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- PDB-6xtf: Crystal structure a Thioredoxin Reductase from Gloeobacter violac... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xtf | ||||||
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Title | Crystal structure a Thioredoxin Reductase from Gloeobacter violaceus bound to its electron donor | ||||||
![]() |
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![]() | FLAVOPROTEIN / Ferredoxin / Thioredoxin reductase / Deeply-rooted Thioredoxin redcutase (DTR) / Ferredoxin-dependent Flavin Thioredoxin Reductase (FFTR) | ||||||
Function / homology | ![]() thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Buey, R.M. / Gonzalez-Holgado, G. / Fernandez-Justel, D. / Balsera, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Unexpected diversity of ferredoxin-dependent thioredoxin reductases in cyanobacteria. Authors: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Gonzalez-Holgado, G. / Martinez-Julvez, M. / Gonzalez-Lopez, A. / Velazquez-Campoy, A. / Medina, M. / Buchanan, B.B. / Balsera, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 541.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 396.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 49.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5j60S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 34502.250 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: glr0719 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 10728.890 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: petF / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 289 molecules ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 40% PEG-300 100 mM Sodium cacodylate-HCl, pH 6.5 200 mM Sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91589 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.23→83.4 Å / Num. obs: 40062 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 27.98 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.298 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.31 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.23→2.47 Å / Redundancy: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.673 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2004 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 0.549 / Rrim(I) all: 1.763 / % possible all: 64.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5J60 Resolution: 2.23→83.37 Å / SU ML: 0.2306 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.3445 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.23→83.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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