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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xoq | ||||||
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タイトル | DCN1 covalently bound to inhibitor 4 | ||||||
![]() | Lysozyme, DCN1-like protein 1 chimera![]() | ||||||
![]() | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / Inhibitor / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stuckey, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Selective inhibition of cullin 3 neddylation through covalent targeting DCN1 protects mice from acetaminophen-induced liver toxicity. 著者: Zhou, H. / Lu, J. / Chinnaswamy, K. / Stuckey, J.A. / Liu, L. / McEachern, D. / Yang, C.Y. / Bernard, D. / Shen, H. / Rui, L. / Sun, Y. / Wang, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 44347.434 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,C97A,D127A,A146T,R154A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: e, T4Tp126, DCUN1D1, DCN1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-H9S / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 28-33% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 23754 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 166845 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5V83 解像度: 2.07→35.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
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原子変位パラメータ | Biso max: 98.88 Å2 / Biso mean: 31.02 Å2 / Biso min: 8.22 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.07→35.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.07→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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