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- PDB-6xmv: The crystal structure of Neisseria gonorrhoeae DolP (NGO1985) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xmv
タイトルThe crystal structure of Neisseria gonorrhoeae DolP (NGO1985)
要素Hemolysin,Endolysin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / BON domain / lipoprotein / T4 lysozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
BON domain profile. / BON domain / BON domain / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Hemolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Li, J. / Peterson Brown, L.E. / Reed, R.W. / Wierzbicki, I.H. / Sikora, A.E. / Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110787 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI117235 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure and function of a new component of Bam complex in Neisseria
著者: Wierzbicki, I.H. / Zielke, R.A. / Li, J. / Begum, A.A. / Baarda, B.I. / Peterson Brown, L.E. / Reed, R.W. / Korotkov, K.V. / Jerse, A.E. / Sikora, A.E.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0153
ポリマ－37,9441
非ポリマー712
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.040, 125.900, 47.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin,Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 37943.969 Da / 分子数: 1 / 変異: C1054T, C1097A, K1162A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BamG fragment 46-202
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_1985, e, T4Tp126 / プラスミド: pKV1435 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5F5E4, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na acetate pH 4.5, 3M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→57.785 Å / Num. obs: 10641 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.745 % / Biso Wilson estimate: 48.682 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.75-2.825.6331.2031.6345018097990.611.32798.8
2.82-2.95.8910.959242837347270.771.05299
2.9-2.985.9010.7622.6544207587490.8020.83598.8
2.98-3.076.0580.6773.1441867026910.8950.7498.4
3.07-3.186.0440.5563.7241526946870.8980.60899
3.18-3.295.9640.4364.6440086786720.9230.47799.1
3.29-3.415.9770.3246.2839276626570.9660.35499.2
3.41-3.555.510.2548.4933836206140.9720.2899
3.55-3.715.3980.21610.0132176095960.9720.23997.9
3.71-3.895.6870.17410.8832195785660.9850.19197.9
3.89-4.15.5030.13313.6329115515290.9880.14896
4.1-4.355.8660.10116.1231445435360.9950.11198.7
4.35-4.655.7850.08218.0528464944920.9950.0999.6
4.65-5.025.7530.08317.7326354614580.9940.09299.3
5.02-5.55.7410.09915.924804374320.9940.10998.9
5.5-6.155.7070.09816.0122373943920.9930.10899.5
6.15-7.15.6390.07716.9419853543520.9970.08599.4
7.1-8.75.4670.05423.7116403023000.9960.0699.3
8.7-12.35.1150.04427.9712482482440.9970.04998.4
12.3-57.7854.7340.04425.986581531390.9970.04990.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.32 Å57.78 Å
Translation4.32 Å57.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HUK

2huk


解像度: 2.75→57.785 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 953 4.92 %
Rwork0.2255 18405 -
obs0.2282 10641 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.82 Å2 / Biso mean: 55.0817 Å2 / Biso min: 18.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→57.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2422 0 2 13 2437
Biso mean--41.53 31.91 -
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0040.0362457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5674.573324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.040.143384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0040.042425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1179.9441481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7502-2.89520.38071240.3217269199
2.8952-3.07650.34551340.2801263898
3.0765-3.31410.34711370.2842263298
3.3141-3.64750.31981330.249264297
3.6475-4.17520.31600.2269249695
4.1752-5.25980.20621350.1716264998
5.2598-57.7850.24441300.1887265798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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