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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xta | ||||||
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タイトル | Recombinant human butyrylcholinesterase in complex with (2S)-N-[2-(1-benzylazepan-4-yl)ethyl]-2-(butylamino)-3-(1H-indol-3-yl)propanamide | ||||||
![]() | Cholinesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Butyrylcholinesterase / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to folic acid / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to folic acid / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / acetylcholinesterase activity / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brazzolotto, X. / Nachon, F. / Meden, A. / Knez, D. / Gobec, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-activity relationship study of tryptophan-based butyrylcholinesterase inhibitors. 著者: Meden, A. / Knez, D. / Malikowska-Racia, N. / Brazzolotto, X. / Nachon, F. / Svete, J. / Salat, K. / Groselj, U. / Gobec, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p0iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 / 変異: N17Q, N445Q, N481Q, N486 and STOP at position 530Q / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Secreted protein. Signal peptide 1-28 is cleaved during secretion process. Number from the first residue 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P06276, cholinesterase |
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-糖 , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[1-deoxy-alpha-D-tagatopyranose-(2-6)]2-acetamido-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[1-deoxy-alpha-D-tagatopyranose-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 60分子 ![](data/chem/img/O0Z.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-O0Z / ( | ||||
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#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→49.22 Å / Num. obs: 26886 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 26.5 % / Biso Wilson estimate: 66.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1634 / Rpim(I) all: 0.03238 / Rrim(I) all: 0.1666 / Net I/σ(I): 15.64 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 3.048 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 2645 / CC1/2: 0.605 / CC star: 0.868 / Rpim(I) all: 0.5916 / Rrim(I) all: 3.105 / % possible all: 99.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1p0i 解像度: 2.5→49.22 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 74.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.22 Å
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拘束条件 |
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