ferredoxin / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Buey, R.M. / Gonzalez-Holgado, G. / Fernandez-Justel, D. / Balsera, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2016-80343-P スペイン
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2021
タイトル: Unexpected diversity of ferredoxin-dependent thioredoxin reductases in cyanobacteria.
著者: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Gonzalez-Holgado, G. / Martinez-Julvez, M. / Gonzalez-Lopez, A. / Velazquez-Campoy, A. / Medina, M. / Buchanan, B.B. / Balsera, M.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
C: Ferredoxin
D: Ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,29437
ポリマ－90,4624
非ポリマー4,83233
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.741, 181.312, 80.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-245-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase


分子量: 34502.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
遺伝子: glr0719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NMP6
#2: タンパク質 Ferredoxin


分子量: 10728.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain ATCC 29082 / PCC 7421) (バクテリア)
遺伝子: petF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NFA3

-
非ポリマー , 7種, 289分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% PEG-300 100 mM Sodium cacodylate-HCl, pH 6.5 200 mM Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91589 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→83.4 Å / Num. obs: 40062 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 27.98 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.298 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.31 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.23→2.47 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.673 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2004 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 0.549 / Rrim(I) all: 1.763 / % possible all: 64.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3689精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J60

5j60


解像度: 2.23→83.37 Å / SU ML: 0.2306 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 2035 5.08 %
Rwork0.2005 38019 -
obs0.2021 40054 66.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→83.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6156 0 308 256 6720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00686589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17288907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0653986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.05582344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.280.424470.2992124X-RAY DIFFRACTION3.36
2.28-2.340.2507260.2692327X-RAY DIFFRACTION9.02
2.34-2.40.3334350.2597595X-RAY DIFFRACTION16.02
2.4-2.470.2718370.2883874X-RAY DIFFRACTION23.2
2.47-2.550.313840.2661449X-RAY DIFFRACTION38.88
2.55-2.640.2967860.25941977X-RAY DIFFRACTION52.4
2.64-2.750.26931240.23852562X-RAY DIFFRACTION67.73
2.75-2.870.30751970.24453359X-RAY DIFFRACTION89.37
2.87-3.020.25822100.24193745X-RAY DIFFRACTION99.87
3.02-3.210.28042120.22713766X-RAY DIFFRACTION99.97
3.21-3.460.23541840.20073785X-RAY DIFFRACTION99.97
3.46-3.810.21342090.17793810X-RAY DIFFRACTION99.95
3.81-4.360.18522010.15093801X-RAY DIFFRACTION100
4.36-5.490.18942110.15553851X-RAY DIFFRACTION99.98
5.49-83.370.22012120.22243994X-RAY DIFFRACTION99.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.109208445551-0.0003181621973570.1333871358440.3239202007280.07367140643410.139666203431-0.05309682777840.03937967110060.3599851101810.06678306742220.02794143038580.00628112246846-0.1214418429280.05330740174220.1333026204970.157673989483-0.009265612488620.01206149119350.165870808180.05151597073380.210016955121-14.2266673208-7.044492955255.10952508199
20.103708992370.03356437513450.01045419913510.2586795439660.1800799373890.1135896577960.130649452484-0.40511244697-0.06654208656890.62958706464-0.06440316690430.008763438433560.4308145867570.0129724973650.01494653025850.306612887539-0.056693881489-0.009217812182750.3202895167730.02848424168190.253736410417-17.1068659454-12.149640352114.3177790734
30.033435593103-0.1174059113070.05146225042140.41377024592-0.1972961660610.0978035152810.078058657019-0.05468953141210.117297368979-0.2083798780870.121671874432-0.08913646705770.02326626374590.2160929694530.02517494332810.471822159432-0.2950926719910.001563133857230.8451239093190.1396528105670.512843327905-11.733290515-36.4043566264-44.7335909888
40.1658686677720.00102906133264-0.07628654515710.10062000998-0.1236249751440.3734142627340.06531702023450.171318758930.8394542000860.2223419351660.2887719251990.651090197539-0.2943364555510.2751931175980.1292300675490.441224611589-0.0745152330406-0.07873649063070.4181787190640.1367423304510.808638419822-18.206617086-36.693268917-40.9398452864
50.0602777328907-0.1030796335010.08128187835920.343107821345-0.0954182120070.1175120947650.4110880988110.1715139095350.302215920877-0.258537556801-0.09318624396770.320956609881-0.145017307279-0.278951218341-0.004837736786190.2416616724650.02571684385490.06091609334410.4308264816210.0547507511680.297619382593-25.5085111398-46.6707041999-37.5320748837
60.151499094412-0.125809657953-0.09697622026620.1666915113440.03256350717710.1109285094920.3019920798940.318106153326-0.424344251010.0950207841657-0.0774613591799-0.29476401564-0.01330692535740.528087440310.1193895672260.314267851578-0.06409994680980.04340103133690.721573765017-0.02325389026120.374548136789-14.2270659099-50.5191876265-40.1733273072
70.3743271968170.2378774965410.1214000382640.1602841601540.1463020939090.645507032982-0.3084903405840.717518805878-0.156350585365-0.2859349981540.226868808298-0.00329953766822-0.01394933147390.330502748235-0.1539108910050.24687801498-0.1194683975540.02309277867950.612550568108-0.03169190452030.324967933107-14.2032236136-49.4387426412-44.3330988107
