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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xsj | ||||||
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タイトル | X-ray structure of a monoclinic form of alpha amylase from Aspergillus at 1.4 A resolution | ||||||
要素 | Alpha-amylase | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / substrate complex / homology / catalytic site / Novo enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell wall-bounded periplasmic space / hyphal septin band / spitzenkorper / fungal-type cell wall / alpha-amylase / cell septum / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus oryzae (米麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | McPherson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2021 タイトル: Structures of two novel crystal forms of Aspergillus oryzae alpha amylase (taka-amylase). 著者: Gee, C.L. / Holton, J.M. / McPherson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xsj.cif.gz | 577.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xsj.ent.gz | 478.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xsj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xsj_validation.pdf.gz | 863.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xsj_full_validation.pdf.gz | 870.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xsj_validation.xml.gz | 48.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xsj_validation.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xsj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54812.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: rhaG, amy3, OAory_01056410 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) 参照: UniProt: B0FZ76, UniProt: P0C1B3*PLUS, alpha-amylase |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 7種, 1267分子
#3: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MES / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 化合物 | ChemComp-ALA / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystallized by sitting drop in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs of 20% PEG 3350 in 0.10 M MES buffer. 8 ul Drops composed of equal amounts of enzyme in water at 30 mg/ml and the reservoir solution PH範囲: 6.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→76.7 Å / Num. obs: 307462 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 15076 / CC1/2: 0.98 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2TAA 解像度: 1.4→72.91 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.01 Å2 / Biso mean: 19.9776 Å2 / Biso min: 7.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→72.91 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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