PDB-6xt6: pro-concanavalin A: Precursor of circularly permuted concanavalin A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xt6

タイトル

pro-concanavalin A: Precursor of circularly permuted concanavalin A

要素

Concanavalin-A

キーワード

PLANT PROTEIN / Lectin / Carbohydrate-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia ensiformis (タチナタマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.103 Å

データ登録者

Nonis, S.G. / Haywood, J. / Schmidberger, J.W. / Bond, C.S.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical analyses of concanavalin A circular permutation by jack bean asparaginyl endopeptidase.
著者: Nonis, S.G. / Haywood, J. / Schmidberger, J.W. / Mackie, E.R.R. / Soares da Costa, T.P. / Bond, C.S. / Mylne, J.S.

履歴

登録	2020年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xt6.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xt6.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xt6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xt6_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xt6_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	6xt6_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6xt6_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xt5C 1jbcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jyi-2 1vln-1 1jbc-1 2cna-1 3ju9-1 1vln-2 4pcr-2 5o6n-1 1dq6-1 1nxd-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (8) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Concanavalin-A

B: Concanavalin-A

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Concanavalin-A

B: Concanavalin-A

ヘテロ分子

A: Concanavalin-A

B: Concanavalin-A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.939, 90.420, 86.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.128, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Concanavalin-A / Con A 分子量: 28242.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle Express / 参照: UniProt: P02866

-
非ポリマー , 5種, 103分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Zinc chloride, HEPES, PEG 6000 / PH範囲: 6.8 - 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.885 Å / Num. obs: 26657 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 2045 / CC_1/2: 0.743

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JBC

1jbc

解像度: 2.103→48.885 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.227 / WR_factor R_work: 0.178 / SU B: 6.582 / SU ML: 0.167 / Average fsc free: 0.8829 / Average fsc work: 0.8999 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2441	1307	4.905 %
R_work	0.1908	25340	-
all	0.193	-	-
obs	-	26647	98.791 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.672 Å²	0 Å²	1.335 Å²
2-	-	-2.213 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.103→48.885 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3677	0	68	80	3825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.639	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.245	1.573	8077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.915	5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.566	23.895	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.399	15	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.784	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.191	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.305	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.262	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.23	3.134	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.23	3.133	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.408	4.683	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.407	4.683	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.742	3.434	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.741	3.435	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.152	5.011	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.152	5.012	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.111	36.957	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.109	36.957	4004

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.103-2.158	0.327	79	0.279	1769	0.281	1988	0.757	0.77	92.9577	0.267
2.158-2.217	0.352	96	0.264	1831	0.268	1935	0.774	0.81	99.5866	0.251
2.217-2.281	0.286	85	0.23	1762	0.232	1856	0.85	0.88	99.5151	0.215
2.281-2.351	0.28	91	0.227	1738	0.229	1837	0.849	0.875	99.5645	0.211
2.351-2.428	0.309	94	0.23	1661	0.234	1765	0.848	0.869	99.4334	0.213
2.428-2.513	0.292	82	0.225	1624	0.229	1718	0.85	0.871	99.3015	0.204
2.513-2.607	0.294	83	0.212	1573	0.216	1660	0.884	0.902	99.759	0.191
2.607-2.713	0.251	85	0.196	1494	0.199	1591	0.916	0.92	99.2458	0.174
2.713-2.834	0.231	60	0.189	1451	0.19	1521	0.911	0.93	99.3425	0.169
2.834-2.971	0.282	48	0.19	1406	0.193	1460	0.891	0.926	99.589	0.171
2.971-3.131	0.233	63	0.174	1338	0.176	1406	0.918	0.94	99.6444	0.158
3.131-3.321	0.238	89	0.177	1230	0.182	1329	0.93	0.931	99.2476	0.165
3.321-3.549	0.261	61	0.172	1141	0.176	1217	0.91	0.95	98.7675	0.16
3.549-3.831	0.208	59	0.18	1090	0.182	1164	0.942	0.94	98.7113	0.174
3.831-4.194	0.22	52	0.161	997	0.164	1060	0.947	0.963	98.9623	0.157
4.194-4.685	0.201	47	0.14	912	0.143	970	0.96	0.971	98.866	0.14
4.685-5.402	0.224	45	0.164	808	0.167	864	0.946	0.965	98.7269	0.163
5.402-6.596	0.226	24	0.181	683	0.182	717	0.939	0.964	98.6053	0.179
6.596-9.244	0.184	36	0.17	526	0.171	570	0.962	0.957	98.5965	0.171
9.244-48.885	0.209	27	0.253	306	0.249	339	0.951	0.935	98.2301	0.283

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