81.365321560290.69205965213-0.124506339980.5547690011930.1999046894440.2809695429740.007525795008570.195391970217-0.0784422539082-0.1158784485020.0177199399506-0.02822632913480.024320323508-0.0649859311588-0.04614808990250.1935670031690.0064345379488-0.02070820314660.203617757313-0.006869055224030.171562453135-34.3303775776-26.0690419213-11.8552495595
90.7426944370830.158566677077-0.5253007617080.4387236328370.09744133747680.484252712824-0.04977958885570.337082592922-0.252878330916-0.221424957962-0.0321178710747-0.04425784820790.140813669532-0.200465739297-0.1241313451140.2955260166020.008844382460430.03469950430940.2050054837740.008381461230830.206938843085-14.229271088-17.9376124968-19.3947111105
100.486819345629-0.205078887556-0.02268628863850.930726725727-0.1156847092231.18398504053-0.006245755051390.1700844321920.0971466174288-0.1746151432010.0237637425571-0.00361370988848-0.0558115134929-0.1082353108540.0338797546160.1911590488260.0344570099443-0.02505783743290.08985188744630.02725558826540.118295707992-29.2019918461-15.5808803119-10.8725620901
110.3750448681770.2706729354590.4919875819820.347987240479-0.003557379102140.7978883543410.086071955306-0.01296290201580.2130839875820.0839370910999-0.06980865001840.0242016528392-0.0497980301875-0.1881094365990.1260669016410.222102816588-0.0672905884990.003879313471570.211886713691-0.01226488734180.17790450257-40.0483177611-60.2824630754-21.3195776719
120.2722948643080.0785665943066-0.03007043994140.1093040418860.1665757284160.4229258329370.0847896246006-0.177964923805-0.1906753137250.161690480125-0.0350569748788-0.2866681748160.0663967245939-0.1407142234560.01840459533560.212033745410.00798184873095-0.1039959055080.2225452068590.00367722298430.246791359045-20.0554376202-56.4592321062-15.1176668585
130.137130936178-0.0411626141102-0.0244731724580.156326937153-0.1117595909180.0926533560820.01422366460760.06995637223570.4208055239190.05735941847270.132042210823-0.0538290330239-0.0458705080444-0.1681467795530.0006132832196830.235760399025-0.0386712014711-0.02374328402630.301440426827-0.02646184695720.240711476456-22.7689962182-45.1644411213-13.0409945565
140.3530999466460.3264579134390.2928336667220.481827845543-0.01100202603760.771724579122-0.0262417151725-0.0186672407933-0.009416670761060.2373313044640.0397155775127-0.271059876591-0.01680007053950.1779036259610.3833495277890.1868008835560.00507892369153-0.03381092315680.275475073994-0.0662350805560.267786065038-13.6151879121-42.5902779601-18.8605491936
150.3530721963490.2919575962370.07145884145750.4099525340760.1119156587820.05807726004520.1224496044870.0174673371479-0.2372980901920.145377711268-0.00264255979425-0.2365558605750.1482653804730.0813737907736-0.01851925313360.225572278382-0.00842509186108-0.03185032026210.218594129911-0.006344737219530.249178533972-33.152298935-68.2215259156-26.3025906936
160.46266202531-0.314866223285-0.1597682237990.8851869296780.9228028139291.584430343270.3084521391270.292745239442-0.2462786594040.2943603906580.27129896448-0.3785153019720.3530058496260.02022597358290.7009636353630.2812296711060.00183488295015-0.1206972827280.341930840890.05988262283310.379815114316-2.14893765659-13.844659132912.5997846898
170.1349070068960.2234512453190.2727255573991.022875425150.5090561010180.5419034952710.08927103660620.310326823402-0.4884942525570.02303337330690.219393859802-0.5321979728020.08970803692060.2723485788320.2099209800180.242245596240.0717847503532-0.1010114475060.2870358027860.01354864704270.357279094058-5.0704112174-18.73018285215.56639316759
180.08652173170920.198294604892-0.2523419320960.446196983153-0.5821366888740.776085147190.3042590378090.0320813898473-0.4977338878560.446041267151-0.02165273844860.0588974101749-0.4038729921930.1896618619010.09092954890390.1465528805590.0911848147086-0.1138316682130.260485572802-0.03172312092010.21317854423-17.7136275682-18.77380854324.1154412055
190.0926148711080.2318379609150.1198702013640.580525058840.2927060487040.146851948008-0.025006230656-0.0294968418290.04993604886020.06764181745170.03285832416770.13772867905-0.398263786810.0949029571235-0.1028026471910.325137844738-0.132833858121-0.07314138773150.1510316956840.04289529096380.223402965794-12.1143086137-7.5538405191813.682733173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 55 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 86 through 97 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 2 through 10 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 11 through 36 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 37 through 41 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 42 through 66 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 67 through 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 3 through 125 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 126 through 186 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 187 through 317 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 3 through 105 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 106 through 154 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 155 through 175 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 176 through 226 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 227 through 317 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 2 through 20 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 21 through 36 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 37 through 48 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 49 through 54 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る