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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xrz | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | RNA / Frameshift Stimulation Element / SARS-CoV-2 / COVID-19 | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, K. / Zheludev, I. / Hagey, R. / Wu, M. / Haslecker, R. / Hou, Y. / Kretsch, R. / Pintilie, G. / Rangan, R. / Kladwang, W. ...Zhang, K. / Zheludev, I. / Hagey, R. / Wu, M. / Haslecker, R. / Hou, Y. / Kretsch, R. / Pintilie, G. / Rangan, R. / Kladwang, W. / Li, S. / Pham, E. / Souibgui, C. / Baric, R. / Sheahan, T. / Souza, V. / Glenn, J. / Chiu, W. / Das, R. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron Microscopy and Exploratory Antisense Targeting of the 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome. 著者: Kaiming Zhang / Ivan N Zheludev / Rachel J Hagey / Marie Teng-Pei Wu / Raphael Haslecker / Yixuan J Hou / Rachael Kretsch / Grigore D Pintilie / Ramya Rangan / Wipapat Kladwang / Shanshan Li ...著者: Kaiming Zhang / Ivan N Zheludev / Rachel J Hagey / Marie Teng-Pei Wu / Raphael Haslecker / Yixuan J Hou / Rachael Kretsch / Grigore D Pintilie / Ramya Rangan / Wipapat Kladwang / Shanshan Li / Edward A Pham / Claire Bernardin-Souibgui / Ralph S Baric / Timothy P Sheahan / Victoria D Souza / Jeffrey S Glenn / Wah Chiu / Rhiju Das 要旨: Drug discovery campaigns against Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are beginning to target the viral RNA genome . The frameshift stimulation element (FSE) of the SARS-CoV- ...Drug discovery campaigns against Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are beginning to target the viral RNA genome . The frameshift stimulation element (FSE) of the SARS-CoV-2 genome is required for balanced expression of essential viral proteins and is highly conserved, making it a potential candidate for antiviral targeting by small molecules and oligonucleotides . To aid global efforts focusing on SARS-CoV-2 frameshifting, we report exploratory results from frameshifting and cellular replication experiments with locked nucleic acid (LNA) antisense oligonucleotides (ASOs), which support the FSE as a therapeutic target but highlight difficulties in achieving strong inactivation. To understand current limitations, we applied cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and the Ribosolve pipeline to determine a three-dimensional structure of the SARS-CoV-2 FSE, validated through an RNA nanostructure tagging method. This is the smallest macromolecule (88 nt; 28 kDa) resolved by single-particle cryo-EM at subnanometer resolution to date. The tertiary structure model, defined to an estimated accuracy of 5.9 Å, presents a topologically complex fold in which the 5' end threads through a ring formed inside a three-stem pseudoknot. Our results suggest an updated model for SARS-CoV-2 frameshifting as well as binding sites that may be targeted by next generation ASOs and small molecules. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xrz.cif.gz | 531.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xrz.ent.gz | 459.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xrz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xrz_validation.pdf.gz | 685.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xrz_full_validation.pdf.gz | 719.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xrz_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xrz_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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モデル数 | 10 |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 28285.660 Da / 分子数: 1 / 断片: GB residues 13434-13521 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: GenBank: 1860584649 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.028 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 8.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 10222 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109137 / 対称性のタイプ: POINT |