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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xml | ||||||
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タイトル | Human aldolase A I98C | ||||||
要素 | Fructose-bisphosphate aldolase A | ||||||
キーワード | LYASE / rheostat / allosterism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose binding / sperm head / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase / binding of sperm to zona pellucida / fructose-bisphosphate aldolase activity / Gluconeogenesis / M band / fructose metabolic process / I band ...fructose binding / sperm head / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase / binding of sperm to zona pellucida / fructose-bisphosphate aldolase activity / Gluconeogenesis / M band / fructose metabolic process / I band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / muscle cell cellular homeostasis / striated muscle contraction / cytoskeletal protein binding / tubulin binding / platelet alpha granule lumen / glycolytic process / actin filament organization / actin cytoskeleton / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / actin binding / regulation of cell shape / protein homotetramerization / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Meneely, K.M. / Brewer, K. / Lamb, A.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022 タイトル: Substitutions at a rheostat position in human aldolase A cause a shift in the conformational population. 著者: Fenton, K.D. / Meneely, K.M. / Wu, T. / Martin, T.A. / Swint-Kruse, L. / Fenton, A.W. / Lamb, A.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xml.cif.gz | 291.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xml.ent.gz | 221.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xml_validation.pdf.gz | 470.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xml_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xml_validation.xml.gz | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xml_validation.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xml | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39459.965 Da / 分子数: 2 / 変異: I98C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDOA, ALDA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04075, fructose-bisphosphate aldolase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 21% (v/v) glycerol in 0.04 M potassium phosphate, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日 |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→107.85 Å / Num. obs: 65292 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 37.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→2.08 Å / Num. unique obs: 3266 / Rpim(I) all: 0.347 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ALD 解像度: 1.88→40.2 Å / SU ML: 0.3003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.4471 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→40.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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