PDB-6xpk: CutR Screw, form 1 with 41.9 angstrom pitch

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xpk

タイトル

CutR Screw, form 1 with 41.9 angstrom pitch

要素

Ethanolamine utilization protein EutS

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / BMC

機能・相同性

Bacterial microcompartment shell protein EutS/PduU/CutR / bacterial microcompartment / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Bacterial microcompartment shell protein CutR

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ochoa, J.M. / Sawaya, M.R. / Nguyen, V.N. / Duilio, C. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Symmetry breaking and structural polymorphism in a bacterial microcompartment shell protein for choline utilization.
著者: Ochoa, J.M. / Nguyen, V.N. / Nie, M. / Sawaya, M.R. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2020年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xpk.cif.gz	35.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xpk.ent.gz	20.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xpk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xphSC 6xpiC 6xpjC 6xplC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wty-2 6zxm-1 4b7i-d 6zxm-3 6xpl-1 1or8-2 5hcv-d 3rty-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Ethanolamine utilization protein EutS

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ethanolamine utilization protein EutS

登録者が定義した集合体
79.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z+1/3	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z+2/3	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z+1/2	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z+5/6	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z+1/6	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.830, 61.830, 41.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Ethanolamine utilization protein EutS 分子量: 13324.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF1654_00416 / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2IV13
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 10% (w/v) PEG 3000, 200mM sodium chloride and 100 mM sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→53.546 Å / Num. obs: 2305 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.512 % / B_iso Wilson estimate: 60.631 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 15.46

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.8-2.87	9.379	0.954	2.22	161	0.722	1.009	95.8
2.87-2.95	9.68	0.805	3.24	169	0.867	0.85	100
2.95-3.03	9.576	0.648	3.89	151	0.937	0.685	100
3.03-3.13	8.696	0.476	4.88	161	0.94	0.506	100
3.13-3.23	9.82	0.431	6.06	150	0.956	0.455	100
3.23-3.34	10.262	0.275	8.94	141	0.984	0.289	100
3.34-3.47	9.973	0.257	10.38	146	0.976	0.271	100
3.47-3.61	9.92	0.194	11.35	137	0.997	0.205	98.6
3.61-3.77	9.544	0.161	16.1	125	0.991	0.17	97.7
3.77-3.96	9.206	0.137	17.27	126	0.993	0.145	99.2
3.96-4.17	8.496	0.107	18.87	123	0.998	0.114	99.2
4.17-4.42	10.161	0.073	28.51	118	0.998	0.077	100
4.42-4.73	10	0.066	30.43	105	0.999	0.07	100
4.73-5.11	9.845	0.066	28.86	97	0.999	0.07	100
5.11-5.6	9.484	0.082	25.23	91	0.998	0.086	100
5.6-6.26	8.506	0.105	21.77	87	0.993	0.112	100
6.26-7.22	10.042	0.082	27.18	71	0.998	0.086	98.6
7.22-8.85	9.299	0.042	40.95	67	0.999	0.044	100
8.85-12.51	8.196	0.038	44.29	51	0.999	0.04	100
12.51-53.546	8.571	0.042	40.1	28	1	0.044	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	53.55 Å
Translation	2.8 Å	53.55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6XPH

6xph

解像度: 2.8→53.546 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 17.06 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.462 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2669	231	10.022 %
R_work	0.2308	2074	-
all	0.234	-	-
obs	-	2305	99.353 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.244 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.548 Å²	-0.774 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.548 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→53.546 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	734	0	0	2	736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.628	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.04	1.566	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.762	5	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.714	25.517	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.204	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.332	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.03	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	138
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.168	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.141	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.106	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.073	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.1	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.205	6.624	399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.194	6.621	398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.867	9.928	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.867	9.93	498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.79	6.833	347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.785	6.83	346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.213	10.168	520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.214	10.167	520
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.299	80.42	755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.303	80.337	754

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.8-2.87	0.284	16	0.293	145	0.292	168	0.815	0.861	95.8333	0.274
2.87-2.949	0.31	17	0.314	149	0.314	166	0.844	0.863	100	0.29
2.949-3.034	0.276	15	0.248	139	0.251	154	0.904	0.878	100	0.215
3.034-3.127	0.288	16	0.282	145	0.283	161	0.9	0.887	100	0.247
3.127-3.229	0.268	15	0.275	135	0.274	150	0.911	0.88	100	0.239
3.229-3.342	0.309	14	0.288	127	0.29	141	0.886	0.909	100	0.257
3.342-3.468	0.203	15	0.23	131	0.227	146	0.923	0.927	100	0.199
3.468-3.608	0.251	14	0.285	121	0.282	137	0.918	0.907	98.5401	0.222
3.608-3.768	0.324	12	0.267	115	0.272	130	0.835	0.908	97.6923	0.234
3.768-3.951	0.199	13	0.224	112	0.221	125	0.94	0.925	100	0.202
3.951-4.164	0.293	12	0.249	108	0.254	122	0.91	0.92	98.3607	0.219
4.164-4.414	0.267	11	0.168	105	0.175	116	0.915	0.954	100	0.159
4.414-4.717	0.247	11	0.181	98	0.188	109	0.922	0.953	100	0.169
4.717-5.092	0.296	10	0.191	87	0.202	97	0.904	0.947	100	0.187
5.092-5.573	0.203	9	0.246	83	0.241	92	0.922	0.915	100	0.223
5.573-6.222	0.575	9	0.301	77	0.326	86	0.795	0.883	100	0.281
6.222-7.168	0.342	7	0.241	63	0.254	71	0.794	0.887	98.5915	0.217
7.168-8.74	0.259	6	0.167	60	0.175	66	0.928	0.963	100	0.176
8.74-12.199	0.136	5	0.156	46	0.154	51	0.97	0.977	100	0.188
12.199-53.546	0.213	4	0.284	28	0.274	32	0.948	0.928	100	0.312

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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