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- PDB-6xpt: Nucleoside Diphosphate Kinase from Aspergillus fumgiatus Af293 bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xpt
タイトルNucleoside Diphosphate Kinase from Aspergillus fumgiatus Af293 bound to UDP
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Nucleoside diphosphate kinase / phosphotransferase / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nguyen, S. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Nucleoside selectivity of Aspergillus fumigatus nucleoside-diphosphate kinase.
著者: Nguyen, S. / Jovcevski, B. / Pukala, T.L. / Bruning, J.B.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,81414
ポリマ－108,3406
非ポリマー2,4748
水23,7441318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Mass spectra shows a predominant hexameric species, gel filtration, The elution time of NDK corresponds to a hexamer, relative to sizing standards
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20520 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area32570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.648, 126.820, 134.942
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase / NDP kinase


分子量: 18056.674 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: ndk1, AFUA_5G03490 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z8P9, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% PEG 3350, 0.25 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.42 Å / Num. obs: 51651 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 722801 / Scaling rejects: 112
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3714.50.496417844200.9720.1330.5084.9100
9.48-47.4211.20.04194028430.9990.0120.04334.799.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.67 Å46.21 Å
Translation5.67 Å46.21 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS20161205データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XP7

6xp7


解像度: 2.3→46.207 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 2577 5.02 %
Rwork0.1762 48783 -
obs0.179 51360 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.01 Å2 / Biso mean: 32.7743 Å2 / Biso min: 12.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7113 0 152 1318 8583
Biso mean--38.55 41.84 -
残基数----923
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.34430.31081210.22572688100
2.3443-2.39210.31731400.22042690100
2.3921-2.44410.26831540.20662641100
2.4441-2.5010.31841420.20922694100
2.501-2.56350.29851410.21832691100
2.5635-2.63280.27551580.2058263299
2.6328-2.71030.3121450.2028268799
2.7103-2.79780.27561470.20462664100
2.7978-2.89770.28991420.20822727100
2.8977-3.01370.25581630.1953265199
3.0137-3.15090.23921310.1935269499
3.1509-3.31690.27271500.18612690100
3.3169-3.52470.2191310.17292741100
3.5247-3.79670.21551390.162270899
3.7967-4.17860.18821400.14362750100
4.1786-4.78270.14531250.12912772100
4.7827-6.02360.19951580.15532776100
6.0236-46.2070.19351500.1681288799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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