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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xrf | ||||||
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タイトル | EagT6 Tse6 NT complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / EagT6 / Tse6 / Type VI secretion / T6SS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type VI secretion system / : / NAD+ヌクレオシダーゼ / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / membrane => GO:0016020 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å | ||||||
データ登録者 | Sachar, K. / Ahmad, S. / Whitney, J.C. / Prehna, G. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis for effector transmembrane domain recognition by type VI secretion system chaperones. 著者: Ahmad, S. / Tsang, K.K. / Sachar, K. / Quentin, D. / Tashin, T.M. / Bullen, N.P. / Raunser, S. / McArthur, A.G. / Prehna, G. / Whitney, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xrf.cif.gz | 700.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xrf.ent.gz | 492.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xrf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16653.855 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: eagT6, PA0094 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I738 #2: タンパク質 | 分子量: 6220.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: CSB93_1337, DY940_01595 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3IMB8, UniProt: Q9I739*PLUS #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.59 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20 mg/mL EagT6:Tse6(NT) with a 1:1 mixture of 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Bis-TRIS pH 5.5, and 25% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→28.84 Å / Num. obs: 29267 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.48 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 6.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 4.26 % / Num. unique obs: 2832 / CC1/2: 0.502 / Rrim(I) all: 1.98 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→28.84 Å / SU ML: 0.3853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.9456 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→28.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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