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- PDB-6xmi: Structure of Fab4 bound to P22 TerL(1-33) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xmi
タイトルStructure of Fab4 bound to P22 TerL(1-33)
要素
  • Fab Heavy chain
  • Fab Light chain
  • Terminase, large subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / Synthetic fab / large terminase / genome-packaging / crystallization chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase complex / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terminase, large subunit BPP22-like / Terminase, large subunit gp17-like, C-terminal / Terminase RNaseH-like domain / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Salmonella phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Cingolani, G. / Lokareddy, R. / Ko, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD017987 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Recognition of an alpha-helical hairpin in P22 large terminase by a synthetic antibody fragment.
著者: Lokareddy, R.K. / Ko, Y.H. / Hong, N. / Doll, S.G. / Paduch, M. / Niederweis, M. / Kossiakoff, A.A. / Cingolani, G.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Light chain
B: Fab Heavy chain
D: Fab Light chain
E: Fab Heavy chain
F: Terminase, large subunit
C: Terminase, large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5766
ポリマ－106,5766
非ポリマー00
水14,538807
1
A: Fab Light chain
B: Fab Heavy chain
C: Terminase, large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2883
ポリマ－53,2883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
2
D: Fab Light chain
E: Fab Heavy chain
F: Terminase, large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2883
ポリマ－53,2883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.180, 86.395, 86.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain B
22(chain E and resid 220 through 450)
13(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32))
23(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 214
211chain DD1 - 214
112chain BB220 - 450
212(chain E and resid 220 through 450)E220 - 450
113(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32))C0
213(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32))F0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Fab Light chain


分子量: 23286.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 26025.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド Terminase, large subunit / DNA-packaging protein gp2 / Gene product 2 / gp2


分子量: 3976.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Salmonella phage P22 (ファージ)
参照: UniProt: P26745, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: P26745, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Succinic acid pH 7.0 and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→15 Å / Num. obs: 161937 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.042 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 15816 / CC1/2: 0.456 / Rpim(I) all: 0.573 / Rsym value: 0.713 / % possible all: 94.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VHM

6vhm
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.51→14.985 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 1966 1.24 %
Rwork0.1672 157170 -
obs0.1677 159136 94.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.2 Å2 / Biso mean: 37.3203 Å2 / Biso min: 14.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→14.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7262 0 0 807 8069
Biso mean---43.83 -
残基数----954
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1968X-RAY DIFFRACTION8.316TORSIONAL
12D1968X-RAY DIFFRACTION8.316TORSIONAL
21B2040X-RAY DIFFRACTION8.316TORSIONAL
22E2040X-RAY DIFFRACTION8.316TORSIONAL
31C286X-RAY DIFFRACTION8.316TORSIONAL
32F286X-RAY DIFFRACTION8.316TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.51-1.54770.29111300.26231047889
1.5477-1.58950.33361340.26231054389
1.5895-1.63620.29221430.24121139196
1.6362-1.6890.2591420.22891146897
1.689-1.74930.2631420.21551138496
1.7493-1.81920.23631420.19211133896
1.8192-1.90180.24671370.18421099093
1.9018-2.00190.18741470.16181163498
2.0019-2.1270.18871440.15421161998
2.127-2.29070.19451450.1521155197
2.2907-2.52020.21691420.15951134095
2.5202-2.88260.18821460.15991171998
2.8826-3.62330.18691370.16011091291
3.6233-14.980.18961350.15661080389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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