PDB-6xt5: Jack bean asparaginyl endopeptidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xt5

タイトル

Jack bean asparaginyl endopeptidase

要素

Legumain

キーワード

PLANT PROTEIN / Hydrolase / Asparaginyl endopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

legumain / vacuolar protein processing / vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia ensiformis (タチナタマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Nonis, S.G. / Haywood, J. / Schmidberger, J.W. / Bond, C.S.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical analyses of concanavalin A circular permutation by jack bean asparaginyl endopeptidase.
著者: Nonis, S.G. / Haywood, J. / Schmidberger, J.W. / Mackie, E.R.R. / Soares da Costa, T.P. / Bond, C.S. / Mylne, J.S.

履歴

登録	2020年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xt5.cif.gz	185.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xt5.ent.gz	141.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xt6C 5nijS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hqw-d 5mo5-d 3l5c-d 2g7k-d 1kqd-d 6qwi-d 5obu-d 5b3h-1 4yrz-d 5cvh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Legumain

B: Legumain

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.989, 88.882, 109.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.722, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Legumain / Asparaginyl endopeptidase 分子量: 50064.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle Express / 参照: UniProt: P49046, legumain
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG 20,000, EDTA disodium salt dihydrate / PH範囲: 7.5 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→46.33 Å / Num. obs: 26353 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.69→2.82 Å / Num. unique obs: 3311 / CC_1/2: 0.662

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.16-3549-000	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NIJ

5nij

解像度: 2.69→45.611 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.257 / WR_factor R_work: 0.183 / SU B: 19.622 / SU ML: 0.37 / Average fsc free: 0.8219 / Average fsc work: 0.8491 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.384 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2683	1323	5.021 %
R_work	0.1958	25028	-
all	0.2	-	-
obs	-	26351	98.737 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.007 Å²	0 Å²	-1.323 Å²
2-	-	1.247 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.654 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→45.611 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6750	0	0	32	6782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	6942
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.647	9413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.126	1.575	14351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.955	5	862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.15	23.343	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.136	15	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.748	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.081	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.751	7.44	3461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.751	7.44	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.847	11.152	4318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.846	11.153	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.443	7.692	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.443	7.693	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.466	11.446	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.465	11.446	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.187	87.688	7886
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.186	87.693	7887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.76	0.505	80	0.397	1634	X-RAY DIFFRACTION	89.1316
2.76-2.835	0.408	95	0.36	1814	X-RAY DIFFRACTION	99.8953
2.835-2.917	0.304	106	0.302	1748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.917-3.006	0.33	93	0.3	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.8898
3.006-3.104	0.413	70	0.281	1663	X-RAY DIFFRACTION	99.7697
3.104-3.213	0.372	77	0.245	1618	X-RAY DIFFRACTION	99.6473
3.213-3.333	0.331	81	0.233	1561	X-RAY DIFFRACTION	99.6964
3.333-3.469	0.32	75	0.229	1489	X-RAY DIFFRACTION	99.8085
3.469-3.622	0.328	58	0.215	1432	X-RAY DIFFRACTION	99.466
3.622-3.798	0.29	74	0.197	1378	X-RAY DIFFRACTION	99.4521
3.798-4.002	0.269	93	0.182	1287	X-RAY DIFFRACTION	99.639
4.002-4.242	0.221	81	0.161	1192	X-RAY DIFFRACTION	99.6088
4.242-4.532	0.197	64	0.134	1157	X-RAY DIFFRACTION	99.2683
4.532-4.891	0.187	68	0.123	1080	X-RAY DIFFRACTION	99.308
4.891-5.352	0.253	52	0.143	1013	X-RAY DIFFRACTION	99.6258
5.352-5.974	0.268	48	0.19	889	X-RAY DIFFRACTION	99.1534
5.974-6.878	0.261	31	0.205	804	X-RAY DIFFRACTION	97.2061
6.878-8.376	0.289	30	0.175	688	X-RAY DIFFRACTION	98.3562
8.376-11.651	0.19	22	0.15	539	X-RAY DIFFRACTION	99.4681
11.651-45.611	0.242	25	0.212	322	X-RAY DIFFRACTION	98.5795

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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