PDB-6xtd: Rhs1-CT in complex with cognate immunity protein RhsI1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xtd

タイトル

Rhs1-CT in complex with cognate immunity protein RhsI1

要素

Putative deoxyribonuclease RhsA
Secreted protein

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Type VI secretion system / Anti-bacterial toxin / Type VI effector / ANTIMICROBIAL PROTEIN Effector and immunity complex / RHS protein

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Hagan, M.R. / Hunter, B. / Coulthurst, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rhs1-CT in complex with cognate immunity protein RhsI1
著者: Hagan, M. / Coulthurst, S.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年2月8日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xtd.cif.gz	147.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xtd.ent.gz	109.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xtd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qw8-1 3e87-2 5xcw-d 1ldg-d 3ovv-d 1k8g-2 2r6j-2 6yrd-1 4gt4-2 2qx7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative deoxyribonuclease RhsA

B: Secreted protein

ヘテロ分子

36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.655, 44.108, 46.807
Angle α, β, γ (deg.)	101.202, 96.126, 114.149
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative deoxyribonuclease RhsA / Rhs1-CT 分子量: 17219.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: rhsA_2, PWN146_02504 / プラスミド: pSC962 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1C3HFI3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質	Secreted protein / RhsI1 分子量: 18694.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / プラスミド: pSC962 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→35.418 Å / Num. obs: 65672 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.6 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 1.222 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3188 / CC_1/2: 0.808 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→35.418 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / WR_factor R_free: 0.161 / WR_factor R_work: 0.119 / SU B: 1.844 / SU ML: 0.033 / Average fsc free: 0.9458 / Average fsc work: 0.9565 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1652	3327	5.07 %
R_work	0.1212	62295	-
all	0.123	-	-
obs	-	65622	96.05 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.304 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.68 Å²	-0.26 Å²	-0.272 Å²
2-	-	0.315 Å²	-0.412 Å²
3-	-	-	0.776 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→35.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2353	0	20	392	2765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.086	1.652	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.608	1.584	5410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.629	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.365	21.618	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.319	15	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.27	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.282	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.165	1.667	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.114	1.663	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.6	2.508	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.6	2.512	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.536	2.159	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.535	2.159	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.872	3.036	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.871	3.036	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.015	22.357	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.014	22.36	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.025	3	4846

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.274	228	0.22	4462	X-RAY DIFFRACTION	93.3148
1.334-1.37	0.269	215	0.198	4458	X-RAY DIFFRACTION	94.1757
1.37-1.41	0.224	225	0.175	4292	X-RAY DIFFRACTION	94.3992
1.41-1.453	0.234	210	0.162	4186	X-RAY DIFFRACTION	94.6598
1.453-1.501	0.228	208	0.149	4053	X-RAY DIFFRACTION	94.8998
1.501-1.554	0.18	199	0.116	3944	X-RAY DIFFRACTION	95.1976
1.554-1.612	0.173	189	0.105	3845	X-RAY DIFFRACTION	95.4341
1.612-1.678	0.182	193	0.102	3688	X-RAY DIFFRACTION	95.6382
1.678-1.752	0.184	207	0.1	3518	X-RAY DIFFRACTION	96.0052
1.752-1.838	0.172	174	0.093	3406	X-RAY DIFFRACTION	96.496
1.838-1.937	0.152	179	0.095	3229	X-RAY DIFFRACTION	97.2048
1.937-2.054	0.158	161	0.105	3107	X-RAY DIFFRACTION	97.2619
2.054-2.196	0.143	190	0.106	2872	X-RAY DIFFRACTION	97.3609
2.196-2.371	0.129	157	0.103	2684	X-RAY DIFFRACTION	98.067
2.371-2.597	0.159	145	0.105	2518	X-RAY DIFFRACTION	98.157
2.597-2.902	0.149	122	0.116	2264	X-RAY DIFFRACTION	98.6358
2.902-3.349	0.156	120	0.119	2014	X-RAY DIFFRACTION	98.8879
3.349-4.096	0.128	82	0.115	1713	X-RAY DIFFRACTION	99.1165
4.096-5.768	0.17	86	0.143	1311	X-RAY DIFFRACTION	99.5014
5.768-35.418	0.235	37	0.19	732	X-RAY DIFFRACTION	99.354

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関連情報:EMDBヘッダ

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