PDB-6xpn: Z-loop Deletion Mutant of AztC from Paracoccus denitrificans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xpn

タイトル

Z-loop Deletion Mutant of AztC from Paracoccus denitrificans

要素

Periplasmic solute binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / zinc / solute binding protein / ABC transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc ion transport / periplasmic space / cell adhesion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paracoccus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Yukl, E.T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structural Features Mediating Zinc Binding and Transfer in the AztABCD Zinc Transporter System.
著者: Meni, A. / Yukl, E.T.

履歴

登録	2020年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xpn.cif.gz	205.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xpn.ent.gz	164.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xpn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w57S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ztt-3 3ztt-1 3ztt-2 5kzj-1 5uyf-d 4oxq-3 5uy4-d 1esz-d 5ax0-d 5jpd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Periplasmic solute binding protein

A: Periplasmic solute binding protein

ヘテロ分子

63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Periplasmic solute binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Periplasmic solute binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.292, 105.042, 64.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))
2	1	(chain B and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	ILE	ILE	(chain A and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))	A	B	26 - 35	26 - 35
1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	(chain A and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))	A	B	37 - 80	37 - 80
1	3	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain A and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))	A	B	82 - 309	82 - 301
2	1	PRO	PRO	ILE	ILE	(chain B and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))	B	A	26 - 35	26 - 35
2	2	GLY	GLY	LEU	LEU	(chain B and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))	B	A	37 - 80	37 - 80
2	3	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 26 through 35 or resid 37 through 80 or resid 82 through 309))	B	A	82 - 309	82 - 301

#1: タンパク質	Periplasmic solute binding protein 分子量: 31599.514 Da / 分子数: 2 / 変異: deleted residues 222-229 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (バクテリア) 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_1597 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1B2F3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7 詳細: Protein at 26 mg/mL was combined in a 1:1 ratio with crystallization solution containing 0.1 M bis-tris propane pH 7.0 and 4.1 M sodium formate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月21日

放射

モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→46.63 Å / Num. obs: 36075 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 58.04 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 133590 / Scaling rejects: 23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.26-2.33	3.7	0.589	12225	3323	0.84	0.353	0.689	2.3	99.9
9.04-46.63	3.5	0.025	2011	575	0.999	0.015	0.029	47.3	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W57

5w57

解像度: 2.26→39.54 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	2011	5.58 %
R_work	0.1735	34021	-
obs	0.1754	36032	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.52 Å² / B_iso mean: 67.5133 Å² / B_iso min: 35.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.26→39.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	2	57	3869
B_iso mean	-	-	53.97	60.96	-
残基数	-	-	-	-	518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2	5354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	718
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.212	3114

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2250	X-RAY DIFFRACTION	10.217	TORSIONAL
1	2	B	2250	X-RAY DIFFRACTION	10.217	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.26-2.3166	0.3701	140	0.2776	2451	100
2.3166-2.3792	0.3333	145	0.2654	2421	100
2.3792-2.4492	0.3018	148	0.2434	2403	100
2.4492-2.5282	0.2515	141	0.2272	2416	100
2.5282-2.6186	0.2973	151	0.2102	2438	100
2.6186-2.7234	0.2349	134	0.209	2448	100
2.7234-2.8473	0.2635	144	0.2206	2430	100
2.8473-2.9974	0.2942	145	0.2271	2441	100
2.9974-3.1851	0.2869	144	0.2262	2429	100
3.1851-3.4309	0.2641	144	0.2114	2437	100
3.4309-3.7759	0.2272	144	0.1861	2418	99
3.7759-4.3217	0.1774	142	0.1446	2417	99
4.3217-5.4426	0.1515	149	0.128	2422	99
5.4426-39.54	0.1511	140	0.138	2450	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.0996 Å / Origin y: 76.7989 Å / Origin z: 57.546 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4525 Å²	0.0983 Å²	-0.0043 Å²	-	0.4052 Å²	-0.0337 Å²	-	-	0.4452 Å²
L	0.3549 °²	0.1619 °²	0.0974 °²	-	-0.0342 °²	0.1293 °²	-	-	0.4783 °²
S	0.0678 Å °	0.0036 Å °	0.0706 Å °	-0.0175 Å °	-0.027 Å °	-0.0124 Å °	-0.006 Å °	0.006 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	26 - 309
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	26 - 309
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 57

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)