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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xtd | |||||||||
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タイトル | Rhs1-CT in complex with cognate immunity protein RhsI1 | |||||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Type VI secretion system / Anti-bacterial toxin / Type VI effector / ANTIMICROBIAL PROTEIN Effector and immunity complex / RHS protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hagan, M.R. / Hunter, B. / Coulthurst, S. | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Rhs1-CT in complex with cognate immunity protein RhsI1 著者: Hagan, M. / Coulthurst, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17219.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1C3HFI3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 18694.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 化合物 | ChemComp-BTB / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→35.418 Å / Num. obs: 65672 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.222 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3188 / CC1/2: 0.808 / % possible all: 93.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.304 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→35.418 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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