PDB-6xon: DCN1 bound to inhibitor 9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xon

タイトル

DCN1 bound to inhibitor 9

要素

Lysozyme DCN1-like protein 1 chimera

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR / Inhibitor /

LIGASE (リガーゼ) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination /

ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Stuckey, J.A.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Selective inhibition of cullin 3 neddylation through covalent targeting DCN1 protects mice from acetaminophen-induced liver toxicity.
著者: Zhou, H. / Lu, J. / Chinnaswamy, K. / Stuckey, J.A. / Liu, L. / McEachern, D. / Yang, C.Y. / Bernard, D. / Shen, H. / Rui, L. / Sun, Y. / Wang, S.

履歴

登録	2020年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xon.cif.gz	159.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xon.ent.gz	121.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xon.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/6xon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/6xon	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xolC 6xomC 6xooC 6xopC 6xoqC 5v83S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xom-d 6xoq-d 5v83-d 6xop-d 6bg5-d 6xoo-d 5v88-d 5v86-d 6xol-d 5hgi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (5) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (5)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (5)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (5)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysozyme DCN1-like protein 1 chimera

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, Gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.444, 85.610, 125.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysozyme DCN1-like protein 1 chimera / Endolysin / Lysis protein / Muramidase / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin ...Endolysin / Lysis protein / Muramidase / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / Squamous cell carcinoma-related oncogene 分子量: 44347.434 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,C97A,D127A,A146T,R154A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: e, T4Tp126, DCUN1D1, DCN1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: Q96GG9, リゾチーム
#2: 化合物	ChemComp-H9M / (2S)-N-[(2S)-2-cyclohexyl-2-({N-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alanyl}amino)ethyl]-4-(dimethylamino)-2-methylbutanamide 分子量: 571.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₉N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 28-33% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10535 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 51.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 0.942 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 70332

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	6.8	0.703	510	0.885	0.289	0.761	0.731	100
2.75-2.8	6.7	0.632	537	0.843	0.262	0.686	0.746	100
2.8-2.85	6.8	0.535	495	0.915	0.22	0.579	0.835	100
2.85-2.91	6.8	0.433	501	0.932	0.179	0.469	0.787	100
2.91-2.97	6.7	0.394	523	0.923	0.163	0.427	0.877	100
2.97-3.04	6.7	0.33	526	0.956	0.137	0.358	0.881	100
3.04-3.12	6.8	0.294	499	0.958	0.121	0.319	0.959	100
3.12-3.2	6.7	0.244	502	0.969	0.101	0.264	1.051	100
3.2-3.3	6.7	0.189	545	0.983	0.079	0.205	1.083	100
3.3-3.4	6.7	0.162	515	0.986	0.068	0.176	1.176	100
3.4-3.52	6.7	0.133	504	0.991	0.055	0.144	1.186	100
3.52-3.66	6.6	0.118	525	0.991	0.049	0.128	1.182	100
3.66-3.83	6.6	0.1	518	0.994	0.043	0.109	1.251	99.8
3.83-4.03	6.7	0.085	526	0.996	0.035	0.092	1.12	100
4.03-4.29	6.7	0.078	535	0.996	0.032	0.084	1.141	100
4.29-4.62	6.8	0.066	529	0.996	0.027	0.072	0.994	100
4.62-5.08	6.8	0.055	534	0.997	0.022	0.06	0.81	100
5.08-5.81	6.8	0.053	543	0.997	0.021	0.057	0.709	100
5.81-7.32	6.7	0.049	556	0.997	0.02	0.053	0.613	100
7.32-50	5.8	0.055	612	0.996	0.025	0.061	0.753	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5V83

5v83

解像度: 2.8→37.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.836 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.452

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	435	4.67 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.224	9324	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.51 Å² / B_iso mean: 42.25 Å² / B_iso min: 8.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.735 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.4223 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3127 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→37.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2779	0	87	58	2924
B_iso mean	-	-	42.73	31.34	-
残基数	-	-	-	-	349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1031	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	509	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2925	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	372	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3424	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2925	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3996	HARMONIC	2	0.97
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.02
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.11

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.85 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4278	27	6.08 %
R_work	0.2479	417	-
all	0.2592	444	-
obs	-	-	89.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.7385 Å / Origin y: 8.7043 Å / Origin z: 24.0639 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0049 Å²	-0.0201 Å²	-0.0096 Å²	-	-0.0757 Å²	-0.0057 Å²	-	-	-0.0388 Å²
L	0.4657 °²	-0.2351 °²	0.6927 °²	-	0.3341 °²	0.0998 °²	-	-	1.6065 °²
S	0.0534 Å °	-0.0144 Å °	-0.0466 Å °	-0.0882 Å °	0.0141 Å °	-0.0256 Å °	0.1364 Å °	0.0954 Å °	-0.0675 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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